PDB-6bfq: The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bfq

タイトル

The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies

要素

Fab Heavy chain
Fab Light Chain
Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

キーワード

IMMUNE SYSTEM / cytokine-Fab complex / Pulmonary Alveolar Proteinosis / receptor assembly / autoantibodies

機能・相同性

機能・相同性情報

granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / histamine secretion / response to silicon dioxide / neutrophil differentiation / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / dendritic cell differentiation / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Dhagat, U. / Hercus, T.R. / Broughton, S.E. / Nero, T.L. / Lopez, A.F. / Parker, M.W.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: MAbs / 年: 2018
タイトル: The mechanism of GM-CSF inhibition by human GM-CSF auto-antibodies suggests novel therapeutic opportunities.
著者: Dhagat, U. / Hercus, T.R. / Broughton, S.E. / Nero, T.L. / Cheung Tung Shing, K.S. / Barry, E.F. / Thomson, C.A. / Bryson, S. / Pai, E.F. / McClure, B.J. / Schrader, J.W. / Lopez, A.F. / Parker, M.W.

履歴

登録	2017年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.6	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bfq.cif.gz	405.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bfq.ent.gz	328.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bfq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bfq_validation.pdf.gz	500.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bfq_full_validation.pdf.gz	510.7 KB	表示
XML形式データ	6bfq_validation.xml.gz	67.2 KB	表示
CIF形式データ	6bfq_validation.cif.gz	95.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/6bfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/6bfq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bfsC 2jixS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ywd-d 6txz-2 5vig-2 1ztx-d 1yt5-2 6wit-2 1yt5-1 6ddm-d 5k0s-1 4aei-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#128 - 2010年8月
インターフェロン (Interferons)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
類似性 (1)
#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab Heavy chain

L: Fab Light Chain

A: Fab Heavy chain

B: Fab Light Chain

C: Fab Heavy chain

D: Fab Light Chain

E: Fab Heavy chain

F: Fab Light Chain

G: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

J: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

I: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

K: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

247 kDa, 12 ポリマー
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1

H: Fab Heavy chain

L: Fab Light Chain

K: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.9 kDa, 3 ポリマー
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2

A: Fab Heavy chain

B: Fab Light Chain

I: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.9 kDa, 3 ポリマー
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3

C: Fab Heavy chain

D: Fab Light Chain

G: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.9 kDa, 3 ポリマー
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4

E: Fab Heavy chain

F: Fab Light Chain

J: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.437, 100.535, 101.866
Angle α, β, γ (deg.)	91.170, 117.960, 108.650
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	H	A	2 - 213	2 - 216
2	1	ALA	ALA	LYS	LYS	A	C	2 - 213	2 - 216
1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	H	A	2 - 213	2 - 216
2	2	ALA	ALA	LYS	LYS	C	E	2 - 213	2 - 216
1	3	ALA	ALA	LYS	LYS	H	A	2 - 213	2 - 216
2	3	ALA	ALA	LYS	LYS	E	G	2 - 213	2 - 216
1	4	ASP	ASP	GLY	GLY	L	B	2 - 213	2 - 213
2	4	ASP	ASP	GLY	GLY	B	D	2 - 213	2 - 213
1	5	ASP	ASP	ARG	ARG	L	B	2 - 212	2 - 212
2	5	ASP	ASP	ARG	ARG	D	F	2 - 212	2 - 212
1	6	ASP	ASP	ARG	ARG	L	B	2 - 212	2 - 212
2	6	ASP	ASP	ARG	ARG	F	H	2 - 212	2 - 212
1	7	ALA	ALA	LYS	LYS	A	C	2 - 213	2 - 216
2	7	ALA	ALA	LYS	LYS	C	E	2 - 213	2 - 216
1	8	ALA	ALA	LYS	LYS	A	C	2 - 213	2 - 216
2	8	ALA	ALA	LYS	LYS	E	G	2 - 213	2 - 216
1	9	ASP	ASP	ARG	ARG	B	D	2 - 212	2 - 212
2	9	ASP	ASP	ARG	ARG	D	F	2 - 212	2 - 212
1	10	ASP	ASP	ARG	ARG	B	D	2 - 212	2 - 212
2	10	ASP	ASP	ARG	ARG	F	H	2 - 212	2 - 212
1	11	ALA	ALA	LYS	LYS	C	E	2 - 213	2 - 216
2	11	ALA	ALA	LYS	LYS	E	G	2 - 213	2 - 216
1	12	ASP	ASP	GLU	GLU	D	F	2 - 214	2 - 214
2	12	ASP	ASP	GLU	GLU	F	H	2 - 214	2 - 214
1	13	ARG	ARG	GLU	GLU	G	I	23 - 123	23 - 123
2	13	ARG	ARG	GLU	GLU	J	J	23 - 123	23 - 123
1	14	ARG	ARG	GLU	GLU	G	I	23 - 123	23 - 123
2	14	ARG	ARG	GLU	GLU	I	K	23 - 123	23 - 123
1	15	ARG	ARG	GLU	GLU	G	I	23 - 123	23 - 123
2	15	ARG	ARG	GLU	GLU	K	L	23 - 123	23 - 123
1	16	ARG	ARG	GLU	GLU	J	J	23 - 123	23 - 123
2	16	ARG	ARG	GLU	GLU	I	K	23 - 123	23 - 123
1	17	ILE	ILE	GLU	GLU	J	J	19 - 123	19 - 123
2	17	ILE	ILE	GLU	GLU	K	L	19 - 123	19 - 123
1	18	ARG	ARG	GLU	GLU	I	K	23 - 123	23 - 123
2	18	ARG	ARG	GLU	GLU	K	L	23 - 123	23 - 123

NCSアンサンブル:

#1: 抗体	Fab Heavy chain 分子量: 23877.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Fab Light Chain 分子量: 23494.256 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質	Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / GM-CSF / Colony-stimulating factor / CSF / Molgramostin / Sargramostim 分子量: 14492.495 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2, GMCSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04141
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化	温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.16 M Calcium acetate, 14.4% PEG8000, 0.08 M Sodium Cacodylate pH 6.5 and 20% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.954 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50.01 Å / Num. obs: 94668 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.967 / R_merge(I) obs: 0.246 / R_pim(I) all: 0.134 / R_rim(I) all: 0.281 / Net I/σ(I): 39

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.6-2.64	2.7	4471	0.344	0.828	93.4
14.22-46.63	4.4	553	0.99	0.051	95.7	0.097	0.11

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.44

	最高解像度	最低解像度
Rotation	45.11 Å	2.91 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.4	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2JIX

2jix

解像度: 2.6→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 13.724 / SU ML: 0.272 / SU R Cruickshank DPI: 0.4957 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.498 / ESU R Free: 0.299
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2644	4789	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2303	-	-	-
obs	0.232	89368	98.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.8 Å² / B_iso mean: 44.751 Å² / B_iso min: 13.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1 Å²	0.38 Å²	0.54 Å²
2-	-	1.08 Å²	-0.77 Å²
3-	-	-	-0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16012	0	0	193	16205
B_iso mean	-	-	-	29.23	-
残基数	-	-	-	-	2086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	16408
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	14890
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.675	1.962	22326
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.004	3	34767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.079	5	2071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.064	24.33	649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.919	15	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.986	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	2553
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	18085
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3195

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	H	12270	0.05
1	2	A	12270	0.05
2	1	H	12202	0.07
2	2	C	12202	0.07
3	1	H	12294	0.04
3	2	E	12294	0.04
4	1	L	12474	0.07
4	2	B	12474	0.07
5	1	L	12522	0.06
5	2	D	12522	0.06
6	1	L	12582	0.07
6	2	F	12582	0.07
7	1	A	12172	0.06
7	2	C	12172	0.06
8	1	A	12124	0.06
8	2	E	12124	0.06
9	1	B	12558	0.07
9	2	D	12558	0.07
10	1	B	12466	0.07
10	2	F	12466	0.07
11	1	C	12136	0.07
11	2	E	12136	0.07
12	1	D	12564	0.08
12	2	F	12564	0.08
13	1	G	5322	0.11
13	2	J	5322	0.11
14	1	G	5372	0.1
14	2	I	5372	0.1
15	1	G	5290	0.12
15	2	K	5290	0.12
16	1	J	5482	0.09
16	2	I	5482	0.09
17	1	J	5958	0.1
17	2	K	5958	0.1
18	1	I	5406	0.1
18	2	K	5406	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.413	326	-
R_work	0.377	6503	-
all	-	6829	-
obs	-	-	97.11 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)