PDB-6b86: 2.2A Crystal Structure of Co-CAO1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b86

タイトル

2.2A Crystal Structure of Co-CAO1

要素

Carotenoid oxygenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / beta-propeller / dioxygenase

機能・相同性

9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / Carotenoid cleavage oxygenase 1

機能・相同性情報

生物種

Neurospora crassa (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Hill, H.E. / Kiser, P.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Inorg. Chem. / 年: 2018
タイトル: Preparation and characterization of metal-substituted carotenoid cleavage oxygenases.
著者: Sui, X. / Farquhar, E.R. / Hill, H.E. / von Lintig, J. / Shi, W. / Kiser, P.D.

履歴

登録	2017年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b86.cif.gz	417.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b86.ent.gz	337 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b86.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b86	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bigC 5u8yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5u8y-1 6n1y-1 5u8y-2 6n20-1 5u97-1 5u8x-2 6n1y-2 5u97-2 6n21-1 5u90-1 5u8x-1 6xm7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (2) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (2) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carotenoid oxygenase 1

B: Carotenoid oxygenase 1

C: Carotenoid oxygenase 1

D: Carotenoid oxygenase 1

ヘテロ分子

238 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carotenoid oxygenase 1

D: Carotenoid oxygenase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carotenoid oxygenase 1

C: Carotenoid oxygenase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.695, 100.695, 448.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 30 - 526 / Label seq-ID: 30 - 526

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Carotenoid oxygenase 1 分子量: 59497.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) (菌類) 株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987 遺伝子: cao-1, NCU07008 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7S860
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 955 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50mM HEPES pH 6.5, 39% sodium polyacrylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 133339 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.43
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / R_merge(I) obs: 1.089 / Num. unique all: 20826 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5U8Y

5u8y

解像度: 2.2→49.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 7.493 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20529	6067	4.6 %	RANDOM
R_work	0.17878	-	-	-
obs	0.18002	127272	98.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.503 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.74 Å²	0.37 Å²	-0 Å²
2-	-	0.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→49.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15924	0	4	955	16883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	16420
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	14676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.359	1.95	22324
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.916	3	34068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.692	5	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.081	23.51	832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.29	15	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.232	15	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	18556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.713	5.134	7948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.713	5.133	7947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.026	7.695	9928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.026	7.695	9929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.144	5.463	8472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.144	5.463	8472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.962	8.067	12396
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.375	58.467	17651
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.353	58.276	17458
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	32438	0.05
1	2	B	32438	0.05
2	1	A	32424	0.06
2	2	C	32424	0.06
3	1	A	32494	0.06
3	2	D	32494	0.06
4	1	B	32518	0.05
4	2	C	32518	0.05
5	1	B	32568	0.05
5	2	D	32568	0.05
6	1	C	32728	0.04
6	2	D	32728	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.197→2.253 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	261	-
R_work	0.356	8979	-
obs	-	-	93.37 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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