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- PDB-6bdk: Crystal structure of human CYP3A4 bound to an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bdk
タイトルCrystal structure of human CYP3A4 bound to an inhibitor
要素Cytochrome P450 3A4
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / cytochrome P450 / monooxygenase / inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / vitamin D metabolic process / Atorvastatin ADME / oxidative demethylation / : / steroid catabolic process / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / long-chain fatty acid biosynthetic process / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / Prednisone ADME / unspecific monooxygenase / aromatase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / steroid hydroxylase activity / xenobiotic catabolic process / monooxygenase activity / steroid binding / cholesterol metabolic process / xenobiotic metabolic process / lipid metabolic process / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DJ1 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 3A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Sevrioukova, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES025767 米国
引用ジャーナル: Mol Pharm. / 年: 2018
タイトル: Inhibition of Human CYP3A4 by Rationally Designed Ritonavir-Like Compounds: Impact and Interplay of the Side Group Functionalities.
著者: Samuels, E.R. / Sevrioukova, I.
履歴
登録2017年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9263
ポリマ－55,7581
非ポリマー1,1682
水00
1
A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,70412
ポリマ－223,0314
非ポリマー4,6738
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area10750 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area72310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.479, 102.390, 127.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 3A4 / 1 / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase / Albendazole sulfoxidase / CYPIIIA3 ...1 / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase / Albendazole sulfoxidase / CYPIIIA3 / CYPIIIA4 / Cholesterol 25-hydroxylase / Cytochrome P450 3A3 / Cytochrome P450 HLp / Cytochrome P450 NF-25 / Cytochrome P450-PCN1 / Nifedipine oxidase / Quinine 3-monooxygenase / Taurochenodeoxycholate 6-alpha-hydroxylase


分子量: 55757.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP3A4, CYP3A3 / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08684, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P08684, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む, EC: 1.14.13.157, EC: 1.14.13.32, unspecific monooxygenase, EC: 1.14.13.67, EC: 1.14.13.97
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DJ1 / tert-butyl [(2S)-1-{[(2R)-2-(cyclopentylamino)-3-oxo-3-{[(pyridin-3-yl)methyl]amino}propyl]sulfanyl}-3-(1H-indol-3-yl)propan-2-yl]carbamate


分子量: 551.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H41N5O3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→79.9 Å / Num. obs: 14250 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.67→2.81 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.522 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1999 / CC1/2: 0.355 / Rpim(I) all: 0.914 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VCC

5vcc


解像度: 2.67→51.195 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2724 684 4.81 %
Rwork0.2055 --
obs0.2088 14223 96.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→51.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3710 0 82 0 3792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1385398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3062422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007681
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6701-2.87620.35841250.28842598X-RAY DIFFRACTION94
2.8762-3.16560.38551420.28422722X-RAY DIFFRACTION98
3.1656-3.62360.3181310.23952736X-RAY DIFFRACTION97
3.6236-4.56490.24231410.19392725X-RAY DIFFRACTION97
4.5649-51.20440.25281450.18172758X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.3102 Å / Origin y: -27.5863 Å / Origin z: -13.117 Å
111213212223313233
T0.3744 Å2-0.0394 Å2-0.0684 Å2-0.5661 Å20.0563 Å2--0.4455 Å2
L4.5601 °2-3.3944 °20.908 °2-7.5811 °2-1.7511 °2--3.5476 °2
S0.1075 Å °0.4231 Å °0.2245 Å °0.0885 Å °-0.2715 Å °0.1615 Å °-0.1488 Å °0.1266 Å °0.1313 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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