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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bbk | ||||||
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タイトル | N-terminally truncated group I PilA from Pseudomonas aeruginosa strain 1244 | ||||||
![]() | Fimbrial protein | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Pseudomonas aeruginosa / type IV pili / major pilin / pilin / pilus / twitching motility / adhesion / biofilm / virulence / filament / subunit | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / pilus / membrane => GO:0016020 / cell adhesion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shen, Y. / Guarne, A. / Nguyen, Y. / Burrows, L.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: N-terminally truncated group I PilA from Pseudomonas aeruginosa strain 1244 著者: Shen, Y. / Nguyen, Y. / Guarne, A. / Burrows, L.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13202.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.84 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES:NaOH, 20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) 2-Propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年9月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→35 Å / Num. obs: 12215 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 35.6 % / Biso Wilson estimate: 21.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 434970 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.73 Å2 / Biso mean: 22.5606 Å2 / Biso min: 11.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.73→29.554 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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