PDB-6bif: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bif

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 1-(4-amino-2-hydroxyphenyl)ethan-1-one

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 1-(4-amino-2-hydroxyphenyl)ethan-1-one
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bif.cif.gz	177.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bif.ent.gz	143.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/6bif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/6bif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6b4t-1 6bi9-1 6b7i-1 6bhb-1 2a0w-1 6b71-1 6bj6-1 5tbs-1 5cxs-1 5tbt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.800, 99.800, 99.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-586- HOH
2	1	A-661- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-DSJ / 1-(4-amino-2-hydroxyphenyl)ethan-1-one / 4′-アミノ-2′-ヒドロキシアセトフェノン分子量: 151.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.32 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→57.62 Å / Num. obs: 43879 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3199 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.6→57.62 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1814	2153	4.91 %
R_work	0.1574	-	-
obs	0.1585	43847	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→57.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2150	0	43	278	2471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2221
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.157	3002
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.685	1321
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	346
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	387

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6003-1.6376	0.286	142	0.268	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6376-1.6785	0.2766	122	0.2573	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6785-1.7239	0.2606	155	0.2346	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7239-1.7746	0.2594	171	0.2215	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7746-1.8319	0.2175	129	0.1983	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8319-1.8974	0.1951	184	0.1828	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8974-1.9734	0.1893	136	0.1686	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9734-2.0632	0.1802	143	0.157	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0632-2.172	0.1861	142	0.149	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.172-2.3081	0.1784	154	0.1471	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3081-2.4863	0.1804	124	0.139	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4863-2.7365	0.1833	130	0.1444	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7365-3.1324	0.1615	138	0.1482	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1324-3.9464	0.1751	157	0.142	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9464-57.6569	0.1489	126	0.1475	2945	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6719	4.8114	1.4685	6.3239	3.4413	5.8452	-0.114	0.2685	-1.0793	0.1315	0.2957	-0.8131	0.6375	0.2439	-0.1881	0.2674	0.0235	0.0866	0.1827	-0.0073	0.3385	27.5009	11.5804	52.8047
2	3.1824	-0.2113	0.3722	3.3805	-1.3248	3.1282	0.1173	0.2531	-0.6725	-0.1921	-0.0953	0.1258	0.5093	-0.1763	-0.0431	0.3385	-0.0614	0.039	0.207	-0.0782	0.3329	11.7464	8.2579	46.7267
3	1.6509	-0.5479	-0.6904	0.8605	0.6872	2.3766	-0.0947	0.0458	-0.311	-0.0191	-0.0158	0.0785	0.2782	-0.0862	0.1305	0.2247	-0.0338	0.0485	0.1557	-0.0212	0.2483	15.502	15.3011	53.5234
4	2.3279	0.2547	0.4061	1.0736	0.3502	1.0995	-0.0487	0.1748	-0.0177	-0.1614	0.0204	0.0484	-0.0363	-0.0583	0.0292	0.1775	-0.0214	0.0184	0.1495	0.0021	0.1241	11.8366	30.1527	47.0337
5	1.2885	-0.2386	0.4013	2.7611	2.0675	4.3463	-0.0548	0.3966	-0.0362	-0.5182	-0.0817	0.2393	-0.0812	-0.1594	0.0731	0.2661	-0.0475	-0.0284	0.2926	-0.0124	0.1607	1.2161	25.6848	34.9292
6	1.8608	-0.0988	0.5329	1.1095	0.3996	0.3894	-0.0131	0.0539	0.0492	-0.0852	-0.0702	0.1311	-0.0627	-0.1546	0.0965	0.1795	-0.0115	-0.0027	0.1886	-0.018	0.1552	1.1115	31.5095	51.7084
7	6.1881	-1.5653	-6.3132	2.345	3.0725	8.7749	-0.1861	0.3227	-0.3242	-0.0686	-0.0338	0.0657	0.2573	-0.2831	0.263	0.2111	-0.0598	-0.052	0.2341	-0.0325	0.2056	-0.7922	15.9292	41.9988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 169 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 170 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 258 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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