PDB-6b21: Crystal structure of AmtB from E. coli bound to TopFluor cardiolipin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b21

タイトル

Crystal structure of AmtB from E. coli bound to TopFluor cardiolipin

要素

Ammonia channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ammonia channel / AmtB / cardiolipin / transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / carbon dioxide transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Boone, C.D. / Laganowsky, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Allostery revealed within lipid binding events to membrane proteins.
著者: Patrick, J.W. / Boone, C.D. / Liu, W. / Conover, G.M. / Liu, Y. / Cong, X. / Laganowsky, A.

履歴

登録	2017年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月14日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.2	2018年3月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b21.cif.gz	154.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b21.ent.gz	118.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b21.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b21_validation.pdf.gz	762 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b21_full_validation.pdf.gz	767.8 KB	表示
XML形式データ	6b21_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	6b21_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b21	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u7gS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nh2-1 2npd-1 1xqe-1 3c1g-1 2npe-1 2nmr-1 3c1i-1 2nop-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ammonia channel

ヘテロ分子

43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ammonia channel

ヘテロ分子

A: Ammonia channel

ヘテロ分子

A: Ammonia channel

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, Trimeric complex
132 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.780, 138.780, 159.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Ammonia channel / Ammonia transporter 分子量: 42303.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: amtB, ybaG, b0451, JW0441 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P69681
#2: 化合物	ChemComp-C9V / [(2R,5R,11R,14S,24E)-14-[(acetyloxy)methyl]-8-{[5-(3,5-dimethyl-1H-pyrrol-2-yl-kappaN)-5-(3,5-dimethyl-2H-pyrrol-2-ylidene-kappaN)pentanoyl]oxy}-5,11-dihydroxy-2-{[(9E)-octadec-9-enoyl]oxy}-5,11,16-trioxo-4,6,10,12,15-pentaoxa-5lambda~5~,11lambda~5~-diphosphatritriacont-24-en-1-yl (9E)-octadec-9-enoatato](difluoro)boron 分子量: 1551.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈₂H₁₃₉BF₂N₂O₁₈P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.72 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris, pH 8.0 0.3M Mg-nitrate 22% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→56.219 Å / Num. obs: 21583 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.547 % / B_iso Wilson estimate: 48.47 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 1.048 / Net I/σ(I): 14.72

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.45-2.51	4.168	0.49	2.85	1590	0.89	0.559	98.9
2.51-2.58	4.556	0.418	3.41	1530	0.921	0.471	99.1
2.58-2.66	4.78	0.365	4.03	1518	0.941	0.41	99.7
2.66-2.74	4.775	0.326	4.57	1463	0.959	0.366	99.9
2.74-2.83	4.754	0.263	5.66	1449	0.973	0.295	99.5
2.83-2.93	4.65	0.217	6.59	1349	0.976	0.245	99.5
2.93-3.04	4.641	0.167	8.42	1339	0.986	0.188	99.6
3.04-3.16	4.716	0.136	10.23	1287	0.99	0.152	99.5
3.16-3.3	4.607	0.111	12.03	1227	0.992	0.125	99.4
3.3-3.46	4.486	0.088	14.9	1159	0.994	0.099	98.9
3.46-3.65	4.074	0.068	17.58	1114	0.995	0.078	97.7
3.65-3.87	4.285	0.056	20.63	1035	0.997	0.064	98.1
3.87-4.14	4.746	0.048	26.62	999	0.998	0.054	98.8
4.14-4.47	4.224	0.041	29.23	931	0.998	0.047	98.6
4.47-4.9	4.655	0.038	32.92	844	0.998	0.043	97.9
4.9-5.48	4.684	0.041	31.6	772	0.998	0.046	97.8
5.48-6.33	4.548	0.039	30.41	695	0.998	0.044	97.7
6.33-7.75	4.131	0.031	34.17	565	0.999	0.036	95
7.75-10.96	4.768	0.021	47.03	457	0.999	0.024	96.4
10.96-56.219	4.331	0.019	48.94	260	1	0.022	93.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U7G

1u7g

解像度: 2.45→56.219 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.04

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2125	1079	5.01 %	Random Selection
R_work	0.1699	-	-	-
obs	0.1719	21556	98.63 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 239.47 Å² / B_iso mean: 61.6964 Å² / B_iso min: 27.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.45→56.219 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2648	0	107	77	2832
B_iso mean	-	-	95.4	64.57	-
残基数	-	-	-	-	369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2817
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.618	3834
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.02	452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	460
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.294	923

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4501-2.5616	0.2655	134	0.2206	2532	2666	99
2.5616-2.6966	0.2246	134	0.1933	2552	2686	100
2.6966-2.8656	0.2085	134	0.1761	2538	2672	99
2.8656-3.0868	0.2212	135	0.1635	2580	2715	99
3.0868-3.3974	0.2137	135	0.1676	2556	2691	99
3.3974-3.8889	0.2095	134	0.1656	2546	2680	98
3.8889-4.8992	0.1803	135	0.1552	2565	2700	98
4.8992-56.2336	0.2334	138	0.1752	2608	2746	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.573	0.1562	-0.2463	0.3852	-0.1183	0.1078	-0.0922	-0.0269	0.0868	-0.0127	-0.1073	-0.1447	-0.1815	-0.0413	-0	0.4066	-0.0113	0.0109	0.3542	0.0322	0.3668	7.8625	9.9813	51.584
2	0.5037	-0.3333	-0.344	1.0299	-0.2247	0.4564	-0.0406	-0.0484	0.1056	-0.0004	-0.0545	-0.1176	-0.1243	0.0133	-0	0.4441	-0.0391	0.0165	0.3807	0.0169	0.4706	10.1293	21.2967	56.0514
3	0.2658	0.1789	0.0412	0.5146	0.3098	0.1842	-0.041	-0.0054	0.1523	-0.0441	-0.0002	0.0992	-0.1397	0.002	0	0.4104	0.0272	-0.0289	0.394	0.0409	0.4231	-10.9606	15.4241	50.3704
4	0.5581	0.3476	0.1221	0.3543	-0.0361	0.1199	0.1213	-0.1109	0.1873	0.0314	0.0521	-0.0446	-0.3567	0.3331	0.0003	0.6345	0.014	-0.0001	0.481	0.1006	0.6092	-9.3172	26.5764	56.5198
5	0.4571	-0.2637	-0.0784	0.1951	-0.0674	0.3156	0.2998	-0.2332	0.4512	-0.1639	-0.0291	-0.0343	-0.7774	0.3779	0.0069	0.6859	-0.0368	0.0839	0.4263	0.0832	0.4744	6.5526	32.2812	50.4061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 61 )	A	1 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 197 )	A	62 - 197
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 198 through 301 )	A	198 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 302 through 347 )	A	302 - 347
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 348 through 385 )	A	348 - 385

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