[日本語] English
万見
- PDB-6ax5: RPT1 region of INI1/SNF5/SMARCB1_HUMAN - SWI/SNF-related matrix-a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ax5
タイトルRPT1 region of INI1/SNF5/SMARCB1_HUMAN - SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1.
要素SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / RPT1 / INI1 / actin-dependent regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / blastocyst hatching / bBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / npBAF complex / Tat protein binding / brahma complex / nBAF complex ...single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / blastocyst hatching / bBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / npBAF complex / Tat protein binding / brahma complex / nBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / nucleosome disassembly / regulation of nucleotide-excision repair / hepatocyte differentiation / XY body / RSC-type complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / positive regulation by host of viral transcription / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / germ cell nucleus / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of cell differentiation / fibrillar center / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear matrix / DNA integration / p53 binding / nervous system development / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Girvin, M.E. / Cahill, S.M. / Harris, R. / Cowburn, D. / Spira, M. / Wu, X. / Prakash, R. / Bernowitz, M. / Almo, S.C. / Kalpana, G.V.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: INI1/SMARCB1 Rpt1 domain mimics TAR RNA in binding to integrase to facilitate HIV-1 replication.
著者: Updesh Dixit / Savita Bhutoria / Xuhong Wu / Liming Qiu / Menachem Spira / Sheeba Mathew / Richard Harris / Lucas J Adams / Sean Cahill / Rajiv Pathak / P Rajesh Kumar / Minh Nguyen / ...著者: Updesh Dixit / Savita Bhutoria / Xuhong Wu / Liming Qiu / Menachem Spira / Sheeba Mathew / Richard Harris / Lucas J Adams / Sean Cahill / Rajiv Pathak / P Rajesh Kumar / Minh Nguyen / Seetharama A Acharya / Michael Brenowitz / Steven C Almo / Xiaoqin Zou / Alasdair C Steven / David Cowburn / Mark Girvin / Ganjam V Kalpana /
要旨: INI1/SMARCB1 binds to HIV-1 integrase (IN) through its Rpt1 domain and exhibits multifaceted role in HIV-1 replication. Determining the NMR structure of INI1-Rpt1 and modeling its interaction with ...INI1/SMARCB1 binds to HIV-1 integrase (IN) through its Rpt1 domain and exhibits multifaceted role in HIV-1 replication. Determining the NMR structure of INI1-Rpt1 and modeling its interaction with the IN-C-terminal domain (IN-CTD) reveal that INI1-Rpt1/IN-CTD interface residues overlap with those required for IN/RNA interaction. Mutational analyses validate our model and indicate that the same IN residues are involved in both INI1 and RNA binding. INI1-Rpt1 and TAR RNA compete with each other for IN binding with similar IC values. INI1-interaction-defective IN mutant viruses are impaired for incorporation of INI1 into virions and for particle morphogenesis. Computational modeling of IN-CTD/TAR complex indicates that the TAR interface phosphates overlap with negatively charged surface residues of INI1-Rpt1 in three-dimensional space, suggesting that INI1-Rpt1 domain structurally mimics TAR. This possible mimicry between INI1-Rpt1 and TAR explains the mechanism by which INI1/SMARCB1 influences HIV-1 late events and suggests additional strategies to inhibit HIV-1 replication.
履歴
登録2017年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5731
ポリマ－9,5731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6680 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / BRG1-associated factor 47 / BAF47 / Integrase interactor 1 protein / SNF5 homolog / hSNF5


分子量: 9572.915 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 174-256 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCB1, BAF47, INI1, SNF5L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12824

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-15N HSQC
131isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
151isotropic13D HNCO
1101isotropic13D CBCA(CO)NH
191isotropic13D HNCA
181isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D HNHA
161isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1161isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1151isotropic23D 1H-15N NOESY
1141isotropic23D HBHA(CO)NH
1121isotropic23D (H)CCH-COSY

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Rpt1/INI1, 90% H2O/10% D2O
詳細: 200-400 uM protein U-15N, 13C / Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 400 uM / 構成要素: Rpt1/INI1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態詳細: 10 mm Na phosphate, 150 mM NaCl, 1 mM Na/EDTA, 5 mm TCEP
イオン強度: 160 mM / Ionic strength err: 3 / Label: 1 / pH: 6.8 Not defined / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker DRXBrukerDRX9002at NYSBC

-
解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNMRCCPNstructure calculation
CNSgeometry optimization
ARIAstructure calculation
XPLOR_NIH精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 3 / 詳細: Xplor
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る