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- PDB-6bbi: The CRAC channel Orai in an unlatched-closed conformation; K163W ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bbi
タイトルThe CRAC channel Orai in an unlatched-closed conformation; K163W loss-of-function mutation; P42212 crystal form
要素Calcium release-activated calcium channel protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / calcium / SOCE / CRAC / eukaryotic / open structure
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / store-operated calcium channel activity / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of calcium ion transport / calcium channel regulator activity / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / nervous system development / identical protein binding ...store-operated calcium entry / store-operated calcium channel activity / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of calcium ion transport / calcium channel regulator activity / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / nervous system development / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium release-activated calcium channel protein / Orai superfamily / Mediator of CRAC channel activity
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium release-activated calcium channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.35 Å
データ登録者Long, S.B. / Hou, X. / Burstein, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM094273 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structures reveal opening of the store-operated calcium channel Orai.
著者: Hou, X. / Burstein, S.R. / Long, S.B.
履歴
登録2017年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Structure summary
カテゴリ: pdbx_audit_support / struct
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium release-activated calcium channel protein 1
B: Calcium release-activated calcium channel protein 1
C: Calcium release-activated calcium channel protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8533
ポリマ－72,8533
非ポリマー00
水00
1
A: Calcium release-activated calcium channel protein 1
B: Calcium release-activated calcium channel protein 1
C: Calcium release-activated calcium channel protein 1

A: Calcium release-activated calcium channel protein 1
B: Calcium release-activated calcium channel protein 1
C: Calcium release-activated calcium channel protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,7066
ポリマ－145,7066
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area22980 Å2
ΔGint-305 kcal/mol
Surface area42300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.697, 118.697, 122.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Calcium release-activated calcium channel protein 1 / Protein orai / dOrai


分子量: 24284.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: olf186-F, CRACM1, olf186, CG11430 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9U6B8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 26% PEG 400 200 mM Potassium Phosphate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.35→50 Å / Num. obs: 6174 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.4 % / Rpim(I) all: 0.017 / Rsym value: 0.06 / Net I/av σ(I): 61.1 / Net I/σ(I): 61.1
反射 シェル解像度: 4.35→4.42 Å / 冗長度: 16.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 311 / CC1/2: 0.265 / Rpim(I) all: 0.557 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BBH

6bbh


解像度: 4.35→19.849 Å / SU ML: 0.74 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 51.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3289 591 9.79 %
Rwork0.3061 --
obs0.3083 6035 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.35→19.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3338 0 0 0 3338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1484670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2671119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007541
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.3473-4.77920.40491600.42061308X-RAY DIFFRACTION99
4.7792-5.45810.44321420.38261332X-RAY DIFFRACTION99
5.4581-6.82980.39611500.361360X-RAY DIFFRACTION100
6.8298-19.84920.2981390.27831444X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3222-0.8735-0.98123.10691.52252.6418-1.38751.4118-0.02561.8083-0.1556-0.2797-0.0185-0.4658-0.00442.8339-0.338-0.49972.2636-0.14482.031945.375386.04118.829
20.7412.19462.12264.35323.83413.68941.48541.67941.6986-0.204-1.0969-4.2279-1.0986-0.29130.20891.8746-0.32910.14191.9850.05363.00149.580396.2831.0042
34.45390.7991-1.3230.6763-1.75763.34760.65491.4363-0.68150.4702-1.2563-0.60290.4372-0.8768-0.00372.3712-0.16770.1682.34450.47242.49646.959787.8944-17.822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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