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- PDB-6b4p: Crystal Structure of Peptidylprolyl Isomerase from Naegleria fowleri -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b4p
タイトルCrystal Structure of Peptidylprolyl Isomerase from Naegleria fowleri
要素Peptidylprolyl Isomerase
キーワードISOMERASE / SSGCID / peptidylprolyl isomerase / Naegleria fowleri / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / : / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
peptidylprolyl isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Peptidylprolyl Isomerase from Naegleria fowleri
著者: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peptidylprolyl Isomerase
B: Peptidylprolyl Isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4122
ポリマ－28,4122
非ポリマー00
水3,963220
1
A: Peptidylprolyl Isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2061
ポリマ－14,2061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidylprolyl Isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2061
ポリマ－14,2061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.250, 61.150, 45.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Peptidylprolyl Isomerase


分子量: 14206.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
株: ATCC 30863 / 遺伝子: NF0084240 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2H4A315*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.94 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: NafoA.18272.a.B1.PS38284 at 22.7 mg/ml was mixed 1:1 with Morpheus (h11): 12.5% (w/v) PEG-1000, 12.5% (w/v) PEG-3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M bicine/ Trizma base, pH = 8.5, 0.02 M each sodium ...詳細: NafoA.18272.a.B1.PS38284 at 22.7 mg/ml was mixed 1:1 with Morpheus (h11): 12.5% (w/v) PEG-1000, 12.5% (w/v) PEG-3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M bicine/ Trizma base, pH = 8.5, 0.02 M each sodium L-glutmate, DL-alanine, glycine, DL-lysine/ HCl, DL-serine. Tray: 292677h11, puck: pfe9-9.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月18日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→45.759 Å / Num. obs: 29144 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.246 % / Biso Wilson estimate: 17.06 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 16.32 / Num. measured all: 123738 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.55-1.594.2030.2145.458923218521230.9750.24597.2
1.59-1.634.3160.196.558879215020570.980.21695.7
1.63-1.684.3170.1587.698608206219940.9850.18196.7
1.68-1.734.3060.1349.178439202119600.9860.15397
1.73-1.794.3050.10611.068179197219000.990.12196.3
1.79-1.854.2830.09312.637950190418560.9920.10697.5
1.85-1.924.2980.0814.637612181317710.9940.09297.7
1.92-24.2740.0717.067369176917240.9940.0897.5
2-2.094.2520.06518.147143171916800.9950.07597.7
2.09-2.194.2480.05719.986754162715900.9960.06697.7
2.19-2.314.2660.05721.276450153115120.9950.06698.8
2.31-2.454.2480.05222.546054145214250.9970.05998.1
2.45-2.624.1990.05523.295656136713470.9950.06398.5
2.62-2.834.1980.05123.915457131813000.9950.05898.6
2.83-3.14.1920.0525.54804116311460.9950.05798.5
3.1-3.474.1570.04725.994373106010520.9950.05399.2
3.47-44.1540.04626.4839349539470.9960.05299.4
4-4.94.1380.04426.9232777967920.9970.0599.5
4.9-6.934.1060.04526.6625506256210.9960.05299.4
6.93-45.7593.8240.04925.7213273603470.9930.05796.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R9H

1r9h


解像度: 1.55→45.759 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1867 2024 6.95 %
Rwork0.1547 --
obs0.1569 29135 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.77 Å2 / Biso mean: 24.657 Å2 / Biso min: 10.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→45.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1764 0 0 222 1986
Biso mean---35.61 -
残基数----232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7422523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005323
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1461111
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5499-1.58870.22681460.18151889203597
1.5887-1.63160.23071510.17571877202895
1.6316-1.67960.21791340.16921907204197
1.6796-1.73390.20931430.17651928207197
1.7339-1.79580.20971500.15941889203997
1.7958-1.86770.20971280.16861941206997
1.8677-1.95270.18741230.16241948207198
1.9527-2.05570.19551350.16071960209598
2.0557-2.18450.18181740.16351944211898
2.1845-2.35310.20461530.1571907206098
2.3531-2.58990.20511450.16261949209498
2.5899-2.96460.18381430.16451978212199
2.9646-3.73490.17121430.14461985212899
3.7349-45.77940.16621560.13622009216599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.33561.1657-1.64440.4883-0.1596.7350.3022-0.7850.3050.78310.17890.635-0.4658-0.5282-0.28560.23560.04770.06970.26730.05390.26752.89829.11342.9047
24.942-0.1581-1.90591.7089-1.52342.2057-0.0154-0.1711-0.2324-0.41990.55720.5080.4771-0.3197-0.55910.2156-0.0446-0.06910.20630.06450.20143.9437-0.95314.2156
34.56626.04140.13388.15080.20442.39040.1199-0.22030.19260.9341-0.00660.0231-0.2137-0.1545-0.04810.23580.0251-0.06240.13780.00330.201514.61380.363315.6017
42.6712-2.00712.2613.2292-2.04726.04860.28410.206-0.244-0.2764-0.1119-0.07570.48460.2264-0.19910.12140.0044-0.00160.1072-0.01640.164915.9602-3.7919-4.6367
56.9305-0.96-1.83451.97941.27212.83030.00920.1283-0.38180.38250.1847-0.6580.75050.598-0.19860.20790.037-0.05420.1733-0.01160.250523.6418-2.91483.5235
63.79041.2117-1.41854.2261-1.38475.70670.1030.07770.03530.2509-0.0668-0.5134-0.47010.1165-0.07960.1508-0.0174-0.00780.0845-0.0020.180417.3957.81364.7781
72.0942-0.40741.81927.1826-5.21548.540.1641-0.0612-0.14210.08610.10160.16340.2463-0.2071-0.25810.1127-0.0044-0.00670.12740.01690.14039.0622-0.6445.0604
85.46531.8232-2.65190.7959-1.36848.1123-0.12960.25990.1934-0.00110.0921-0.0333-0.4068-0.02280.02960.11690.00120.02040.10730.03920.132715.67989.8901-9.6057
93.0253-1.88832.45413.5807-2.48654.13750.2323-0.0137-0.14940.02980.0019-0.06780.44360.0742-0.29790.1360.0023-0.0410.1077-0.01210.149515.2318-2.2924.8092
106.99682.1365-4.05773.6807-3.92614.7724-0.1690.25910.85220.1553-0.1075-0.2939-0.49760.778-0.37930.1706-0.075-0.00880.32810.04920.277143.341416.4223-15.6131
114.11081.99452.35546.90334.59578.96210.03810.8947-0.2213-0.6110.312-0.74780.75471.043-0.20460.28520.03860.09340.39180.00440.216842.192210.0083-22.5501
122.83170.10930.26691.21941.1241.0831-0.26230.68660.3373-0.9722-0.1948-0.1594-0.41890.4789-0.13330.58420.01360.05940.38780.15240.22830.606419.0486-29.034
131.6454-1.18460.61282.3057-1.67111.2943-0.08770.3412-0.1771-0.7509-0.05040.0291-0.09910.2119-0.07220.276-0.0012-0.12020.1259-0.02380.127229.29465.35-20.9762
147.6721.1375.6215.03270.5934.21820.58470.1166-0.8076-0.198-0.00480.1630.6340.1664-0.61180.19670.0153-0.0370.1992-0.0260.207930.7775-1.4955-16.2062
152.4464-0.50580.67364.10130.52954.147-0.0246-0.0334-0.0597-0.47020.0450.80360.1419-0.36880.04880.1551-0.0082-0.06290.18660.03940.215822.972911.6694-20.4233
162.72890.52380.2142.20780.39744.38830.00990.35750.1247-0.4047-0.0693-0.0793-0.00970.29150.03620.1724-0.00250.02680.1750.02750.102934.466912.889-20.5864
176.18032.496-3.23018.3123-3.76822.77460.1423-0.41220.29070.5888-0.04670.037-0.6740.1197-0.1140.2185-0.03160.01030.1827-0.00110.146631.409812.4727-5.7492
187.71641.103-6.07044.6122-4.71528.158-0.3354-0.2296-0.38080.09490.01340.03120.1139-0.09540.28080.1355-0.00170.00660.1406-0.00720.125229.16873.981-4.5929
193.3153-0.36411.72691.9562-2.72924.97410.04410.4444-0.0693-0.66350.0426-0.0734-0.21790.05320.00180.32920.0389-0.01460.2071-0.00340.098431.34328.8926-23.847
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 14 )A3 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 20 )A15 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 21 through 32 )A21 - 32
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 33 through 54 )A33 - 54
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 55 through 61 )A55 - 61
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 62 through 77 )A62 - 77
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 78 through 88 )A78 - 88
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 89 through 108 )A89 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 109 through 119 )A109 - 119
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 3 through 14 )B3 - 14
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 15 through 20 )B15 - 20
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 21 through 32 )B21 - 32
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 33 through 42 )B33 - 42
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 43 through 54 )B43 - 54
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 55 through 68 )B55 - 68
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 69 through 88 )B69 - 88
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 89 through 97 )B89 - 97
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 98 through 108 )B98 - 108
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 109 through 119 )B109 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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