PDB-6axe: Crystal structure of a malate synthase G from Mycobacterium marin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6axe

タイトル

Crystal structure of a malate synthase G from Mycobacterium marinum bound to acetyl CoA

要素

Malate synthase G

キーワード

HYDROLASE / NIAID / structural genomics / GlcB / coenzyme A / cofactor / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

malate synthase / malate synthase activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium marinum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a malate synthase G from Mycobacterium marinum bound to acetyl CoA
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

履歴

登録	2017年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6axe.cif.gz	609.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6axe.ent.gz	495.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6axe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/6axe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/6axe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s9zS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3sad-d 5oas-d 6axb-d 5vfb-1 6c7b-d 6asu-d 1p7t-1 3eu5-d 5c9u-d 5cc7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MymaA.18344.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Malate synthase G

B: Malate synthase G

ヘテロ分子

163 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Malate synthase G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
81.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Malate synthase G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.600, 86.980, 124.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.450, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Malate synthase G 分子量: 80595.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M) (バクテリア) 株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: glcB, MMAR_2713 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HSY2, malate synthase

-
非ポリマー , 5種, 1898分子

#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1892 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: MymaA.18344.a.B1.PS38275 at 23.7 mg/mL with 2 mM acetyl coenzyme A against JCSG+ screen condition H10 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350 supplemented with 15% EG as ...詳細: MymaA.18344.a.B1.PS38275 at 23.7 mg/mL with 2 mM acetyl coenzyme A against JCSG+ screen condition H10 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350 supplemented with 15% EG as cryo-protectant, crystal tracking ID 292651h10, unique puck ID ltv3-10

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.76 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MymaA.18344.a.B1.PS38275 at 23.7 mg/mL with 2 mM acetyl coenzyme A against JCSG+ screen condition H10 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350 supplemented with 15% EG as ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→38.734 Å / Num. obs: 214046 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.994 % / B_iso Wilson estimate: 20.65 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 1.066 / Net I/σ(I): 14.33 / Num. measured all: 854923 / Scaling rejects: 126

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	3.013	0.452	2.09	14154	0.851	0.54	88.1
1.64-1.69	3.458	0.396	2.74	15180	0.902	0.47	97.4
1.69-1.74	3.852	0.326	3.66	15007	0.942	0.379	98.6
1.74-1.79	4.216	0.266	4.87	14632	0.967	0.305	99.2
1.79-1.85	4.221	0.204	6.27	14222	0.979	0.234	99.3
1.85-1.91	4.212	0.164	7.72	13778	0.985	0.188	99.3
1.91-1.98	4.202	0.127	9.92	13276	0.99	0.146	99.4
1.98-2.07	4.186	0.103	12.25	12832	0.992	0.118	99.4
2.07-2.16	4.161	0.084	14.79	12254	0.994	0.096	99.5
2.16-2.26	4.146	0.072	17.2	11724	0.995	0.082	99.2
2.26-2.39	4.124	0.063	19.12	11217	0.996	0.072	99.5
2.39-2.53	4.1	0.056	21.45	10565	0.996	0.064	99.3
2.53-2.7	4.08	0.049	23.69	9944	0.997	0.057	99.4
2.7-2.92	4.047	0.045	25.7	9286	0.997	0.052	99.6
2.92-3.2	4.043	0.042	27.89	8551	0.997	0.048	99.5
3.2-3.58	4.015	0.038	29.59	7756	0.998	0.044	99.7
3.58-4.13	4.054	0.035	30.99	6857	0.998	0.04	99.6
4.13-5.06	4.073	0.032	31.83	5811	0.998	0.036	99.8
5.06-7.16	4.093	0.028	31.73	4532	0.999	0.033	99.7
7.16-38.734	3.912	0.025	31.57	2468	0.998	0.029	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3s9z

3s9z

解像度: 1.6→38.734 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1739	1995	0.93 %
R_work	0.1522	-	-
obs	0.1524	213968	98.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.96 Å² / B_iso mean: 29.5546 Å² / B_iso min: 13.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→38.734 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11021	0	112	1903	13036
B_iso mean	-	-	42.41	39.72	-
残基数	-	-	-	-	1453

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	11528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.814	15740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1805
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.273	6928

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2772	129	0.2409	13475	13604	88
1.64-1.6843	0.2416	142	0.218	14869	15011	97
1.6843-1.7339	0.2223	141	0.1961	15094	15235	99
1.7339-1.7899	0.2203	151	0.1869	15191	15342	99
1.7899-1.8538	0.2093	152	0.1788	15259	15411	99
1.8538-1.9281	0.1929	175	0.17	15249	15424	99
1.9281-2.0158	0.194	124	0.1673	15274	15398	99
2.0158-2.1221	0.1827	135	0.1635	15280	15415	99
2.1221-2.255	0.2128	154	0.1596	15281	15435	99
2.255-2.4291	0.2034	142	0.159	15261	15403	99
2.4291-2.6735	0.1688	142	0.1552	15312	15454	99
2.6735-3.0602	0.1588	130	0.1484	15397	15527	100
3.0602-3.855	0.1511	134	0.1373	15435	15569	100
3.855-38.7456	0.1409	144	0.1265	15596	15740	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7169	-0.2195	-0.1568	2.584	1.6029	2.1042	0.1487	0.1543	-0.0838	-0.1052	-0.0777	-0.4041	0.1787	0.2409	-0.105	0.1737	0.0866	0.0294	0.253	0.049	0.2556	26.8657	-8.6394	50.0548
2	0.6511	0.1593	0.1037	0.39	0.0413	0.3211	0.0481	-0.0026	0.0214	0.0131	-0.0502	0.0318	0.0201	0.0164	0.0029	0.2187	0.0044	0.0009	0.1552	0.0183	0.188	-3.8529	-0.1577	53.7572
3	1.9316	-0.5861	0.8978	0.8895	-0.2696	1.0532	0.0176	0.0233	-0.0582	-0.0622	-0.0346	0.2133	0.1045	-0.1549	0.0047	0.1853	-0.0084	-0.0055	0.1448	-0.0282	0.178	-19.781	-3.0491	38.9301
4	1.8812	-0.4638	1.1754	0.7305	-0.4831	1.2126	0.1511	0.1084	-0.1781	-0.127	-0.0721	-0.0546	0.2683	0.13	-0.08	0.2474	0.0694	0.0124	0.1625	-0.0204	0.1787	9.107	-12.3727	42.0399
5	0.6047	0.037	0.2549	0.7096	-0.1015	0.7429	0.0452	0.0039	-0.0082	-0.0131	-0.0607	0.0124	0.0411	0.0176	0.0173	0.1475	0.0064	0.0095	0.1177	0.0079	0.1571	6.2113	1.4304	58.5576
6	1.9322	0.5049	-0.5934	1.2834	-0.5222	2.4211	0.0724	-0.047	-0.3098	0.1154	-0.049	-0.0104	0.4817	0.0484	0.0043	0.2777	0.0154	-0.0488	0.1348	0.0477	0.2139	12.8314	-18.5561	71.7318
7	1.4076	-0.7311	0.748	1.1024	-0.3208	1.1432	0.0713	-0.1075	-0.2223	0.0016	-0.0029	0.1243	0.1559	-0.1436	-0.0197	0.145	-0.022	0.0176	0.1978	0.031	0.1753	29.7297	27.1019	4.574
8	1.2531	0.2517	0.3998	1.4967	0.2896	1.8202	-0.0361	-0.1836	0.2521	-0.0264	-0.0695	0.221	-0.101	-0.213	0.062	0.1345	0.0235	-0.0296	0.203	-0.046	0.2373	11.9153	63.33	-15.7345
9	1.0719	-0.5291	0.8736	1.0668	-0.6219	0.9826	0.0364	-0.1992	-0.2086	-0.0291	0.0723	0.2648	0.0747	-0.2666	-0.126	0.1305	-0.0215	0.0022	0.2578	0.0187	0.2043	16.2962	31.8979	-1.3548
10	1.3753	-0.1313	1.2385	0.9312	0.388	1.7922	0.0299	0.0254	0.0734	-0.0751	-0.128	-0.0189	-0.002	0.0028	0.0586	0.1691	0.0012	0.0103	0.2138	0.0431	0.212	34.935	34.1646	-0.0222
11	1.2324	-0.9323	1.013	1.0372	-0.4413	0.9133	-0.0446	-0.0055	0.2245	0.029	-0.1177	-0.2457	-0.0428	-0.0052	0.1634	0.1623	-0.0268	0.0092	0.2156	0.0426	0.2419	35.923	49.0792	0.4097
12	1.3363	-0.4527	0.4572	1.9358	0.4006	1.6493	-0.1759	-0.3028	0.1277	0.3128	0.1273	0.1215	-0.1883	-0.4165	0.0522	0.2694	0.0745	0.0144	0.3646	0.0028	0.1681	26.5595	43.1817	24.4774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 71 )	A	0 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 179 )	A	72 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 180 through 280 )	A	180 - 280
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 281 through 380 )	A	281 - 380
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 381 through 658 )	A	381 - 658
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 659 through 730 )	A	659 - 730
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 133 )	B	2 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 134 through 262 )	B	134 - 262
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 263 through 424 )	B	263 - 424
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 425 through 474 )	B	425 - 474
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 475 through 594 )	B	475 - 594
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 595 through 729 )	B	595 - 729

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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