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万見
- PDB-6bc9: Joint X-ray/neutron structure of human carbonic anhydrase II in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bc9
タイトルJoint X-ray/neutron structure of human carbonic anhydrase II in complex with dorzolamide
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードlyase/lyase inhibitor / protonation state / drug binding / hydrogen bonding / LYASE / lyase-lyase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Chem-ETS / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kovalevsky, A. / McKenna, R. / Aggarwal, M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: "To Be or Not to Be" Protonated: Atomic Details of Human Carbonic Anhydrase-Clinical Drug Complexes by Neutron Crystallography and Simulation.
著者: Kovalevsky, A. / Aggarwal, M. / Velazquez, H. / Cuneo, M.J. / Blakeley, M.P. / Weiss, K.L. / Smith, J.C. / Fisher, S.Z. / McKenna, R.
#1: ジャーナル: Acta Cryst. / 年: 2009
タイトル: Generalized X-ray and neutron crystallographic analysis: more accurate and complete structures for biological macromolecules
著者: Adams, P.D. / Mustyakimov, M. / Afonine, P.V. / Langan, P.
履歴
登録2017年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6793
ポリマ－29,2891
非ポリマー3902
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.800, 42.100, 72.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ETS / (4S-TRANS)-4-(ETHYLAMINO)-5,6-DIHYDRO-6-METHYL-4H-THIENO(2,3-B)THIOPYRAN-2-SULFONAMIDE-7,7-DIOXIDE / Dorzolamide / ドルゾラミド


分子量: 324.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O4S3 / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M sodium citrate, 50 mM TRIS pH 8.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.54
NUCLEAR REACTORORNL Spallation Neutron Source MANDI22.0 - 4.0
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2016年8月8日OSMIC VARIMAX
ORNL ANGER CAMERA2AREA DETECTOR2016年8月19日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2neutron1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
221
341
反射

Entry-ID: 6BC9

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.63-403011595.36.10.079118.6
1.8-13.82047889.22.80.145214.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.63-1.665.20.3335183.5
1.8-1.862.20.3244278.8

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解析

ソフトウェア名称: nCNS / バージョン: 1.0.0 / 分類: 精密化
精密化

構造決定の手法: 分子置換

開始モデル解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)R Free selection details交差検証法σ(F)
5C8I

5c8i

1.8-13.8X-RAY DIFFRACTION0.1960.178148320817588.6RANDOMFREE R-VALUE2.5
NEUTRON DIFFRACTION
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→13.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 20 123 2192
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 115 5 %
Rwork0.345 2899 -
obs--78.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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