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- PDB-6bck: Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody N49P7 in Compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bck
タイトルCrystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody N49P7 in Complex with HIV-1 Clade AE strain 93TH057 gp120 core.
要素
  • N49P7 Fab heavy chain of N29P7 IgG
  • N49P7 Fab light chain from N49P7 IgG
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / VRC01-CLASS ANTIBODY / CD4 binding site / CLADE A/E 93TH057 gp120 / viral protein-immune system complex / N49P7 / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / viral envelope / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
VA Merit Review AwardVAIBX002358 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI110259 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI129769 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Identification of Near-Pan-neutralizing Antibodies against HIV-1 by Deconvolution of Plasma Humoral Responses.
著者: Sajadi, M.M. / Dashti, A. / Rikhtegaran Tehrani, Z. / Tolbert, W.D. / Seaman, M.S. / Ouyang, X. / Gohain, N. / Pazgier, M. / Kim, D. / Cavet, G. / Yared, J. / Redfield, R.R. / Lewis, G.K. / DeVico, A.L.
履歴
登録2017年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
H: N49P7 Fab heavy chain of N29P7 IgG
L: N49P7 Fab light chain from N49P7 IgG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,35116
ポリマ－85,6813
非ポリマー2,67013
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9130 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area34470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.436, 63.867, 255.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 N49P7 Fab heavy chain of N29P7 IgG


分子量: 24757.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 N49P7 Fab light chain from N49P7 IgG


分子量: 21763.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 G

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 39160.367 Da / 分子数: 1 / 変異: H375S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 29分子

#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 10% PEG 5000 MME 12% isopropanol 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月31日 / 詳細: RH coated flat mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→44.261 Å / Num. obs: 23639 / % possible obs: 80.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.69→2.74 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / % possible all: 72.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TGT, 3TNN

3tgt

3tnn


解像度: 2.7→44.261 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.41
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2847 919 5.1 %Random selection
Rwork0.2248 ---
obs0.228 18015 63.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.261 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5822 0 170 27 6019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1638395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.463622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076964
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.84240.4211560.35531220X-RAY DIFFRACTION32
2.8424-3.02040.3967820.32431627X-RAY DIFFRACTION43
3.0204-3.25350.35361110.26042059X-RAY DIFFRACTION54
3.2535-3.58080.29781450.24522599X-RAY DIFFRACTION68
3.5808-4.09870.30521770.21193181X-RAY DIFFRACTION83
4.0987-5.16260.22341760.18913167X-RAY DIFFRACTION81
5.1626-44.2670.26561720.21783243X-RAY DIFFRACTION79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0304-0.00570.00960.0492-0.0019-0.0313-0.0680.1432-0.0340.05220.0051-0.26270.0037-0.18710-0.58670.1309-0.1417-0.2717-0.03940.2142-16.12695.9501-56.5601
2-0.03790.0224-0.0246-0.0323-0.03350.0009-0.04350.06290.03480.1198-0.1183-0.04220.0918-0.0392-00.07360.06260.4950.1329-0.0817-0.7795-39.5219-18.2398-25.3278
3-0.01710.0242-0.00890.0034-0.01210.0279-0.1141-0.0204-0.28860.06280.050.081-0.047-0.0216-00.61850.13930.09780.3297-0.03180.157-29.983-14.2121-11.959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'G' and resid 44 through 491)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'H' and resid 2 through 212)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'L' and resid 3 through 208)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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