PDB-6b2l: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b2l

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with piperidin-2-Imine

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with piperidin-2-Imine
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b2l.cif.gz	171.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b2l.ent.gz	147.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b2l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b2l_validation.pdf.gz	700.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b2l_full_validation.pdf.gz	700.9 KB	表示
XML形式データ	6b2l_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	6b2l_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxq
類似構造データ	6b37-1 2q7o-1 6axa-1 3k8q-1 6bhb-1 6b7i-1 6bfv-1 3bgs-1 6b4q-1 5ko6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.740, 99.740, 99.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-515- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-2IM / PIPERIDIN-2-IMINE / ピペリジン-2-イミン分子量: 98.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→57.58 Å / Num. obs: 47244 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.56→1.6 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3465 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
xia2		データ削減
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

解像度: 1.56→57.58 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1945	2317	4.91 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.1722	47210	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→57.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2154	0	35	168	2357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2231
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105	3016
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.411	1341
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	389

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5603-1.5922	0.2969	148	0.2753	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5922-1.6268	0.2577	127	0.2548	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6268-1.6647	0.2756	99	0.2399	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6647-1.7063	0.2486	160	0.2262	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7063-1.7524	0.2579	153	0.2192	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7524-1.804	0.212	149	0.2051	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.804-1.8622	0.234	145	0.186	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8622-1.9288	0.1987	147	0.1816	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9288-2.006	0.2218	120	0.1748	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.006-2.0973	0.1972	156	0.1641	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0973-2.2079	0.1848	136	0.1661	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2079-2.3462	0.2017	140	0.1531	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3462-2.5274	0.19	105	0.1603	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5274-2.7817	0.2088	131	0.1668	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7817-3.1842	0.1772	140	0.1655	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1842-4.0117	0.1844	137	0.1621	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0117-57.6241	0.1682	124	0.1614	2802	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8013	4.0992	1.3126	6.9296	2.5626	5.0287	0.0861	0.0669	-0.9618	-0.0096	0.1678	-0.6453	0.8721	0.4173	-0.2177	0.3193	0.0546	0.027	0.1835	-0.0118	0.3492	27.6973	11.8172	52.7171
2	3.3482	-0.1025	1.8264	1.0622	-0.9835	3.9262	0.1598	0.006	-0.6557	0.0424	0.0164	0.1083	0.6279	-0.3578	-0.111	0.3956	-0.0767	0.0356	0.2086	-0.04	0.3903	12.7018	9.4951	49.1402
3	5.5717	-2.8147	-3.291	1.8603	2.6077	4.2959	-0.0756	0.0226	-0.3356	-0.0699	-0.0414	0.1801	0.0827	-0.0814	0.1362	0.2511	-0.0308	0.04	0.1472	0.0087	0.2281	16.8267	20.5746	55.3072
4	2.244	-0.0858	0.0668	1.2376	0.3965	0.7621	-0.0236	0.188	0.0433	-0.1916	-0.0293	0.1427	0.0066	-0.1238	0.0591	0.2218	-0.0305	0.0016	0.2077	0.0137	0.1544	7.4248	29.8132	47.769
5	3.6694	-0.1165	0.3072	1.7296	0.5313	0.2896	-0.0576	0.3256	0.1655	-0.2214	0.0642	-0.1302	0.006	-0.0013	-0.0236	0.2628	-0.0285	0.0845	0.2284	0.0012	0.2089	23.0467	31.1833	45.4628
6	1.6082	0.212	0.5894	2.5771	2.1116	4.3682	-0.1094	0.4775	-0.0257	-0.5744	-0.0576	0.2031	-0.0839	-0.1278	0.1057	0.3246	-0.0644	-0.0541	0.3581	-0.004	0.1774	1.2363	25.8605	35.0124
7	1.2092	-0.7256	-0.5718	1.0017	0.9574	1.2543	-0.0292	0.0092	0.1071	-0.1321	-0.0058	0.0245	-0.0003	-0.13	0.0728	0.2291	-0.0386	-0.0081	0.2171	-0.0085	0.1973	4.1878	33.2747	53.1513
8	5.5847	-1.0205	-0.7778	1.2678	0.6767	0.9386	-0.0119	-0.0485	0.0214	-0.069	-0.1006	0.1732	-0.0316	-0.1803	0.1255	0.2274	-0.0361	-0.0187	0.2463	-0.0222	0.1969	-3.0983	29.077	49.7049
9	4.3454	-1.2369	-4.799	1.2424	1.8039	4.9858	-0.0996	0.2824	-0.405	0.0275	-0.0332	0.0596	0.1909	-0.1235	0.2467	0.2984	-0.0794	-0.0342	0.3504	-0.0618	0.2688	-0.795	16.1001	42.07

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 153 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 154 through 169 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 170 through 196 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 197 through 232 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 233 through 258 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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