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万見
- PDB-6bkl: Influenza A M2 transmembrane domain bound to rimantadine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bkl
タイトルInfluenza A M2 transmembrane domain bound to rimantadine
要素Matrix protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / influenza M2 / proton channel / rimantadine
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host autophagy / proton transmembrane transporter activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / channel activity / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EU7 / RIMANTADINE / Matrix protein 2 / Matrix protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.995 Å
データ登録者Thomaston, J.L. / DeGrado, W.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM056423 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Inhibitors of the M2 Proton Channel Engage and Disrupt Transmembrane Networks of Hydrogen-Bonded Waters.
著者: Thomaston, J.L. / Polizzi, N.F. / Konstantinidi, A. / Wang, J. / Kolocouris, A. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2017年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 2
B: Matrix protein 2
C: Matrix protein 2
D: Matrix protein 2
E: Matrix protein 2
F: Matrix protein 2
G: Matrix protein 2
H: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,75212
ポリマ－22,0358
非ポリマー7174
水57632
1
A: Matrix protein 2
B: Matrix protein 2
C: Matrix protein 2
D: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3766
ポリマ－11,0174
非ポリマー3592
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area5490 Å2
手法PISA
2
E: Matrix protein 2
F: Matrix protein 2
G: Matrix protein 2
H: Matrix protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3766
ポリマ－11,0174
非ポリマー3592
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area5520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.460, 47.840, 48.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Matrix protein 2


分子量: 2754.340 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q20MD5, UniProt: Q9Q0L9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EU7 / (1S)-1-[(3R,5R,7R)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-yl]ethan-1-amine / S-RIMANTADINE


分子量: 179.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21N
#3: 化合物 ChemComp-RIM / RIMANTADINE / 1-(1-ADAMANTYL)ETHANAMINE / (R)-1-(1-アダマンチル)エチルアミン


分子量: 179.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21N / コメント: 抗ウイルス剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M sodium acetate / acetic acid pH 4.5, 20% w/v PEG 8000, monoolein, rimantadine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.995→48.193 Å / Num. obs: 10589 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.995→2.05 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 754 / CC1/2: 0.959 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LBW

3lbw


解像度: 1.995→48.193 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 1052 9.98 %
Rwork0.1863 --
obs0.1919 10543 92.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.995→48.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1452 0 52 32 1536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7352120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.977508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.431302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006226
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.995-2.08580.27241260.19751142X-RAY DIFFRACTION90
2.0858-2.19580.28341320.1721178X-RAY DIFFRACTION92
2.1958-2.33340.23851300.17621163X-RAY DIFFRACTION91
2.3334-2.51350.30981310.18381200X-RAY DIFFRACTION92
2.5135-2.76640.2271330.17261186X-RAY DIFFRACTION93
2.7664-3.16670.23111340.17981206X-RAY DIFFRACTION94
3.1667-3.98940.25291330.18831208X-RAY DIFFRACTION93
3.9894-48.20670.21851330.19831208X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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