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- PDB-6azd: Crystal structure of Physcomitrella patens KAI2-like H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6azd
タイトルCrystal structure of Physcomitrella patens KAI2-like H
要素PpKAI2-like H
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / strigolactone binding
機能・相同性alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / AB hydrolase-1 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Physcomitrella patens subsp. patens (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97010740396 Å
データ登録者Burger, M. / Lee, H.J. / Chory, J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Karrikin and Non-natural Strigolactone Perception in Physcomitrella patens.
著者: Burger, M. / Mashiguchi, K. / Lee, H.J. / Nakano, M. / Takemoto, K. / Seto, Y. / Yamaguchi, S. / Chory, J.
履歴
登録2017年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PpKAI2-like H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8651
ポリマ－29,8651
非ポリマー00
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.410, 52.650, 52.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 PpKAI2-like H


分子量: 29864.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physcomitrella patens subsp. patens (植物)
遺伝子: PHYPADRAFT_184560 / プラスミド: pGEX4T3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9SG07, 加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M MES 6.5, 5% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→37.1 Å / Num. obs: 18745 / % possible obs: 98.31 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.1674 / Rpim(I) all: 0.1065 / Net I/σ(I): 8.17
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4449 / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / Num. unique obs: 1833 / CC1/2: 0.549 / Rpim(I) all: 0.285 / % possible all: 97.66

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4JYP

4jyp


解像度: 1.97010740396→37.0182176364 Å / SU ML: 0.277465883878 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3487061327 / 位相誤差: 24.1330848868
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24287786124 930 4.96238194333 %
Rwork0.208001052653 --
obs0.209706317639 18741 98.3108639773 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 14.9028463926 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97010740396→37.0182176364 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2063 0 0 155 2218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003427302710522108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6048368063022872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0437368096835334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00306973783748371
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.660859468811247
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9701-2.0740.3336100843691560.280668197122487X-RAY DIFFRACTION97.9977753059
2.074-2.20390.2748097083841300.2429091346482538X-RAY DIFFRACTION98.5228951256
2.2039-2.3740.3240741007661080.2305949199152552X-RAY DIFFRACTION98.4820436875
2.374-2.61290.264544976261260.2227036988472581X-RAY DIFFRACTION99.1212010253
2.6129-2.99080.2279934942541280.2115619954542543X-RAY DIFFRACTION98.9625787329
2.9908-3.76750.2260250466111610.1806869397712534X-RAY DIFFRACTION98.2859226842
3.7675-37.02470.1662155261151210.1696544989482576X-RAY DIFFRACTION96.909809558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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