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- PDB-6ba2: Crystal structure of MYST acetyltransferase domain in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ba2
タイトルCrystal structure of MYST acetyltransferase domain in complex with inhibitor
要素Histone acetyltransferase KAT8
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / acetyltransferase / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / MYST
機能・相同性
機能・相同性情報


MSL complex / histone H4K16 acetyltransferase activity / regulation of mRNA processing / myeloid cell differentiation / NSL complex / : / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex ...MSL complex / histone H4K16 acetyltransferase activity / regulation of mRNA processing / myeloid cell differentiation / NSL complex / : / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 神経発生 / regulation of autophagy / transcription coregulator activity / 動原体 / nuclear matrix / HATs acetylate histones / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily ...MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Acyl-CoA N-acyltransferase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7KM / Histone acetyltransferase KAT8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85003821102 Å
データ登録者Hermans, S.J. / Chung, M.C. / Peat, T.S. / Baell, J.B. / Thomas, T. / Parker, M.W.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1030704 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1080146 オーストラリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Inhibitors of histone acetyltransferases KAT6A/B induce senescence and arrest tumour growth.
著者: Baell, J.B. / Leaver, D.J. / Hermans, S.J. / Kelly, G.L. / Brennan, M.S. / Downer, N.L. / Nguyen, N. / Wichmann, J. / McRae, H.M. / Yang, Y. / Cleary, B. / Lagiakos, H.R. / Mieruszynski, S. / ...著者: Baell, J.B. / Leaver, D.J. / Hermans, S.J. / Kelly, G.L. / Brennan, M.S. / Downer, N.L. / Nguyen, N. / Wichmann, J. / McRae, H.M. / Yang, Y. / Cleary, B. / Lagiakos, H.R. / Mieruszynski, S. / Pacini, G. / Vanyai, H.K. / Bergamasco, M.I. / May, R.E. / Davey, B.K. / Morgan, K.J. / Sealey, A.J. / Wang, B. / Zamudio, N. / Wilcox, S. / Garnham, A.L. / Sheikh, B.N. / Aubrey, B.J. / Doggett, K. / Chung, M.C. / de Silva, M. / Bentley, J. / Pilling, P. / Hattarki, M. / Dolezal, O. / Dennis, M.L. / Falk, H. / Ren, B. / Charman, S.A. / White, K.L. / Rautela, J. / Newbold, A. / Hawkins, E.D. / Johnstone, R.W. / Huntington, N.D. / Peat, T.S. / Heath, J.K. / Strasser, A. / Parker, M.W. / Smyth, G.K. / Street, I.P. / Monahan, B.J. / Voss, A.K. / Thomas, T.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase KAT8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,40210
ポリマ－34,4341
非ポリマー9699
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.231, 56.916, 120.999
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase KAT8 / Lysine acetyltransferase 8 / MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 1 / hMOF


分子量: 34433.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAT8, MOF, MYST1, PP7073 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H7Z6, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ

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非ポリマー , 6種, 152分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-7KM / 4-fluoro-5-methyl-N'-(phenylsulfonyl)[1,1'-biphenyl]-3-carbohydrazide


分子量: 384.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17FN2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 7.0, 0.22 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.23 Å / Num. obs: 27815 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 23.5272687774 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1669 / CC1/2: 0.741 / Rpim(I) all: 0.338 / Rrim(I) all: 0.779 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MOF Catalytic Domain

解像度: 1.85003821102→43.186116656 Å / SU ML: 0.195236071411 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.337647998 / 位相誤差: 23.9887208829
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228016935366 1389 5.00144029958 %
Rwork0.193825526814 --
obs0.195614080285 27772 99.0936987083 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.4680609733 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85003821102→43.186116656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2163 0 60 143 2366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01491150716942280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.104908175473081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0607253072838319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00687600654423382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.77613555471339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.91620.2929721625451210.2468014357382582X-RAY DIFFRACTION98.3982526392
1.9162-1.99290.2660617627611210.2271079088592595X-RAY DIFFRACTION98.7636363636
1.9929-2.08360.26809984031330.2127281578222600X-RAY DIFFRACTION98.9142236699
2.0836-2.19340.2648229946951280.1982277473672619X-RAY DIFFRACTION99.1696750903
2.1934-2.33080.2217895093281270.1952851875552612X-RAY DIFFRACTION99.2391304348
2.3308-2.51080.2556465658231260.1987591776742627X-RAY DIFFRACTION99.4221740701
2.5108-2.76340.2577198473291510.2086865886562645X-RAY DIFFRACTION99.6081225508
2.7634-3.16320.2221914699681710.1924613982462643X-RAY DIFFRACTION99.7518610422
3.1632-3.98480.1877639116551520.1740945920392680X-RAY DIFFRACTION99.8941798942
3.9848-43.19790.2190935238311590.1852860513852780X-RAY DIFFRACTION97.9013990673

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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