PDB-6b9r: Streptomyces albus HEPD with substrate 2-hydroxyethylphosphonate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b9r

タイトル

Streptomyces albus HEPD with substrate 2-hydroxyethylphosphonate (2-HEP) and Fe(II) bound

要素

Hydroxyethylphosphonate dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Phosphonate / Hydroxymethylphosphonate / Iron

機能・相同性

(2-hydroxyethyl)phosphonic acid / :

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces albus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.802 Å

データ登録者

Born, D.A. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	1S10RR029205-01	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	3P41GM103403-15S1	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	5T32GM008313-29	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structural basis for methylphosphonate biosynthesis.
著者: Born, D.A. / Ulrich, E.C. / Ju, K.S. / Peck, S.C. / van der Donk, W.A. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2017年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b9r.cif.gz	713.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b9r.ent.gz	589 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6b9r_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b9r_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	6b9r_validation.xml.gz	80.2 KB	表示
CIF形式データ	6b9r_validation.cif.gz	123.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/6b9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/6b9r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6b9sC 6b9tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tri-d 3g5h-2 3cxz-1 4g48-2 4iq9-2 6mo3-d 3cxv-1 2bvj-d 4ipw-2 4jad-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydroxyethylphosphonate dioxygenase

B: Hydroxyethylphosphonate dioxygenase

C: Hydroxyethylphosphonate dioxygenase

D: Hydroxyethylphosphonate dioxygenase

ヘテロ分子

200 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Hydroxyethylphosphonate dioxygenase

D: Hydroxyethylphosphonate dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
99.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Hydroxyethylphosphonate dioxygenase

C: Hydroxyethylphosphonate dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.238, 100.707, 99.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.27, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Hydroxyethylphosphonate dioxygenase 分子量: 49475.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces albus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3)
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-2HE / (2-hydroxyethyl)phosphonic acid / 2-ヒドロキシエチルホスホン酸分子量: 126.048 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇O₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1951 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	The database reference sequence for the studied protein can be found by UniParc ID UPI0005175950 or ...The database reference sequence for the studied protein can be found by UniParc ID UPI0005175950 or NCBI RefSeq WP_032782080.1.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.29 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 255 mM sodium malate, 24% (w/v) PEG 3350, 4 mM 2-hydroxyethylphosphonate. Soaking was performed with 2 mM iron(II)ammonium sulfate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 156962 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.1 % / R_pim(I) all: 0.006 / R_rim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 11.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.802→89.168 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1887	7702	4.91 %
R_work	0.1524	-	-
obs	0.1542	156919	97.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.802→89.168 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13601	0	92	1951	15644

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14061
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.827	19181
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.893	8357
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	2082
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2534

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8021-1.8226	0.2999	199	0.249	4087	X-RAY DIFFRACTION	80
1.8226-1.8441	0.2803	253	0.2316	4788	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8441-1.8666	0.2954	233	0.2195	4902	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8666-1.8902	0.2573	256	0.2098	4896	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8902-1.9151	0.25	241	0.2051	4957	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9151-1.9413	0.2474	259	0.1965	5009	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9413-1.969	0.2398	255	0.1891	4979	X-RAY DIFFRACTION	98
1.969-1.9984	0.2492	293	0.1802	4878	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9984-2.0296	0.2062	282	0.18	4980	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0296-2.0629	0.2548	245	0.1689	4934	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0629-2.0985	0.2133	281	0.1649	5012	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0985-2.1367	0.2138	275	0.1609	5064	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1367-2.1778	0.2071	264	0.1566	5003	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1778-2.2222	0.1939	281	0.1506	4997	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2222-2.2705	0.1958	240	0.1475	5017	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2705-2.3234	0.1973	252	0.1478	5053	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3234-2.3815	0.1944	254	0.1566	5044	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3815-2.4459	0.211	244	0.1561	5034	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4459-2.5178	0.1923	216	0.1522	4940	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5178-2.5991	0.1969	318	0.152	4982	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5991-2.692	0.2	268	0.1492	5078	X-RAY DIFFRACTION	99
2.692-2.7998	0.174	244	0.1477	5073	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7998-2.9272	0.1976	225	0.1513	5084	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9272-3.0816	0.1741	234	0.1456	5090	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0816-3.2747	0.1799	227	0.1434	4970	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2747-3.5275	0.1629	249	0.1345	5140	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5275-3.8825	0.152	279	0.1288	5039	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8825-4.4443	0.1524	319	0.1249	5018	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4443-5.5992	0.1493	265	0.1315	5026	X-RAY DIFFRACTION	97
5.5992-89.2772	0.1948	251	0.172	5143	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0317	0.0669	-0.0933	0.2067	-0.1968	0.177	-0.0269	0.0193	-0.1852	0.027	-0.0817	0.0022	0.2694	-0.3225	0.0001	0.2228	-0.0472	0.0405	0.2981	0.005	0.227	-16.1825	109.8643	27.6742
2	0.2064	0.0317	0.1584	0.0142	0.018	0.1883	-0.0031	0.0361	-0.0112	-0.0348	0.0086	-0.0185	0.0307	-0.1305	0	0.1999	-0.0205	0.0177	0.2039	0.0121	0.2101	-14.4853	112.8791	18.0381
3	0.9757	-0.107	0.1015	0.713	0.0463	0.2676	0.0035	0.3072	0.1822	-0.1523	0.0185	0.1189	-0.0146	-0.0944	-0.0001	0.2397	0.0212	-0.0042	0.274	0.0425	0.1971	3.186	118.8026	-12.6404
4	0.3817	0.1539	-0.0443	0.2376	0.1163	0.0186	0.0484	0.1323	0.1215	-0.0941	0.0877	-0.1114	-0.077	-0.1207	0.0002	0.237	0.0163	0.0067	0.2457	0.0358	0.2025	4.8225	121.2145	-3.9083
5	0.6357	0.091	-0.334	0.4887	0.1681	0.2304	-0.012	-0.1057	0.0436	0.0425	0.0488	-0.2392	-0.0718	0.0868	0	0.1689	-0.02	-0.0243	0.1811	0.025	0.2611	22.0385	131.8834	22.158
6	0.1323	-0.1349	0.2036	0.073	0.0519	0.1408	0.0022	0.0134	0.0945	-0.1266	0.0087	-0.1011	-0.0345	-0.0662	0	0.2094	-0.023	0.0311	0.2248	0.0054	0.2835	20.1066	121.5791	4.473
7	0.5202	-0.4826	-0.222	0.6999	0.0503	0.5286	0.0064	0.0657	-0.1256	-0.0312	-0.0339	0.0543	0.1024	-0.0085	-0	0.205	-0.0042	-0.003	0.1693	-0.0139	0.1493	11.3955	100.0006	-1.4287
8	0.4012	-0.172	-0.162	0.4391	0.2491	0.1017	-0.0861	-0.1262	-0.0991	0.0662	0.0448	0.0414	0.2672	0.098	0.0001	0.2635	0.0009	0.0184	0.2747	-0.0043	0.2012	4.7708	105.4402	16.2246
9	0.2759	0.1298	-0.0489	0.3555	0.1013	0.5697	0.0824	-0.0478	0.101	0.0331	0.0396	-0.0474	-0.1174	0.0951	0.0168	0.1611	-0.0115	0.0266	0.114	-0.0051	0.1653	54.4874	127.943	-23.8698
10	0.6707	-0.0229	0.0249	0.3181	-0.3036	0.2156	0.0638	-0.1003	0.0836	0.0644	0.1054	0.0522	-0.0868	-0.122	0.022	0.2146	0.0005	0.054	0.138	0.0061	0.1818	34.4066	130.0149	-14.7657
11	0.1707	0.0529	0.0349	0.138	-0.0214	0.6491	0.0128	-0.0601	-0.0295	0.0304	-0.0004	0.0241	0.0055	-0.0822	0	0.1615	0.0035	0.0026	0.1283	0.0062	0.1398	39.9683	111.2365	-20.0887
12	0.6434	-0.3516	0.4849	0.3606	-0.0894	0.3861	-0.0273	0.101	0.052	-0.0852	-0.0007	-0.0135	-0.1114	0.1945	0	0.2376	-0.0346	0.0492	0.1091	-0.0083	0.1869	51.4217	140.0994	-28.43
13	0.1077	0.1846	-0.0077	0.1858	-0.0144	0.1188	0.0006	0.0516	0.0042	-0.0585	0.0212	-0.1164	-0.0116	0.0469	-0.0096	0.1382	0.005	0.0264	0.09	-0.0067	0.1242	58.9556	115.6073	-46.0952
14	0.3714	0.3886	0.314	0.6223	0.0015	0.1829	-0.015	0.0444	-0.027	-0.0806	0.0025	-0.0315	0.0524	-0.0072	0	0.1551	0.0164	0.0153	0.1303	-0.009	0.137	54.7444	100.9992	-46.5016
15	0.328	-0.1614	0.0973	0.1172	0.2153	0.3791	-0.0795	-0.0674	-0.0216	0.02	-0.0163	0.0382	0.0393	-0.0264	-0	0.1698	-0.008	0.0155	0.1118	-0.0196	0.1563	37.9274	98.9397	-23.0219
16	1.1021	0.4991	-0.4009	0.8171	-0.086	0.3717	-0.0192	0.2155	0.0564	-0.1604	0.0551	0.1894	0.003	-0.1553	-0.0007	0.1701	0.0157	-0.0283	0.1882	0.0159	0.1412	38.1868	113.9773	-56.1838
17	0.3076	-0.1326	0.091	0.4752	0.4803	0.5802	0.0755	0.0453	0.1216	-0.1213	-0.1126	0.1819	-0.3101	-0.2865	0.1428	0.2609	-0.0018	0.0656	0.1676	-0.0154	0.1909	38.4604	124.4972	-35.7735
18	0.0687	0.0671	-0.0476	0.4164	-0.1291	0.1483	0.0306	0.0225	-0.01	-0.2281	-0.0583	0.1884	-0.1554	-0.06	0	0.2235	0.0219	-0.0463	0.2355	0.0051	0.2444	-14.2247	124.2036	-0.3684
19	0.4619	-0.0889	0.2731	0.2741	-0.0619	0.5832	-0.0392	-0.1084	0.0033	0.0775	0.0417	0.0339	-0.0272	-0.1102	-0	0.1649	0.0111	0.0175	0.1953	0.0146	0.1671	-5.4612	118.3072	34.1973
20	0.756	-0.0082	0.418	0.4631	-0.2896	0.3007	-0.0442	-0.0735	-0	0.0552	0.0182	0.0123	-0.0505	-0.0516	-0	0.1963	0.0091	0.0109	0.2015	0.0108	0.1817	0.9967	115.1408	34.9764
21	0.3852	0.0848	0.0024	0.2291	0.1959	0.3673	-0.0304	-0.0777	-0.0262	-0.0077	0.036	0.0168	0.0183	0.0596	0	0.1932	0.0199	0.0086	0.1772	0.0163	0.1594	23.2354	107.8808	15.1033
22	0.174	0.0277	-0.2002	0.4066	-0.2369	0.2673	-0.0324	-0.1415	0.1987	0.101	-0.1928	-0.4822	-0.1834	0.2068	-0.4593	0.2152	-0.0304	-0.0691	0.2428	0.0067	0.3048	16.0128	132.3653	39.7098
23	0.9103	-0.0542	0.1273	0.3417	0.1004	0.4258	-0.1073	-0.0123	0.2324	0.0182	0.0461	-0.0707	-0.2134	0.0568	-0	0.2417	0.0088	-0.0298	0.1633	-0.0036	0.1982	3.475	137.0425	32.9464
24	0.3964	0.0645	0.258	0.4785	0.2116	0.2392	-0.0554	0.1793	0.1194	-0.1203	-0.0254	0.0065	-0.2771	0.2276	0	0.2498	0.0089	-0.0119	0.2987	0.0139	0.2441	3.4387	129.5257	12.3124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 51 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 85 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 180 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 181 through 223 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 224 through 288 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 289 through 316 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 317 through 407 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 408 through 450 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 9 through 151 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 152 through 223 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 224 through 450 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 5 through 51 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 52 through 151 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 152 through 223 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 224 through 316 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 317 through 411 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 412 through 450 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 9 through 51 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 52 through 180 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 181 through 223 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 224 through 306 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 307 through 332 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 333 through 411 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 412 through 450 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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