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- PDB-6bhp: Crystal structure of the Chlamydomonas reinhardtii LCI1 channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bhp
タイトルCrystal structure of the Chlamydomonas reinhardtii LCI1 channel
要素Membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Channel / CO2-concentrating mechanism / microalgae
機能・相同性membrane / CARBON DIOXIDE / : / Membrane protein
機能・相同性情報
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.209 Å
データ登録者Chou, T.-H. / Radhakrishnan, A.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2020
タイトル: Structure and function of LCI1: a plasma membrane CO 2 channel in the Chlamydomonas CO 2 concentrating mechanism.
著者: Kono, A. / Chou, T.H. / Radhakrishnan, A. / Bolla, J.R. / Sankar, K. / Shome, S. / Su, C.C. / Jernigan, R.L. / Robinson, C.V. / Yu, E.W. / Spalding, M.H.
履歴
登録2017年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein
B: Membrane protein
C: Membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2007
ポリマ－66,5543
非ポリマー6464
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area20980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.235, 85.235, 209.784
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Membrane protein


分子量: 22184.730 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q39583
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG2000MME, sodium citrate, nickel chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 15305 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 43.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.899 / Net I/av σ(I): 20.5 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 143222
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)CC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3.2-3.319.60.4710.5460.847100
3.31-3.459.70.650.3880.889100
3.45-3.69.60.8330.2630.8571000.7830.827
3.6-3.799.30.90.1840.9221000.5390.57
3.79-4.038.90.9430.1651.07599.90.4230.455
4.03-4.349.80.9840.0640.8581000.1930.203
4.34-4.789.50.990.0430.9261000.1280.135
4.78-5.4790.9910.0390.9261000.1130.12
5.47-6.899.60.9940.0310.8471000.0930.098
6.89-508.50.9990.0110.86499.90.030.032

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
SHELXCD位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.209→42.753 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2968 617 4.93 %
Rwork0.2194 11910 -
obs0.2229 12527 82.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.11 Å2 / Biso mean: 25.9656 Å2 / Biso min: 3.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.209→42.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4053 0 6 0 4059
Biso mean--77.52 --
残基数----510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5155662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9122403
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2086-3.53140.3462590.22011101116031
3.5314-4.0420.28281680.20963504367299
4.042-5.09120.27932160.202535393755100
5.0912-42.75730.31891740.241937663940100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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