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万見
- PDB-6az6: Streptococcus agalactiae GntR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6az6
タイトルStreptococcus agalactiae GntR
要素GntR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...FCD / GntR, C-terminal / FCD domain / Transcription regulator FadR/GntR, C-terminal / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FCD domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.909 Å
データ登録者Pellock, S.J. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the regulation of beta-glucuronidase expression by human gut Enterobacteriaceae.
著者: Little, M.S. / Pellock, S.J. / Walton, W.G. / Tripathy, A. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2017年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GntR family transcriptional regulator
B: GntR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9562
ポリマ－50,9562
非ポリマー00
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.548, 105.172, 45.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 GntR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator / GntR family


分子量: 25478.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: AX245_05475, DX05_04210, EN72_04240, RDF_0711, SA111_00802, TH70_0496, WA02_00660, WA04_01435, WA05_01900, WA34_15420
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5K3J9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M tri-ammonium citrate, 12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.909→27.843 Å / Num. obs: 36686 / % possible obs: 98.49 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 16.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.909→27.843 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 24.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 2015 5.49 %
Rwork0.194 --
obs0.196 36683 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.909→27.843 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3268 0 0 193 3461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8974594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6212126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052543
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9092-1.9570.32451340.29842343X-RAY DIFFRACTION94
1.957-2.00990.2691510.25322444X-RAY DIFFRACTION98
2.0099-2.0690.26121460.20832472X-RAY DIFFRACTION98
2.069-2.13570.27451340.20382437X-RAY DIFFRACTION98
2.1357-2.2120.25751530.20432499X-RAY DIFFRACTION99
2.212-2.30060.2431490.19322477X-RAY DIFFRACTION99
2.3006-2.40520.25321380.19842465X-RAY DIFFRACTION99
2.4052-2.53190.26331440.20292492X-RAY DIFFRACTION99
2.5319-2.69050.24921410.19492477X-RAY DIFFRACTION99
2.6905-2.8980.24111400.20562497X-RAY DIFFRACTION99
2.898-3.18930.2121400.21132490X-RAY DIFFRACTION99
3.1893-3.64990.21811460.19162509X-RAY DIFFRACTION99
3.6499-4.59510.19391470.16572522X-RAY DIFFRACTION100
4.5951-27.84590.21211520.1772544X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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