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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b1y | ||||||
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タイトル | Crystal structure KPC-2 beta-lactamase complexed with WCK 5153 by co-crystallization | ||||||
要素 | Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / Inhibitor / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | van den Akker, F. / Nguyen, N.Q. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018 タイトル: Strategic Approaches to Overcome Resistance against Gram-Negative Pathogens Using beta-Lactamase Inhibitors and beta-Lactam Enhancers: Activity of Three Novel Diazabicyclooctanes WCK ...タイトル: Strategic Approaches to Overcome Resistance against Gram-Negative Pathogens Using beta-Lactamase Inhibitors and beta-Lactam Enhancers: Activity of Three Novel Diazabicyclooctanes WCK 5153, Zidebactam (WCK 5107), and WCK 4234. 著者: Papp-Wallace, K.M. / Nguyen, N.Q. / Jacobs, M.R. / Bethel, C.R. / Barnes, M.D. / Kumar, V. / Bajaksouzian, S. / Rudin, S.D. / Rather, P.N. / Bhavsar, S. / Ravikumar, T. / Deshpande, P.K. / ...著者: Papp-Wallace, K.M. / Nguyen, N.Q. / Jacobs, M.R. / Bethel, C.R. / Barnes, M.D. / Kumar, V. / Bajaksouzian, S. / Rudin, S.D. / Rather, P.N. / Bhavsar, S. / Ravikumar, T. / Deshpande, P.K. / Patil, V. / Yeole, R. / Bhagwat, S.S. / Patel, M.V. / van den Akker, F. / Bonomo, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b1y.cif.gz | 117.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b1y.ent.gz | 93.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b1y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6b1y_validation.pdf.gz | 1007.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6b1y_full_validation.pdf.gz | 1009.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6b1y_validation.xml.gz | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6b1y_validation.cif.gz | 35.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/6b1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/6b1y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28348.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, kpc, kpc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F663, beta-lactamase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | The covalently bound inhibitor becomes desulfated during the co-crystallization process | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.73 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 200mM Lithium sulfate, 100mM sodium acetate pH 4.4-4.6, and 28-31% PEG8000. Protein to inhibitor molar ratio of 1 is to 10 and KPC-2 concentration was 10 mg/mL PH範囲: 4.4 - 4.6 / Temp details: RT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12708 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12708 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→37.13 Å / Num. obs: 35965 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Num. unique obs: 2083 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.272 / Rrim(I) all: 0.384 / % possible all: 92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→37.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 2.86 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.131 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.38 Å2 / Biso mean: 14.148 Å2 / Biso min: 5.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→37.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.802→1.849 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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