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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6auw | ||||||
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タイトル | Structure of rat neuronal nitric oxide synthase heme domain in complex with 4-Methyl-6-(2-(5-(4-((methylamino)methyl)phenyl)pyridin-3-yl)ethyl)pyridin-2-amine | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase, brain | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/inhibitor / nitric oxide synthase inhibitor heme enzyme / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / azurophil granule / negative regulation of vasoconstriction / positive regulation of sodium ion transmembrane transport ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / negative regulation of hepatic stellate cell contraction / positive regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / synaptic signaling by nitric oxide / negative regulation of iron ion transmembrane transport / ROS and RNS production in phagocytes / azurophil granule / negative regulation of vasoconstriction / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / Ion homeostasis / postsynaptic specialization, intracellular component / nitric oxide metabolic process / response to nitric oxide / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / behavioral response to cocaine / calyx of Held / regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of neurogenesis / postsynaptic density, intracellular component / negative regulation of serotonin uptake / response to vitamin E / nitric-oxide synthase (NADPH) / multicellular organismal response to stress / sodium channel regulator activity / nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of insulin secretion / nitric-oxide synthase activity / xenobiotic catabolic process / arginine catabolic process / NADPH binding / striated muscle contraction / regulation of sodium ion transport / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / sarcoplasmic reticulum membrane / nitric oxide biosynthetic process / T-tubule / cellular response to epinephrine stimulus / negative regulation of blood pressure / photoreceptor inner segment / response to hormone / response to nutrient levels / sarcoplasmic reticulum / secretory granule / response to activity / positive regulation of long-term synaptic potentiation / establishment of localization in cell / cell periphery / female pregnancy / response to nicotine / phosphoprotein binding / response to lead ion / establishment of protein localization / potassium ion transport / caveola / response to organic cyclic compound / cellular response to growth factor stimulus / sarcolemma / Z disc / response to peptide hormone / cellular response to mechanical stimulus / response to estrogen / vasodilation / calcium-dependent protein binding / calcium ion transport / FMN binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / ATPase binding / response to heat / scaffold protein binding / nuclear membrane / response to ethanol / negative regulation of neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / postsynaptic density / cytoskeleton / response to hypoxia / calmodulin binding / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse / dendrite / heme binding / synapse / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017 タイトル: Improvement of Cell Permeability of Human Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors Using Potent and Selective 2-Aminopyridine-Based Scaffolds with a Fluorobenzene Linker. 著者: Do, H.T. / Wang, H.Y. / Li, H. / Chreifi, G. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6auw.cif.gz | 364.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6auw.ent.gz | 295.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6auw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6auw_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6auw_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6auw_validation.xml.gz | 36.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6auw_validation.cif.gz | 51.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/6auw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/6auw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6auqC 6aurC 6ausC 6autC 6auuC 6auvC 6auxC 6auyC 6auzC 6av0C 6av1C 6av2C 6av3C 6av4C 6av5C 6av6C 6av7C 1om4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48812.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues 339 to 349 are disordered. The N-terminal residues 297 and 298 as well as C-terminal residues 717 and 718 are not observed in density 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nos1, Bnos / 器官: brain / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29476, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 6種, 404分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ZN / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 % / 解説: bricks |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 20-24% PEG3350, 0.1M MES 0.14-0.20M AMMONIUM ACETATE, 10% ETHYLENE GLYCOL, 30uM SDS, 5 mM GSH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→55 Å / Num. obs: 104763 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.034 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 4.251 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 4968 / CC1/2: 0.558 / Rpim(I) all: 1.924 / Rsym value: 4.251 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1OM4 解像度: 1.7→38.961 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.92 / 位相誤差: 34.39
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.961 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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