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- PDB-6blg: Crystal Structure of Sugar Transaminase from Klebsiella pneumonia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6blg
タイトルCrystal Structure of Sugar Transaminase from Klebsiella pneumoniae Complexed with PLP
要素dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase
キーワードTRANSFERASE / pyridoxal phosphate (PLP)-dependent sugar aminotransferase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase / dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase activity / enterobacterial common antigen biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase WecE-like / dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase WecE / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase WecE-like / dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase WecE / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Shatsman, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Sugar Transaminase from Klebsiella pneumoniae Complexed with PLP
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Shatsman, S. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2017年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,78814
ポリマ－42,7561
非ポリマー1,03213
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase
ヘテロ分子

A: dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,57528
ポリマ－85,5112
非ポリマー2,06426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area8320 Å2
ΔGint-232 kcal/mol
Surface area27270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.853, 130.853, 138.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

SO4

21A-406-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase


分子量: 42755.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (strain ATCC 700721 / MGH 78578) (肺炎桿菌)
株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: wecE, KPN_04291 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 gold
参照: UniProt: A6TGH9, dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase

-
非ポリマー , 6種, 65分子

#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 % / 解説: cube
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M Ammonium sulfate, 0.1M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37.77 Å / Num. obs: 26700 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 48.07 Å2 / CC1/2: 0.748 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1324 / Rsym value: 0.894 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZAH

4zah


解像度: 2.102→37.767 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 24.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2253 1364 5.11 %
Rwork0.1748 --
obs0.1774 26689 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→37.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2981 0 55 52 3088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7494245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.921855
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048461
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1017-2.17680.32771270.26222489X-RAY DIFFRACTION99
2.1768-2.2640.27871300.22542525X-RAY DIFFRACTION100
2.264-2.3670.29141380.21462496X-RAY DIFFRACTION100
2.367-2.49180.22271260.19552521X-RAY DIFFRACTION100
2.4918-2.64790.22721370.2012519X-RAY DIFFRACTION100
2.6479-2.85220.28131450.20942522X-RAY DIFFRACTION100
2.8522-3.13920.27181500.21362523X-RAY DIFFRACTION100
3.1392-3.59310.26321330.19712536X-RAY DIFFRACTION100
3.5931-4.52570.20671500.14172549X-RAY DIFFRACTION100
4.5257-37.77310.16581280.14622645X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1268-2.1503-4.50961.37430.23833.2492-0.43920.0973-0.42-0.03250.22090.04470.80790.1510.29660.6487-0.0083-0.03630.4008-0.06380.46826.649721.2168-2.4112
25.90210.83770.7553.5668-4.40435.9415-0.29850.5315-0.2092-0.60940.0508-0.03450.7346-0.07080.2160.48430.02010.0470.4844-0.0810.28639.963430.702-15.1098
31.7401-0.28490.21071.28970.78721.9592-0.03920.14750.4669-0.09130.0813-0.0008-0.2786-0.0114-0.03620.4265-0.0140.02890.32660.04690.418610.823753.331-5.967
42.3735-1.6368-0.94740.70620.24181.18540.03750.2376-0.0143-0.028-0.00970.00270.02130.1855-0.00050.4442-0.0248-0.03230.4311-0.02270.347812.718437.9611-11.0479
56.02711.70783.60321.64140.79824.90260.30440.51560.3592-0.5138-0.10750.116-0.22350.7195-0.1360.66590.0741-0.01280.483-0.00890.426429.035233.4932-13.3124
66.4706-4.7882-2.20034.59471.44921.52910.17820.2614-0.3712-0.2027-0.18460.26780.0918-0.13080.03680.4629-0.03660.01420.3542-0.01950.4233-6.939833.4388-4.2198
73.66251.2758-0.54032.583-0.66615.07870.17330.1690.3706-0.0775-0.09960.231-0.4999-0.2498-0.06770.40320.02390.02680.3958-0.01770.5034-10.165847.81270.8083
83.65453.6171-2.3324.0538-1.4765.5897-0.0834-0.52380.38750.1808-0.13950.3-0.0721-0.16030.29090.37410.03910.05070.3709-0.02560.3467-4.719645.128614.501
95.28952.46150.46594.1790.05280.850.0473-0.35770.5408-0.08640.00410.4909-0.1992-0.0701-0.05470.42690.02640.05730.3451-0.01650.3298-5.144846.72747.3939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 54 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 55 through 152 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 153 through 217 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 218 through 236 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 237 through 273 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 274 through 299 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 300 through 327 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 328 through 376 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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