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- PDB-6bmh: Crystal structure of MHC-I like protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bmh
タイトルCrystal structure of MHC-I like protein
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d2
  • Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Major Histocompatibility complex / MHC-I / CD1d / antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of NK T cell activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-4 production / cellular defense response / Neutrophil degranulation ...positive regulation of NK T cell activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-4 production / cellular defense response / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-2 production / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F61 / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.298 Å
データ登録者Khandokar, Y.B. / Le Nours, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Differing roles of CD1d2 and CD1d1 proteins in type I natural killer T cell development and function.
著者: Sundararaj, S. / Zhang, J. / Krovi, S.H. / Bedel, R. / Tuttle, K.D. / Veerapen, N. / Besra, G.S. / Khandokar, Y. / Praveena, T. / Le Nours, J. / Matsuda, J.L. / Rossjohn, J. / Gapin, L.
履歴
登録2017年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02018年3月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_site
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d2
B: Beta-2-microglobulin
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d2
D: Beta-2-microglobulin
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d2
F: Beta-2-microglobulin
G: Antigen-presenting glycoprotein CD1d2
H: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,97421
ポリマ－172,5798
非ポリマー5,39513
水5,423301
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d2
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4385
ポリマ－43,1452
非ポリマー1,2943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18110 Å2
手法PISA
2
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d2
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4385
ポリマ－43,1452
非ポリマー1,2943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17790 Å2
手法PISA
3
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d2
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4385
ポリマ－43,1452
非ポリマー1,2943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
4
G: Antigen-presenting glycoprotein CD1d2
H: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6606
ポリマ－43,1452
非ポリマー1,5154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.955, 74.229, 117.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Antigen-presenting glycoprotein CD1d2


分子量: 31484.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d2, Cd1.2
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P11610
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P01887

-
糖 , 2種, 9分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 305分子

#4: 化合物
ChemComp-F61 / N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]undecanamide


分子量: 647.924 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C35H69NO9
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 100 mM BisTris (pH 6-6.5), 200 mM CaCl2, 21-26% PEG 3350
PH範囲: 6-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.93 Å / Num. obs: 79496 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CD1

1cd1


解像度: 2.298→45.931 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2799 4000 5.04 %
Rwork0.2298 --
obs0.2323 79388 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.298→45.931 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11694 0 363 301 12358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01112475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90717006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1914467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561855
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.298-2.3250.38781390.29662517X-RAY DIFFRACTION96
2.325-2.35340.30911300.28092592X-RAY DIFFRACTION100
2.3534-2.38310.37821460.28032528X-RAY DIFFRACTION100
2.3831-2.41450.35421520.28272586X-RAY DIFFRACTION100
2.4145-2.44760.34291350.2732597X-RAY DIFFRACTION100
2.4476-2.48250.35721310.28082602X-RAY DIFFRACTION100
2.4825-2.51960.34821520.27482565X-RAY DIFFRACTION100
2.5196-2.5590.35611460.27652599X-RAY DIFFRACTION100
2.559-2.60090.2891290.26152566X-RAY DIFFRACTION100
2.6009-2.64580.31531250.2542652X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.69390.3681330.262545X-RAY DIFFRACTION100
2.6939-2.74570.29461380.27052639X-RAY DIFFRACTION100
2.7457-2.80170.38091250.26892591X-RAY DIFFRACTION100
2.8017-2.86260.351490.27432600X-RAY DIFFRACTION100
2.8626-2.92920.32211280.26652574X-RAY DIFFRACTION100
2.9292-3.00240.31211330.26152598X-RAY DIFFRACTION100
3.0024-3.08360.30851410.26482613X-RAY DIFFRACTION100
3.0836-3.17430.34631350.26512564X-RAY DIFFRACTION100
3.1743-3.27670.31451480.25972611X-RAY DIFFRACTION100
3.2767-3.39380.29851470.23932624X-RAY DIFFRACTION100
3.3938-3.52970.28151290.23152595X-RAY DIFFRACTION100
3.5297-3.69020.26381410.22572594X-RAY DIFFRACTION100
3.6902-3.88470.24821310.2132636X-RAY DIFFRACTION100
3.8847-4.12790.22391520.19572589X-RAY DIFFRACTION100
4.1279-4.44640.23521370.17322614X-RAY DIFFRACTION100
4.4464-4.89340.19311580.15722618X-RAY DIFFRACTION100
4.8934-5.60040.23451340.18742660X-RAY DIFFRACTION100
5.6004-7.05190.23111350.22372635X-RAY DIFFRACTION100
7.0519-45.94050.24221210.21642684X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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