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- PDB-6ayh: Salmonella enterica GusR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ayh
タイトルSalmonella enterica GusR
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional Repressor Protein / Glucuronide Binding Protein / DNA Binding Protein
機能・相同性4-nitrophenyl beta-D-glucopyranosiduronic acid / :
機能・相同性情報
生物種Salmonella choleraesuis (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Little, M.S. / Pellock, S.J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the regulation of beta-glucuronidase expression by human gut Enterobacteriaceae.
著者: Little, M.S. / Pellock, S.J. / Walton, W.G. / Tripathy, A. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2017年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9603
ポリマ－22,5531
非ポリマー4072
水2,054114
1
A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: TetR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9206
ポリマ－45,1052
非ポリマー8154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.686, 55.230, 60.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

21A-500-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator


分子量: 22552.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella choleraesuis (サルモネラ菌)
遺伝子: A7R90_09440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: A0A1S0ZXA5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 糖 ChemComp-C3G / 4-nitrophenyl beta-D-glucopyranosiduronic acid / 4-nitrophenyl beta-D-glucosiduronic acid / 4-nitrophenyl D-glucosiduronic acid / 4-nitrophenyl glucosiduronic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 315.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.59 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Bis-Tris pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97939 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→27.62 Å / Num. obs: 20844 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 21.8340553132 Å2 / Net I/σ(I): 10.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→27.615 Å / SU ML: 0.2101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.335 / 位相誤差: 21.123
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 2076 9.96 %
Rwork0.1833 --
obs0.1871 20844 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→27.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1450 0 28 114 1592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002724021790541500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5091570332782035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0337802547616246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00306872902639260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6542364253903
LS精密化 シェル解像度: 2.0546→2.1023 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2855 116 -
Rwork0.2812 1120 -
obs--86.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.9296949365 Å / Origin y: 16.1072807355 Å / Origin z: 19.882878876 Å
111213212223313233
T0.114834591062 Å20.0128718231201 Å2-0.00567637294381 Å2-0.124999881342 Å2-0.0484407643381 Å2--0.120721364124 Å2
L0.673239656807 °20.212888240016 °20.126377290833 °2-0.307872381046 °2-0.0960701548418 °2--0.104359294773 °2
S0.00448568363594 Å °0.177237811711 Å °-0.125382879548 Å °0.0197092868551 Å °-9.24054059013E-5 Å °0.0135158010497 Å °0.00565907309045 Å °0.0364577565946 Å °0.0375070123291 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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