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- PDB-6b3e: Crystal structure of human CDK12/CyclinK in complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b3e
タイトルCrystal structure of human CDK12/CyclinK in complex with an inhibitor
要素
  • Cyclin-K
  • Cyclin-dependent kinase 12
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Inhibitor / complex / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of MAP kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / negative regulation by host of viral genome replication / negative regulation of stem cell differentiation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase ...cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of MAP kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / negative regulation by host of viral genome replication / negative regulation of stem cell differentiation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of signal transduction / cyclin-dependent kinase / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / cyclin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / RNA splicing / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / mRNA processing / protein autophosphorylation / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / nuclear speck / cell division / protein serine kinase activity / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma ...Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CJM / Cyclin-K / Cyclin-dependent kinase 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Ferguson, A.D.
引用ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018
タイトル: Structure-Based Design of Selective Noncovalent CDK12 Inhibitors.
著者: Johannes, J.W. / Denz, C.R. / Su, N. / Wu, A. / Impastato, A.C. / Mlynarski, S. / Varnes, J.G. / Prince, D.B. / Cidado, J. / Gao, N. / Haddrick, M. / Jones, N.H. / Li, S. / Li, X. / Liu, Y. / ...著者: Johannes, J.W. / Denz, C.R. / Su, N. / Wu, A. / Impastato, A.C. / Mlynarski, S. / Varnes, J.G. / Prince, D.B. / Cidado, J. / Gao, N. / Haddrick, M. / Jones, N.H. / Li, S. / Li, X. / Liu, Y. / Nguyen, T.B. / O'Connell, N. / Rivers, E. / Robbins, D.W. / Tomlinson, R. / Yao, T. / Zhu, X. / Ferguson, A.D. / Lamb, M.L. / Manchester, J.I. / Guichard, S.
履歴
登録2017年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.32018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 12
B: Cyclin-K
C: Cyclin-dependent kinase 12
D: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,14811
ポリマ－137,0004
非ポリマー1,1487
水1629
1
A: Cyclin-dependent kinase 12
B: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1056
ポリマ－68,5002
非ポリマー6054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
2
C: Cyclin-dependent kinase 12
D: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0435
ポリマ－68,5002
非ポリマー5433
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.140, 77.260, 90.640
Angle α, β, γ (deg.)76.530, 85.280, 78.220
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 12 / Cdc2-related kinase / arginine/serine-rich / CrkRS / Cell division cycle 2-related protein kinase 7 ...Cdc2-related kinase / arginine/serine-rich / CrkRS / Cell division cycle 2-related protein kinase 7 / CDC2-related protein kinase 7 / Cell division protein kinase 12 / hCDK12


分子量: 37127.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK12, CRK7, CRKRS, KIAA0904
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NYV4, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-K


分子量: 31372.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNK, CPR4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75909

-
非ポリマー , 4種, 16分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CJM / 2-[(2S)-1-(6-{[(4,5-difluoro-1H-benzimidazol-2-yl)methyl]amino}-9-ethyl-9H-purin-2-yl)piperidin-2-yl]ethan-1-ol


分子量: 456.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26F2N8O
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 20.5% PEG 3350, 0.4 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→88.08 Å / Num. obs: 22962 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.028 / Net I/av σ(I): 16.6 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 3.05→3.06 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 260 / CC1/2: 0.897 / Rpim(I) all: 0.445 / Rrim(I) all: 0.63 / % possible all: 95.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NST

4nst


解像度: 3.06→88.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1106 4.85 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.191 22813 93.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 235.89 Å2 / Biso mean: 88.7713 Å2 / Biso min: 30.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→88.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9030 0 80 9 9119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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