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万見
- PDB-6b42: Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) 2'-de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b42
タイトルHuman Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) 2'-deoxy-AMP complex at 1.13A resolution
要素Histidine triad nucleotide-binding protein 1
キーワードHYDROLASE / HINT / histidine triad / HIT
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein kinase C binding / cytoskeleton / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / nucleotide binding / hydrolase activity / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Maize, K.M. / Finzel, B.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Minnesota Dept. of Employment and Economic DevelopmentSPAP-06-0014-P-FY07 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM08700 米国
引用ジャーナル: Mol. Pharm. / 年: 2017
タイトル: A Crystal Structure Based Guide to the Design of Human Histidine Triad Nucleotide Binding Protein 1 (hHint1) Activated ProTides.
著者: Maize, K.M. / Shah, R. / Strom, A. / Kumarapperuma, S. / Zhou, A. / Wagner, C.R. / Finzel, B.C.
履歴
登録2017年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年10月18日ID: 5KM7
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4272
ポリマ－14,0961
非ポリマー3311
水2,540141
1
A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子

A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Assymmetric Unit includes only a monomer. Second monomer of the homodimer can be generated by application of crystallography symmetry operator (Y, X, -Z)+(0,0,0)
  • 28.9 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8554
ポリマ－28,1922
非ポリマー6622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.738, 39.738, 141.133
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1


分子量: 14096.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: PMCSG9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 PLYSS / 参照: UniProt: P49773
#2: 化合物 ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 331.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: 100 MM MES, 33% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→70.566 Å / Num. obs: 43018 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 9.71 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.13→1.134 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 350 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 79.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AV5

1av5


解像度: 1.13→35.283 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1599 2154 5.02 %
Rwork0.154 --
obs0.1543 42912 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 50.34 Å2 / Biso mean: 12.4083 Å2 / Biso min: 5.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.13→35.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数874 0 34 141 1049
Biso mean--8.51 21.83 -
残基数----113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3711310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.895369
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1301-1.15640.24011250.24212219234483
1.1564-1.18530.22281340.21472561269595
1.1853-1.21740.2111440.193427132857100
1.2174-1.25320.21521350.177527082843100
1.2532-1.29370.17681470.173326932840100
1.2937-1.33990.15181420.160227252867100
1.3399-1.39350.15821440.154827092853100
1.3935-1.4570.14231490.151827322881100
1.457-1.53380.16611420.14827572899100
1.5338-1.62990.16241270.138927402867100
1.6299-1.75570.14321420.140727652907100
1.7557-1.93240.15661640.141127612925100
1.9324-2.2120.15951600.13727932953100
2.212-2.78670.14931510.147228382989100
2.7867-35.30040.14861480.156530443192100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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