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- PDB-6bfs: The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bfs
タイトルThe mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies
要素
  • Fab Heavy Chain
  • Fab light Chain
  • Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cytokine-Fab complex / Pulmonary Alveolar Proteinosis / receptor assembly / autoantibodies
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / histamine secretion / neutrophil differentiation / response to silicon dioxide / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / dendritic cell differentiation / response to fluid shear stress / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / histamine secretion / neutrophil differentiation / response to silicon dioxide / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / dendritic cell differentiation / response to fluid shear stress / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / myeloid cell differentiation / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of podosome assembly / Interleukin-10 signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / monocyte differentiation / macrophage differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / embryonic placenta development / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cytokine activity / growth factor activity / RAF/MAP kinase cascade / cellular response to lipopolysaccharide / cell population proliferation / positive regulation of cell migration / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like ...Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dhagat, U. / Hercus, T.R. / Broughton, S.E. / Nero, T.L. / Lopez, A.F. / Parker, M.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2018
タイトル: The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies suggests novel therapeutic opportunities.
著者: Dhagat, U. / Hercus, T.R. / Broughton, S.E. / Nero, T.L. / Cheung Tung Shing, K.S. / Barry, E.F. / Thomson, C.A. / Bryson, S. / Pai, E.F. / McClure, B.J. / Schrader, J.W. / Lopez, A.F. / Parker, M.W.
履歴
登録2017年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab light Chain
H: Fab Heavy Chain
C: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2133
ポリマ－61,2133
非ポリマー00
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.454, 48.129, 77.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab light Chain


分子量: 23449.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab Heavy Chain


分子量: 23270.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / GM-CSF / Colony-stimulating factor / CSF / Molgramostin / Sargramostim


分子量: 14492.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2, GMCSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04141
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0. 2 M Sodium Chloride, 20% PEG 8000, 0.1 M phosphate Citrate 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 34696 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2-2.053.80.61325570.7720.3650.71499
8.95-39.553.40.0314210.9980.0190.03798.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å39.55 Å
Translation2 Å39.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.4データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RJL

1rjl


解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 5.216 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.181
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1671 4.8 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 33019 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.21 Å2 / Biso mean: 34.652 Å2 / Biso min: 16.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.72 Å20 Å20.1 Å2
2--0.6 Å2-0 Å2
3---1.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4128 0 0 116 4244
Biso mean---34 -
残基数----535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.024235
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8421.955762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01139068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.725531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25324.727165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.47115698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0051513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02927
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 144 -
Rwork0.271 2404 -
all-2548 -
obs--98.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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