PDB-6bhb: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bhb

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 2-aminopyrimidin-5-ol

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 2-aminopyrimidin-5-ol
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bhb.cif.gz	173.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bhb.ent.gz	140.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bhb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bhb_validation.pdf.gz	737.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bhb_full_validation.pdf.gz	737.6 KB	表示
XML形式データ	6bhb_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	6bhb_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/6bhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/6bhb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6b7i-1 6b37-1 6bb7-1 6b4q-1 6bi9-1 6bj6-1 5ko6-1 6axa-1 5cxs-1 3bgs-1 6b4t-1 6bfv-1 2a0w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.740, 99.740, 99.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-473- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-DS1 / 2-aminopyrimidin-5-ol 分子量: 111.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→70.53 Å / Num. obs: 22643 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 11.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1671 / CC_1/2: 0.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 2→70.53 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	1078	4.77 %
R_work	0.1847	-	-
obs	0.186	22615	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→70.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2136	0	40	86	2262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2211
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.584	2991
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.718	1314
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0008-2.0919	0.2793	159	0.2538	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0919-2.2022	0.2383	135	0.2249	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2022-2.3401	0.2487	142	0.2038	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3401-2.5208	0.2213	104	0.1954	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5208-2.7745	0.2336	137	0.1914	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7745-3.176	0.2103	138	0.1936	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.176-4.0012	0.2327	139	0.1788	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0012-57.6088	0.1708	124	0.1616	2827	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6611	3.1645	-0.9215	5.9468	3.1608	7.8485	-0.0492	0.1508	-1.1629	0.33	0.3364	-0.8736	1.0485	0.6419	-0.3494	0.3426	0.0575	-0.0027	0.2475	-0.0245	0.3991	27.9583	11.6911	52.7722
2	4.1047	-1.1885	0.7172	5.0814	-1.0558	4.2177	0.5147	0.1119	-0.8942	0.0938	-0.1817	0.145	0.4708	-0.3156	-0.3112	0.521	-0.0987	-0.014	0.291	-0.0493	0.4964	11.4134	8.8159	46.8647
3	3.8467	1.6935	-5.6924	3.253	-2.3028	8.6445	-0.3971	-0.3845	-0.1624	0.5037	0.4517	0.6273	0.4421	-0.6947	-0.0595	0.5397	-0.0527	0.0342	0.3798	0.0517	0.4299	15.3627	12.2004	61.2489
4	5.1239	1.0744	0.9881	9.1417	-5.6842	4.1215	-0.0143	0.1695	-0.8687	0.0848	0.0001	0.0557	1.4701	-0.4718	-0.0055	0.413	-0.0722	0.0375	0.3489	-0.0989	0.4493	13.6777	8.8136	43.5632
5	6.6038	-2.69	-6.0875	1.0948	2.6177	6.5087	0.046	-0.1182	-0.0628	0.0488	0.0069	0.1156	0.1522	0.0611	-0.0353	0.3425	-0.0526	0.0324	0.2333	-0.0207	0.2919	16.7994	20.7127	55.6646
6	2.5416	-0.2956	-0.12	1.2468	0.2926	0.7059	0.0493	0.3569	0.0172	-0.2242	-0.0196	0.0149	0.0291	-0.031	-0.0287	0.2926	-0.0356	0.0253	0.3089	-0.0014	0.2175	12.5779	29.8123	47.195
7	1.7742	-0.5341	-0.038	4.1328	3.8577	7.7781	-0.145	0.5178	-0.045	-0.6858	-0.2094	0.4847	-0.1342	-0.4044	0.1965	0.3667	-0.0684	-0.0516	0.4425	-0.0027	0.235	1.4498	25.7708	34.9713
8	2.4856	-0.7863	-1.1304	2.5013	1.4673	2.3366	-0.0155	0.0174	0.0872	-0.1034	-0.0458	0.1567	-0.0159	-0.2558	0.1219	0.2242	-0.0502	-0.0119	0.2416	-0.0224	0.1724	4.7551	32.9667	52.9289
9	7.3764	-1.5733	-0.6912	2.2567	0.8992	0.3477	0.0712	0.1193	-0.1603	-0.0645	-0.1563	0.2573	0.0475	-0.2587	0.1308	0.2788	-0.0356	-0.0195	0.3303	-0.0323	0.2541	-3.8416	29.1276	49.6247
10	6.1841	-1.7627	-4.2354	4.4579	3.7061	8.433	-0.1559	0.415	-0.6616	0.0488	-0.1387	0.0521	0.4358	-0.5227	0.2693	0.3539	-0.1015	-0.0708	0.3746	-0.0426	0.3282	-0.61	16.0094	41.9997

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 84 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 85 through 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 108 through 169 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 170 through 196 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 197 through 233 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 234 through 258 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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