PDB-6b7j: The crystal structure of 3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b7j

タイトル

The crystal structure of 3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961

要素

3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

キーワード

LYASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase / trans-2-decenoyl-acyl-carrier-protein isomerase activity / : / : / : / : / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Tan, K. / Gu, M. / Nocek, B. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of 3-hydroxydecanoyl-(acyl carrier protein) dehydratase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
著者: Tan, K. / Gu, M. / Nocek, B. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2017年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Advisory / Author supporting evidence / Database references カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b7j.cif.gz	165.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b7j.ent.gz	130.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b7j_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b7j_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	6b7j_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	6b7j_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/6b7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/6b7j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mkbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hd6-4 5hd6-3 1mka-d 5hd6-1 5hd6-2 3cij-2 1mkb-d 1m6y-1 6fjl-3 4pip-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP90635 TargetTrack: IDP90635

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

B: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

ヘテロ分子

38.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.520, 85.263, 49.932
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabA / Beta-hydroxydecanoyl thioester dehydrase / ...3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabA / Beta-hydroxydecanoyl thioester dehydrase / Trans-2-decenoyl-[acyl-carrier-protein] isomerase 分子量: 19335.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌) 株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: fabA, VC0395_A1091, VC395_1603 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic 参照: UniProt: A5F850, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.005 M CaCl2, 0.1 < Bis-Tris, 30% v/v PEG MME 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→26.25 Å / Num. obs: 59933 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 12.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 1.883 / Net I/σ(I): 36.87
反射シェル	解像度: 1.44→1.48 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 5.58 / Num. unique obs: 2995 / CC_1/2: 0.937 / R_pim(I) all: 0.197 / R_rim(I) all: 0.381 / Χ²: 1.454 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MKB

1mkb

解像度: 1.44→26.25 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.86

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1944	2937	4.9 %	random
R_work	0.1559	-	-	-
obs	0.1578	59896	99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→26.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2667	0	6	326	2999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2829
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.853	3828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.472	1977
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	410
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	502

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4423-1.4659	0.3255	112	0.2296	2279	X-RAY DIFFRACTION	84
1.4659-1.4912	0.2804	139	0.1994	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4912-1.5183	0.2485	138	0.1938	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5183-1.5475	0.2245	144	0.1786	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5475-1.5791	0.2209	147	0.1744	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5791-1.6134	0.2129	128	0.1727	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6134-1.6509	0.2276	140	0.1658	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6509-1.6922	0.1986	149	0.1614	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6922-1.738	0.1897	133	0.1537	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.738-1.7891	0.2023	146	0.1626	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7891-1.8468	0.208	122	0.1656	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8468-1.9128	0.1881	164	0.1626	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.9894	0.2216	115	0.1606	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9894-2.0799	0.1989	132	0.1627	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0799-2.1895	0.1817	152	0.1638	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1895-2.3266	0.205	145	0.1658	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3266-2.5061	0.1854	163	0.1608	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5061-2.758	0.181	149	0.1695	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.758-3.1566	0.2213	141	0.1609	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1566-3.9747	0.1854	145	0.1387	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9747-26.2493	0.1565	133	0.1251	2730	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9611	0.9843	1.5648	6.7301	1.4309	6.1004	-0.0401	-0.8994	-0.0615	1.0138	0.147	-0.4742	-0.0233	0.326	0.0182	0.3745	0.0015	-0.0257	0.3043	0.0007	0.2805	14.8303	-5.9741	16.9863
2	4.2055	-1.5392	-0.6978	6.2427	-1.0956	4.0237	-0.1732	-0.4975	0.0271	0.577	0.108	0.1086	0.0032	0.0611	-0.0395	0.2255	0.0433	0.0386	0.1975	0.0217	0.143	8.5506	0.9731	16.1693
3	3.5229	-0.6541	0.7009	4.7452	-0.601	3.3795	0.0593	0.0037	-0.0585	-0.1402	0.0659	0.1326	0.0015	-0.1363	-0.1195	0.1398	0.0006	0.0401	0.12	-0.0023	0.1781	4.9625	2.3564	5.6862
4	4.1467	-0.2045	-0.5452	1.7891	-0.6425	1.0875	-0.1987	-0.2532	-0.2281	-0.099	0.0276	-0.2124	0.1437	0.2061	0.0148	0.1657	0.003	0.0048	0.1496	0.0121	0.2734	21.1037	-7.47	3.845
5	1.564	-0.4391	0.8798	0.9991	-0.578	1.0822	0.0078	-0.0071	-0.0673	-0.0105	0.0413	0.057	0.0104	-0.0155	-0.0651	0.1301	0.0007	0.0237	0.1152	-0.0013	0.1967	5.5242	1.28	-1.8091
6	1.6086	-0.1139	0.764	1.6044	-0.2866	1.5883	-0.0393	0.0182	-0.0172	-0.0285	0.0352	-0.0414	-0.0637	0.0136	0.0482	0.1081	0.0139	0.0348	0.0658	-0.0039	0.1805	11.6554	3.4962	-2.9154
7	4.4709	0.1048	1.1174	1.9671	-0.3371	2.068	-0.1691	-0.12	0.0692	-0.0636	0.0571	-0.1923	-0.0586	0.1845	0.0394	0.1247	0.0059	0.0166	0.134	-0.012	0.2184	19.5389	-2.0079	-0.3502
8	4.9908	0.4155	0.2114	4.6324	1.4974	3.8327	-0.0092	-0.0319	0.0835	0.2177	0.3751	-0.596	-0.1688	0.6523	-0.3268	0.1481	0.0061	0.0216	0.1452	-0.0075	0.2743	21.2815	3.1102	0.9393
9	4.7026	1.941	0.307	7.7775	2.12	5.0276	-0.1727	0.4742	-0.4229	-0.3446	0.1826	-0.1973	0.0387	0.1413	-0.0508	0.1291	0.022	0.0296	0.1166	-0.0329	0.1918	12.9351	-2.8717	-10.7039
10	3.8369	-0.6783	0.1174	7.1726	3.1907	5.0423	-0.0286	-0.4489	0.5269	0.4704	0.0885	-0.2779	-0.4793	0.1516	-0.172	0.2524	-0.0138	-0.0126	0.1499	-0.0383	0.318	18.9716	13.707	7.8399
11	4.079	-0.3349	0.1449	6.1943	-1.7312	3.8033	-0.0604	0.4248	0.2345	-0.4456	0.1277	0.3385	-0.1072	-0.2193	-0.0663	0.1406	-0.0038	-0.0068	0.1653	0.04	0.2158	-6.0913	19.0811	-15.0873
12	0.9119	-0.3009	0.1641	1.476	-0.1023	1.8908	0.0034	0.1404	0.0897	-0.1089	0.0104	-0.0801	-0.0291	0.0045	-0.0137	0.1278	-0.0065	0.0455	0.1137	0.0062	0.1864	7.5227	17.9092	-10.3783

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 27 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 28 through 38 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 39 through 53 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 54 through 97 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 98 through 123 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 124 through 135 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 136 through 150 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 151 through 159 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 160 through 172 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 0 through 38 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 39 through 172 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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