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- PDB-6bhs: HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, hexagonal crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bhs
タイトルHIV-1 CA hexamer in complex with IP6, hexagonal crystal form
要素Capsid protein p24
キーワードVIRAL PROTEIN / assembly / co-factor
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding ...viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.984 Å
データ登録者Zadrozny, K. / Wagner, J.M. / Ganser-Pornillos, B.K. / Pornillos, O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI129678 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM103297 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Inositol phosphates are assembly co-factors for HIV-1.
著者: Dick, R.A. / Zadrozny, K.K. / Xu, C. / Schur, F.K.M. / Lyddon, T.D. / Ricana, C.L. / Wagner, J.M. / Perilla, J.R. / Ganser-Pornillos, B.K. / Johnson, M.C. / Pornillos, O. / Vogt, V.M.
履歴
登録2017年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年10月14日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1212
ポリマ－25,4611
非ポリマー6601
水2,612145
1
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,72812
ポリマ－152,7686
非ポリマー3,9606
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area18250 Å2
ΔGint-217 kcal/mol
Surface area59420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.649, 90.649, 56.614
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

IHP

21A-301-

IHP

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24


分子量: 25461.271 Da / 分子数: 1 / 変異: A146C, E177C, W316A, M317A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate NY5) (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12493
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細IHP occupies a 6-fold symmetric position

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 10% PEG 8,000, 2% Tacsimate, 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 18475 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Rpim(I) all: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H47

3h47


解像度: 1.984→39.252 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2842 889 4.89 %
Rwork0.2357 --
obs0.2381 18196 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.984→39.252 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1610 0 36 145 1791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0912410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2981087
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.762269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9843-2.10860.32441500.282660X-RAY DIFFRACTION92
2.1086-2.27140.30621380.26512889X-RAY DIFFRACTION99
2.2714-2.49990.30131640.24612888X-RAY DIFFRACTION100
2.4999-2.86160.2941280.23162933X-RAY DIFFRACTION100
2.8616-3.60490.26051510.22522941X-RAY DIFFRACTION100
3.6049-39.25980.27761580.22612996X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.37042.13531.43894.8643-2.06494.7149-0.11911.1075-1.2014-1.1956-0.45360.78821.0149-0.66570.25670.45750.0142-0.04750.5425-0.20580.47799.26668.1281-20.0621
21.4234-0.10011.24150.8041-0.54793.1463-0.06290.21390.15-0.2047-0.0245-0.1252-0.32140.33760.11970.2597-0.04050.01370.189-0.01180.230521.607723.1986-9.2648
32.1626-0.74770.57912.8694-1.64773.2925-0.06680.397-0.0853-0.2007-0.1023-0.0998-0.22360.20340.17990.1668-0.02090.04730.2007-0.0340.200722.842716.1515-9.4434
44.8803-0.16020.98815.0014-0.45124.3501-0.0951-0.2172-0.03780.37510.0114-0.43630.19210.33480.06950.16050.0099-0.01870.2426-0.00810.235537.12-6.263115.9565
55.967-2.53182.98653.1175-1.0724.7017-0.1461-0.6199-0.22720.47510.13510.18160.0515-0.35890.05020.2487-0.02270.00490.1815-0.01090.28114.29758.38392.1349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 13 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 110 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 111 through 145 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 146 through 219 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 14 through 43 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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