PDB-6bb9: The crystal structure of 4-amino-4-deoxychorismate lyase from Sal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bb9

タイトル

The crystal structure of 4-amino-4-deoxychorismate lyase from Salmonella typhimurium LT2

要素

4-amino-4-deoxychorismate lyase

キーワード

LYASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

aminodeoxychorismate lyase / 4-amino-4-deoxychorismate lyase activity / 4-aminobenzoate biosynthetic process / folic acid biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.282 Å

データ登録者

Tan, K. / Makowska-Grzyska, M. / Nocek, B. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of 4-amino-4-deoxychorismate lyase from Salmonella typhimurium LT2
著者: Tan, K. / Makowska-Grzyska, M. / Nocek, B. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2017年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bb9.cif.gz	229.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bb9.ent.gz	185.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bb9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/6bb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/6bb9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i2lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lul-d 5fy9-d 6h52-d 5fy4-d 5fz8-d 5fz1-d 6h51-d 6eiu-d 5fpu-d 1hpu-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP90908

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 4-amino-4-deoxychorismate lyase

B: 4-amino-4-deoxychorismate lyase

ヘテロ分子

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.250, 87.250, 308.949
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	4-amino-4-deoxychorismate lyase / Aminodeoxychorismate lyase 分子量: 30354.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: pabC, DD95_12385, STMU2UK_01164 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic 参照: UniProt: A0A0M2ITI0, UniProt: Q7CQR1*PLUS, aminodeoxychorismate lyase

#1: タンパク質

4-amino-4-deoxychorismate lyase / Aminodeoxychorismate lyase

分子量: 30354.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: pabC, DD95_12385, STMU2UK_01164 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic
参照: UniProt: A0A0M2ITI0, UniProt: Q7CQR1*PLUS, aminodeoxychorismate lyase

-
非ポリマー , 5種, 100分子

#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M proline, 0.1 M HEPES, 10% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月9日 / 詳細: Mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→42 Å / Num. obs: 32870 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 44.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.08 / Χ²: 1.617 / Net I/σ(I): 37.6
反射シェル	解像度: 2.28→2.32 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.831 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1584 / CC_1/2: 0.86 / R_pim(I) all: 0.307 / R_rim(I) all: 0.887 / Χ²: 1.317 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB: 1I2L

1i2l

解像度: 2.282→41.983 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.1

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2274	1598	4.88 %	random
R_work	0.1895	-	-	-
obs	0.1914	32758	99.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.282→41.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4188	0	70	89	4347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4347
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.778	5899
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.347	2598
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	656
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	757

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2817-2.3554	0.3361	135	0.2548	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3554-2.4395	0.2793	139	0.2503	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4395-2.5372	0.2667	136	0.2332	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5372-2.6527	0.2785	146	0.2373	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6527-2.7925	0.2954	146	0.2309	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7925-2.9674	0.2681	147	0.2313	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9674-3.1964	0.2663	139	0.2172	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1964-3.518	0.2214	151	0.193	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.518-4.0267	0.1979	162	0.1726	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0267-5.0718	0.1871	149	0.1444	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0718-41.99	0.2128	148	0.1781	3094	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5889	0.6127	0.1808	3.2584	1.0889	1.6341	0.195	0.145	-0.2659	0.1744	0.3422	-0.8544	0.2512	0.364	-0.5483	0.4535	0.0868	-0.2288	0.4743	-0.2262	0.8486	21.5687	-10.9494	-5.3924
2	2.93	0.8656	-4.5254	0.3178	-0.8296	9.3129	-0.1665	-0.0859	-1.3856	0.5915	-0.0179	-1.6808	1.1177	-0.074	0.2795	0.9288	0.1794	-0.4714	0.6089	-0.1807	1.3535	23.5566	-21.332	4.678
3	5.3947	-0.2826	2.9544	3.4578	1.2503	2.019	-0.0119	0.0429	-0.0945	0.2926	0.1189	-0.0794	0.3802	-0.1955	-0.1664	0.5962	-0.1454	-0.0238	0.4449	0.067	0.2462	-13.5731	-29.9348	-21.0537
4	2.4273	0.3598	1.9158	3.4916	1.1655	1.7718	0.3924	1.4471	0.4002	-1.0268	0.1781	-0.3862	-0.4034	0.0037	0.1077	0.6392	-0.1577	0.0217	0.5197	0.1056	0.3707	-9.7591	-20.1069	-30.8454
5	4.8207	0.3365	0.7824	3.0808	0.7313	1.1947	0.0461	0.3634	-0.2936	-0.0858	0.0831	-0.2747	0.3475	0.0165	-0.1517	0.4905	-0.1052	-0.0317	0.3306	0.035	0.2469	-10.6624	-29.2687	-25.4866
6	5.2942	3.1038	0.0121	8.7797	3.7226	7.0674	-0.2626	0.4491	0.3741	0.5985	-0.0304	1.5704	1.0355	-0.7904	0.3741	0.5106	-0.1033	0.0838	0.5008	0.1043	0.5194	-29.6936	-10.0868	-14.4731
7	1.465	-0.6034	0.1096	2.2001	0.901	2.0753	0.2689	-0.2479	-0.0128	0.2735	-0.0421	-0.1243	-0.0425	-0.2164	-0.1977	0.4351	-0.0945	-0.0714	0.2791	0.0593	0.3363	-9.6276	-12.2889	-12.2055
8	6.2078	2.2202	1.6153	5.7017	0.6145	3.4755	0.0935	-0.2438	0.0319	0.2715	0.0686	0.1175	0.2178	-0.3406	-0.2538	0.3997	-0.0435	-0.0009	0.3471	0.0534	0.3665	-14.9574	-4.8081	-12.4921
9	3.1165	-0.5194	0.4307	5.2413	0.1314	1.6554	-0.0362	0.2061	0.1675	-0.1301	0.1288	0.3716	0.1154	-0.2064	-0.068	0.3859	-0.1144	-0.0206	0.4109	0.1127	0.4334	-17.108	-3.3305	-27.1555
10	4.2251	1.0701	-0.0669	4.9718	-0.3529	6.6958	0.0976	-0.1183	0.3385	0.1376	0.1652	0.4411	-0.8873	0.0353	-0.2053	0.3784	-0.075	-0.0206	0.3197	0.0705	0.5133	-16.4998	4.6903	-22.6198
11	0.5734	-1.0788	-0.4937	3.5122	0.7548	2.612	0.059	-0.2711	0.055	-0.0868	-0.1435	0.6008	0.1539	-0.317	0.0072	0.3223	-0.0704	0.0344	0.4568	0.0668	0.5555	-25.3331	-4.1542	-18.9509
12	4.3959	-1.2267	-1.4377	3.5193	1.7518	8.9538	-0.3289	0.468	-0.2869	-0.2563	-0.201	0.9184	0.3736	-0.9733	0.3712	0.3557	-0.1379	-0.0267	0.4892	0.1754	0.6399	-29.3039	-3.4069	-24.4344
13	2.9419	0.5433	0.7168	3.1851	-0.4334	2.1011	0.3498	-0.3738	-0.4215	0.8029	-0.0301	-0.3833	0.7198	-0.1171	-0.2873	0.9154	-0.07	-0.2814	0.4052	0.0617	0.4535	-2.749	-30.1859	-0.4441
14	1.3765	1.8897	-0.2045	2.3613	-0.315	0.815	-0.1491	-0.0315	-0.7485	0.0856	0.3099	-1.2154	0.6841	0.3349	-0.2547	0.8553	0.1163	-0.245	0.5236	-0.1189	0.7758	15.1378	-27.6602	-8.2051
15	2.4281	1.149	0.8263	1.7339	0.8889	1.3739	0.1324	-0.0179	-0.0137	0.2818	0.2739	-0.6816	0.3216	0.2483	-0.38	0.4522	0.0056	-0.1701	0.3486	-0.0834	0.6112	10.0733	-13.2194	-7.6215

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 210 through 255 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 256 through 269 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 0 through 38 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 39 through 52 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 53 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 111 through 125 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 126 through 156 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 157 through 177 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 178 through 211 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 212 through 227 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 228 through 247 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 248 through 269 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1 through 100 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 101 through 125 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 126 through 209 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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非ポリマー , 5種, 100分子

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)