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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bmh | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of MHC-I like protein | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Major Histocompatibility complex / MHC-I / CD1d / antigen | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of NK T cell activation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway ...positive regulation of NK T cell activation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-4 production / cellular defense response / positive regulation of interleukin-2 production / Neutrophil degranulation / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / endosome membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.298 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Khandokar, Y.B. / Le Nours, J. / Rossjohn, J. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Differing roles of CD1d2 and CD1d1 proteins in type I natural killer T cell development and function. 著者: Sundararaj, S. / Zhang, J. / Krovi, S.H. / Bedel, R. / Tuttle, K.D. / Veerapen, N. / Besra, G.S. / Khandokar, Y. / Praveena, T. / Le Nours, J. / Matsuda, J.L. / Rossjohn, J. / Gapin, L. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bmh.cif.gz | 315.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bmh.ent.gz | 254.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bmh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6bmh_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6bmh_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6bmh_validation.xml.gz | 59.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6bmh_validation.cif.gz | 80 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/6bmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/6bmh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 31484.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d2, Cd1.2 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: P11610 #2: タンパク質 | 分子量: 11660.350 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: P01887 |
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-糖 , 2種, 9分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 2種, 305分子
#4: 化合物 | ChemComp-F61 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 100 mM BisTris (pH 6-6.5), 200 mM CaCl2, 21-26% PEG 3350 PH範囲: 6-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→45.93 Å / Num. obs: 79496 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CD1 解像度: 2.298→45.931 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.298→45.931 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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