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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ben | ||||||
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タイトル | Solution structure of de novo macrocycle design8.2 | ||||||
要素 | (DAR)Q(DPR)(DGN)R(DGL)PQ | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / macrocycle / de novo | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Shortridge, M.D. / Hosseinzadeh, P. / Pardo-Avila, F. / Varani, G. / Baker, B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Comprehensive computational design of ordered peptide macrocycles. 著者: Hosseinzadeh, P. / Bhardwaj, G. / Mulligan, V.K. / Shortridge, M.D. / Craven, T.W. / Pardo-Avila, F. / Rettie, S.A. / Kim, D.E. / Silva, D.A. / Ibrahim, Y.M. / Webb, I.K. / Cort, J.R. / ...著者: Hosseinzadeh, P. / Bhardwaj, G. / Mulligan, V.K. / Shortridge, M.D. / Craven, T.W. / Pardo-Avila, F. / Rettie, S.A. / Kim, D.E. / Silva, D.A. / Ibrahim, Y.M. / Webb, I.K. / Cort, J.R. / Adkins, J.N. / Varani, G. / Baker, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ben.cif.gz | 52.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ben.ent.gz | 37 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ben.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ben_validation.pdf.gz | 418.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ben_full_validation.pdf.gz | 524.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ben_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ben_validation.cif.gz | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/6ben ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/6ben | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6be7C 6be9C 6beoC 6beqC 6berC 6besC 6betC 6beuC 6bewC 6bf3C 6bf5C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | ( 分子量: 1040.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 5 mg/mL Design8.2, 5 % [U-2H] glycerol, 90% H2O/10% D2O Label: dsh_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |