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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b86 | ||||||
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タイトル | 2.2A Crystal Structure of Co-CAO1 | ||||||
![]() | Carotenoid oxygenase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / beta-propeller / dioxygenase | ||||||
機能・相同性 | 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / Carotenoid cleavage oxygenase 1![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hill, H.E. / Kiser, P.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Preparation and characterization of metal-substituted carotenoid cleavage oxygenases. 著者: Sui, X. / Farquhar, E.R. / Hill, H.E. / von Lintig, J. / Shi, W. / Kiser, P.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 417.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 337 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 30 - 526 / Label seq-ID: 30 - 526
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59497.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987 遺伝子: cao-1, NCU07008 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50mM HEPES pH 6.5, 39% sodium polyacrylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 133339 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.43 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 1.089 / Num. unique all: 20826 / % possible all: 96.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5U8Y 解像度: 2.2→49.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 7.493 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.503 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→49.12 Å
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拘束条件 |
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