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- PDB-6bic: 2.25 A resolution structure of Norovirus 3CL protease in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bic
タイトル2.25 A resolution structure of Norovirus 3CL protease in complex with a triazole-based macrocyclic inhibitor
要素3C-like protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protease / norovirus / Norwalk virus / antiviral inhibitors / triazole-based macrocyclic inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription ...calicivirin / host cell membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Trypsin-like serine proteases ...Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(phenylmethyl) ~{N}-[(9~{S},12~{S},15~{S})-9-(hydroxymethyl)-12-(2-methylpropyl)-6,11,14-tris(oxidanylidene)-1,5,10,13,18,19-hexazabicyclo[15.2.1]icosa-17(20),18-dien-15-yl]carbamate / Chem-5LH / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Norwalk virus (ノロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Mehzabeen, N. / Kankanamalage, A.C.G. / Weerawarna, P.M. / Rathnayake, A.D. / Kim, Y. / Chang, K.O. / Groutas, W.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI109039 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM110761 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Putative structural rearrangements associated with the interaction of macrocyclic inhibitors with norovirus 3CL protease.
著者: Galasiti Kankanamalage, A.C. / Weerawarna, P.M. / Rathnayake, A.D. / Kim, Y. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C.
履歴
登録2017年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like protease
B: 3C-like protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3684
ポリマ－40,2522
非ポリマー1,1152
水77543
1
A: 3C-like protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6842
ポリマ－20,1261
非ポリマー5581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3C-like protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6842
ポリマ－20,1261
非ポリマー5581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.602, 66.271, 125.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 3C-like protease


分子量: 20126.131 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1101-1281 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / 株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83883, calicivirin
#2: 化合物 ChemComp-5LH / (phenylmethyl) ~{N}-[(9~{S},12~{S},15~{S})-9-(hydroxymethyl)-12-(2-methylpropyl)-6,11,14-tris(oxidanylidene)-1,5,10,13,18,19-hexazabicyclo[15.2.1]icosa-17(20),18-dien-15-yl]carbamate


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 557.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H39N7O6
参照: (phenylmethyl) ~{N}-[(9~{S},12~{S},15~{S})-9-(hydroxymethyl)-12-(2-methylpropyl)-6,11,14-tris(oxidanylidene)-1,5,10,13,18,19-hexazabicyclo[15.2.1]icosa-17(20),18-dien-15-yl]carbamate
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.57 % / 解説: prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% w/v PEG2000 MME, 0.1 M potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→45.52 Å / Num. obs: 15565 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 32.43 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 301166 / Scaling rejects: 6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.3218.71.41814020.92199.8
9-45.5215.70.0593040.999199.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.25 Å33.14 Å
Translation2.25 Å33.14 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.12データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5T6D

5t6d


解像度: 2.25→33.136 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 32.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2801 768 4.96 %
Rwork0.2173 --
obs0.2205 15490 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.3 Å2 / Biso mean: 40.1553 Å2 / Biso min: 14.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→33.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2355 0 73 43 2471
Biso mean--48.33 33.81 -
残基数----326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8153390
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8581419
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2501-2.42370.34761460.260428633009
2.4237-2.66760.35551380.256529143052
2.6676-3.05330.32461530.242129163069
3.0533-3.84590.27671690.212829333102
3.8459-33.13910.23581620.191230963258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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