PDB-6b8f: Contracted Human Heavy-Chain Ferritin Crystal-Hydrogel Hybrid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b8f

タイトル

Contracted Human Heavy-Chain Ferritin Crystal-Hydrogel Hybrid

要素

Ferritin heavy chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hydrogel / Polymer

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.06 Å

データ登録者

Zhang, L. / Bailey, J.B. / Subramanian, R. / Tezcan, F.A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Hyperexpandable, self-healing macromolecular crystals with integrated polymer networks.
著者: Zhang, L. / Bailey, J.B. / Subramanian, R.H. / Tezcan, F.A.

履歴

登録	2017年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b8f.cif.gz	148.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b8f.ent.gz	120.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b8f_validation.pdf.gz	425.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b8f_full_validation.pdf.gz	426.4 KB	表示
XML形式データ	6b8f_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	6b8f_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b8gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hrs-1 3fi6-1 3rd0-1 3af9-1 5gu3-1 5xhi-1 6env-1 6wyf-1 2v2p-1 7a4m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (13) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, scanning transmission electron microscopy, gel filtration
519 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.040, 180.040, 180.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-63- ARG
2	1	A-208- CA
3	1	A-210- CA
4	1	A-211- CA
5	1	A-212- CA
6	1	A-213- CA
7	1	A-332- HOH
8	1	A-535- HOH
9	1	A-597- HOH

#1: タンパク質	Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein 分子量: 21085.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir: 500 uL of 25 mM HEPES pH 7.0 with 10 mM CaCl2 Well: 2 uL of reservoir solution and 2 uL of 2.5 uM ferritin (by 24-mer) in 15 mM TRIS pH 7.4 with 150 mM NaCl After crystals formed, ...詳細: Reservoir: 500 uL of 25 mM HEPES pH 7.0 with 10 mM CaCl2 Well: 2 uL of reservoir solution and 2 uL of 2.5 uM ferritin (by 24-mer) in 15 mM TRIS pH 7.4 with 150 mM NaCl After crystals formed, a crystal was harvested and soaked in a buffered solution comprised of 25 mM HEPES pH 7.0, 30 mM CaCl2, 8.6 % (w/v) sodium acrylate, 2.5 % (w/v) acrylamide, and 0.2 % (w/v) Bis-acrylamide overnight. Crystal was transferred to a solution containing 1 % APS and 1% TEMED with 4 M NaCl for 5 min. Crystal was then transferred to a clean slide and soaked in 30 uL H2O for 5 min. This solution was removed and the crystal was soaked in 1 M CaCl2 for 2 min. The crystal was removed, cryoprotected in perfluoro polyether, and frozen in liquid N2.

結晶

マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.38 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir: 500 uL of 25 mM HEPES pH 7.0 with 10 mM CaCl2 Well: 2 uL of reservoir solution and 2 uL of 2.5 uM ferritin (by 24-mer) in 15 mM TRIS pH 7.4 with 150 mM NaCl After crystals formed, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.06→63.65 Å / Num. obs: 111189 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 14 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 1.06→1.08 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 4683 / CC_1/2: 0.897 / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.06→45.01 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 6.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1026	5495	4.94 %
R_work	0.091	-	-
obs	0.0916	111175	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.06→45.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1406	0	13	340	1759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.317	2422
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.762	722
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	255
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	331

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.06-1.0721	0.1734	160	0.1721	2929	X-RAY DIFFRACTION	84
1.0721-1.0847	0.155	155	0.1404	3176	X-RAY DIFFRACTION	90
1.0847-1.0979	0.1323	167	0.1208	3372	X-RAY DIFFRACTION	96
1.0979-1.1118	0.1309	189	0.103	3430	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1118-1.1264	0.1104	198	0.0919	3499	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1264-1.1419	0.1036	193	0.081	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1419-1.1582	0.0787	186	0.0759	3491	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1582-1.1755	0.0925	171	0.0708	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1755-1.1938	0.0758	180	0.067	3529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1938-1.2134	0.0834	174	0.064	3556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2134-1.2343	0.0775	184	0.0616	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2343-1.2568	0.0782	176	0.0627	3544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2568-1.281	0.0716	187	0.0628	3534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.281-1.3071	0.0817	197	0.0648	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3071-1.3355	0.0874	171	0.0687	3555	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3355-1.3666	0.0844	220	0.0701	3500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3666-1.4008	0.0809	199	0.0684	3547	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4008-1.4386	0.0868	159	0.0675	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4386-1.481	0.0741	182	0.0675	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.481-1.5288	0.0763	172	0.0656	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5288-1.5834	0.0818	181	0.0694	3582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5834-1.6468	0.084	174	0.0742	3574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6468-1.7218	0.0939	201	0.0808	3554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7218-1.8126	0.102	196	0.0856	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.9261	0.1016	188	0.091	3601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9261-2.0748	0.0987	172	0.0885	3602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0748-2.2836	0.0876	165	0.0903	3655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2836-2.6141	0.1077	200	0.0998	3645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6141-3.2933	0.1266	192	0.1185	3697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2933-45.0506	0.1374	206	0.1228	3935	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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