PDB-6b7i: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b7i

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with (2S)-2-(3,5-difluorophenyl)-2-hydroxyacetic acid

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Purine Nucleoside Phosphorylase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with (2S)-2-(3,5-difluorophenyl)-2-hydroxyacetic acid
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b7i.cif.gz	175 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b7i.ent.gz	142 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b7i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b7i_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b7i_full_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示
XML形式データ	6b7i_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	6b7i_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/6b7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/6b7i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bhb-1 6b3l-1 6bi9-1 6axa-1 6bfv-1 6bb7-1 6b4t-1 4eb8-d 6bif-1 5cxs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.960, 99.960, 99.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-561- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CXJ / (2S)-(3,5-difluorophenyl)(hydroxy)acetic acid / (S)-α-ヒドロキシ-3,5-ジフルオロベンゼン酢酸分子量: 188.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆F₂O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→57.71 Å / Num. obs: 49414 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.54→1.58 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3605 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.54→57.712 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1864	2424	4.91 %
R_work	0.1641	-	-
obs	0.1651	49381	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→57.712 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2142	0	41	207	2390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2212
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.107	2995
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.075	1311
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	386

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.5715	0.2949	145	0.2709	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5715-1.6056	0.2762	131	0.2538	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6056-1.643	0.2598	148	0.2376	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.643-1.6841	0.2445	124	0.214	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6841-1.7296	0.2395	151	0.2095	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7296-1.7805	0.2329	169	0.1991	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7805-1.838	0.2245	137	0.1818	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.838-1.9037	0.1947	172	0.1724	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9037-1.9799	0.1797	138	0.1677	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9799-2.07	0.2001	144	0.1577	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1792	0.1863	145	0.156	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1792-2.3157	0.1671	146	0.1531	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3157-2.4945	0.1643	128	0.1506	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4945-2.7455	0.184	129	0.1537	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7455-3.1428	0.1808	136	0.1594	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1428-3.9595	0.187	155	0.1567	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9595-57.7525	0.1624	126	0.1558	2935	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1645	3.4903	1.3641	3.4969	2.5221	3.8134	0.1096	0.0501	-0.872	0.2672	0.2179	-0.6565	0.6547	0.3882	-0.213	0.3314	0.0514	0.0224	0.1717	-0.0385	0.3602	28.1188	12.4161	53.0865
2	4.0513	-1.1989	-0.657	7.1898	1.0595	4.1555	0.0035	0.3305	-0.7694	-0.0425	-0.0095	0.1364	0.7666	-0.2792	0.1387	0.4037	-0.0883	-0.0211	0.2402	-0.0659	0.3064	10.7909	9.2738	44.0879
3	2.0755	0.3444	0.7377	1.0907	-0.4502	3.691	0.1153	-0.0888	-0.4652	0.0828	0.0324	0.0195	0.6365	-0.3624	-0.195	0.39	-0.054	0.0168	0.1878	-0.0042	0.3952	15.13	9.5908	52.9319
4	6.206	-4.3202	-6.0529	3.2863	4.8488	8.1914	-0.0069	0.1496	-0.3414	-0.0207	-0.1176	0.1481	0.1538	-0.2678	0.1253	0.2246	-0.029	0.0351	0.1316	-0.0066	0.2009	17.2256	20.515	55.3805
5	8.123	-3.981	-1.9058	5.088	2.0331	2.1318	0.1043	0.6139	-0.0428	-0.3179	-0.255	0.288	-0.0985	-0.3873	0.1578	0.2452	-0.0436	-0.0372	0.268	-0.0031	0.1213	1.8986	26.1355	44.1675
6	1.07	0.172	-0.1754	1.0599	0.3392	0.8585	-0.0418	0.2015	0.0142	-0.2216	0.0088	0.0538	0.0251	-0.1611	0.0321	0.201	-0.0362	0.0051	0.1838	-0.0056	0.1223	8.5298	30.7846	46.6051
7	7.385	-3.2372	-1.5846	3.1896	1.8262	1.0946	0.0218	-0.2578	-0.3139	-0.0449	-0.2341	0.5072	0.0181	-0.2424	0.2401	0.2124	-0.0448	-0.002	0.3059	-0.0374	0.176	-2.8666	28.9753	49.7629
8	9.434	-1.2695	-7.138	1.801	0.1758	6.2429	-0.1579	-0.0939	-0.4946	0.0242	0.0314	0.0788	0.2451	0.0601	0.1489	0.3477	-0.1348	-0.0717	0.3092	-0.0563	0.2317	0.2504	16.0822	41.8163

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 84 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 131 through 232 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 233 through 258 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 259 through 286 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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