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万見
- PDB-6b2y: Apo YiuA Crystal Form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b2y
タイトルApo YiuA Crystal Form 2
要素Solute-binding periplasmic protein of iron/siderophore ABC transporter
キーワードMETAL TRANSPORT / Yersinia pestis / transition metal homeostasis / substrate-binding protein / periplasm / iron uptake
機能・相同性ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / periplasmic space / Solute-binding periplasmic protein of iron/siderophore ABC transporter
機能・相同性情報
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Radka, C.D. / DeLucas, L.J. / Aller, S.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of the Yersinia pestis iron chaperone YiuA reveals a basic triad binding motif for the chelated metal.
著者: Radka, C.D. / Chen, D. / DeLucas, L.J. / Aller, S.G.
履歴
登録2017年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2017年11月29日ID: 5WFA
改定 1.12017年11月29日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute-binding periplasmic protein of iron/siderophore ABC transporter
B: Solute-binding periplasmic protein of iron/siderophore ABC transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4425
ポリマ－87,3732
非ポリマー693
水11,151619
1
A: Solute-binding periplasmic protein of iron/siderophore ABC transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7333
ポリマ－43,6871
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Solute-binding periplasmic protein of iron/siderophore ABC transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7102
ポリマ－43,6871
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.371, 97.012, 74.284
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Solute-binding periplasmic protein of iron/siderophore ABC transporter


分子量: 43686.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: yiuA, y2875 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8D027
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.18 % / 解説: tetragonal prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 10 mM MES pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.2398 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 57167 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.972 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 2821 / CC1/2: 0.976 / Rpim(I) all: 0.152 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000v715データ削減
HKL-2000v715データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WF8

5wf8
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.77→45.566 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2187 2000 3.5 %
Rwork0.186 --
obs0.1871 57135 90.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→45.566 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5169 0 3 619 5791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8567168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3913182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057802
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005931
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.81430.26141420.22933923X-RAY DIFFRACTION91
1.8143-1.86330.3071460.22454028X-RAY DIFFRACTION93
1.8633-1.91820.26071460.21784028X-RAY DIFFRACTION94
1.9182-1.98010.22831460.214005X-RAY DIFFRACTION93
1.9801-2.05080.28521440.21563978X-RAY DIFFRACTION92
2.0508-2.1330.26781410.21263894X-RAY DIFFRACTION90
2.133-2.230.25061430.21123927X-RAY DIFFRACTION90
2.23-2.34760.28491330.21033675X-RAY DIFFRACTION85
2.3476-2.49470.22561350.20923721X-RAY DIFFRACTION86
2.4947-2.68730.25051350.21473713X-RAY DIFFRACTION86
2.6873-2.95770.26121360.20793754X-RAY DIFFRACTION87
2.9577-3.38550.19941480.18844072X-RAY DIFFRACTION94
3.3855-4.26490.17821480.16354089X-RAY DIFFRACTION94
4.2649-45.58150.18251570.14864328X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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