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- PDB-6bb8: Crystal Structure of Frequency-Interacting RNA helicase (FRH) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bb8
タイトルCrystal Structure of Frequency-Interacting RNA helicase (FRH)
要素FRQ-interacting RNA helicase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / DSHCT (NUC185) domain / DSHCT / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain ...rRNA-processing arch domain / Mtr4-like, beta-barrel domain / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / DSHCT (NUC185) domain / DSHCT / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
FRQ-interacting RNA helicase / FRQ-interacting RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Morales, Y. / Johnson, S.J. / Olsen, K.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM117311 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB0952920 米国
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structure of frequency-interacting RNA helicase from Neurospora crassa reveals high flexibility in a domain critical for circadian rhythm and RNA surveillance.
著者: Morales, Y. / Olsen, K.J. / Bulcher, J.M. / Johnson, S.J.
履歴
登録2017年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FRQ-interacting RNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6371
ポリマ－124,6371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.770, 117.770, 180.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 FRQ-interacting RNA helicase / Probable ATP dependent RNA helicase


分子量: 124637.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: B9B11.040, frh, NCU03363.1 / プラスミド: pDB-GST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIPL / 参照: UniProt: Q873J5, UniProt: Q1K502*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.59 / 詳細: Sodium Citrate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.19499 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月1日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.19499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→50 Å / Num. obs: 18697 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.1 % / Biso Wilson estimate: 155.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.052 / Net I/av σ(I): 28.3 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.52-3.6522.44.0180.9318000.5640.8644.1111.041100
3.65-3.7922.41.61518350.7320.3471.6521.06100
3.79-3.9622.42.2117790.7760.4752.2611.045100
3.96-4.1722.41.44918410.8870.3121.4821.052100
4.17-4.4322.30.68718200.9580.1480.7031.069100
4.43-4.7822.40.37818340.9880.0810.3861.055100
4.78-5.2622.20.26818330.9930.0580.2751.063100
5.26-6.0222.10.20418600.9960.0440.2081.047100
6.02-7.5821.90.0918730.9990.020.0921.053100
7.58-5020.60.033198210.0070.0331.03899.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U4C

4u4c


解像度: 3.49→30.069 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.17
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3006 935 5 %Random Selecing
Rwork0.2506 ---
obs0.2532 18697 98.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 363.74 Å2 / Biso mean: 174.7078 Å2 / Biso min: 76.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.49→30.069 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7226 0 0 0 7226
残基数----927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4469959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071137
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5124518
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4895-3.67320.39111220.3712355247793
3.6732-3.90290.38131290.345825252654100
3.9029-4.20350.40721370.333425162653100
4.2035-4.62510.32521370.269225462683100
4.6251-5.29120.30771360.259825562692100
5.2912-6.65450.34331340.317725832717100
6.6545-30.07010.24431400.18962681282199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4155-0.2326-1.94271.5688-0.89814.90390.47960.25970.58330.34620.0997-0.3736-0.63850.146-0.46831.08260.05590.18170.97730.19060.984918.215911.450721.1491
21.269-0.8241-1.00142.61881.26220.3086-0.4671-0.3633-0.30850.19230.4239-0.18140.12890.52550.10961.70730.30330.05651.30870.13391.339635.8209-39.159823.5241
32.0673-0.6295-1.42111.2215-0.89182.45950.6186-0.49290.31710.4397-0.2455-0.4582-1.03311.3164-0.0951.6597-0.7163-0.02752.0785-0.23671.731146.342814.060635.4104
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 141 through 620 )A141 - 620
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 621 through 903 )A621 - 903
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 904 through 1106 )A904 - 1106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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