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- PDB-6bld: Mycobacterium marinum cytochrome P450 CYP268A2 in complex with ps... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bld
タイトルMycobacterium marinum cytochrome P450 CYP268A2 in complex with pseudoionone
要素Cytochrome P450 268A2 Cyp268A2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / cytochrome P450 (シトクロムP450) / monooxygenase / heme protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / シトクロムP450 / シトクロムP450 / シトクロムP450 / Cytochrome P450 superfamily / シトクロムP450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3E,5E)-6,10-dimethylundeca-3,5,9-trien-2-one / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 268A2 Cyp268A2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium marinum (マイコバクテリウム・マリナム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Child, S.A. / Bruning, J.B. / Bell, S.G.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT140100355 オーストラリア
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional characterisation of the cytochrome P450 enzyme CYP268A2 from
著者: Child, S.A. / Naumann, E.F. / Bruning, J.B. / Bell, S.G.
履歴
登録2017年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 268A2 Cyp268A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8663
ポリマ－46,0571
非ポリマー8092
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16570 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)154.759, 44.726, 57.727
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-733-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 268A2 Cyp268A2


分子量: 46056.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (マイコバクテリウム・マリナム)
株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: cyp268A2, MMAR_3761 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B2HMF7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DXJ / (3E,5E)-6,10-dimethylundeca-3,5,9-trien-2-one / Pseudoionone / (3E,5E)-6,10-ジメチル-3,5,9-ウンデカトリエン-2-オン


分子量: 192.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20O
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.96 M ammonium phosphate, 0.3 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.91 Å / Num. obs: 51043 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 22.28 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 195943 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.0570.7421212517430.7680.30.802289.4
8.93-42.916.30.04919923180.9980.020.05330.599.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOSFLMデータ収集
Aimless0.5.25データスケーリング
CNS位相決定
REFMAC5位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WM4

2wm4


解像度: 1.997→37.999 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 1846 3.62 %Random Selection
Rwork0.1996 49197 --
obs0.2013 51043 98.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.17 Å2 / Biso mean: 26.8952 Å2 / Biso min: 12.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.997→37.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3210 0 57 382 3649
Biso mean--15.9 34.4 -
残基数----414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023349
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5494567
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003607
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9831978
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9974-2.05140.27281160.27723415353188
2.0514-2.11170.31731310.267738143945100
2.1117-2.17990.28791220.252438653987100
2.1799-2.25780.2781620.235637653927100
2.2578-2.34820.29321500.232738183968100
2.3482-2.4550.2731580.226937913949100
2.455-2.58450.2451480.221438153963100
2.5845-2.74630.29421310.218138513982100
2.7463-2.95830.29661630.207937833946100
2.9583-3.25590.23651730.194237823955100
3.2559-3.72660.2091320.174538343966100
3.7266-4.69380.17511350.146338213956100
4.6938-38.00620.24781250.178838433968100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.2658 Å / Origin y: 5.2373 Å / Origin z: 21.309 Å
111213212223313233
T0.1646 Å20.0065 Å2-0.0072 Å2-0.1348 Å2-0.0081 Å2--0.1704 Å2
L1.1028 °2-0.1043 °2-0.2665 °2-0.7081 °2-0.0875 °2--1.0512 °2
S0.0531 Å °0.0828 Å °0.0236 Å °-0.1107 Å °-0.0265 Å °0.0783 Å °0.0084 Å °0.1079 Å °-0.0225 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB501
2X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 419
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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