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- PDB-6ate: SRC kinase bound to covalent inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ate
タイトルSRC kinase bound to covalent inhibitor
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE / PHOSPHORYLATION / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of caveolin-mediated endocytosis / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / cellular response to progesterone stimulus / positive regulation of dephosphorylation / regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / regulation of cell projection assembly / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / regulation of epithelial cell migration / negative regulation of telomere maintenance / ERBB2 signaling pathway ...regulation of caveolin-mediated endocytosis / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / cellular response to progesterone stimulus / positive regulation of dephosphorylation / regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / regulation of cell projection assembly / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / regulation of epithelial cell migration / negative regulation of telomere maintenance / ERBB2 signaling pathway / Regulation of gap junction activity / positive regulation of protein processing / positive regulation of integrin activation / negative regulation of focal adhesion assembly / BMP receptor binding / Activated NTRK2 signals through FYN / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / intestinal epithelial cell development / Netrin mediated repulsion signals / negative regulation of neutrophil activation / focal adhesion assembly / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / connexin binding / osteoclast development / Activated NTRK3 signals through PI3K / cellular response to fluid shear stress / signal complex assembly / regulation of vascular permeability / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / podosome / Co-stimulation by CD28 / EPH-Ephrin signaling / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / regulation of bone resorption / Ephrin signaling / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of mitochondrial depolarization / odontogenesis / MET activates PTK2 signaling / leukocyte migration / Regulation of KIT signaling / Signaling by ALK / cellular response to peptide hormone stimulus / phospholipase activator activity / regulation of early endosome to late endosome transport / canonical glycolysis / EPHA-mediated growth cone collapse / GP1b-IX-V activation signalling / Co-inhibition by CTLA4 / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / interleukin-6-mediated signaling pathway / Receptor Mediated Mitophagy / oogenesis / stress fiber assembly / positive regulation of Notch signaling pathway / Signaling by EGFR / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / uterus development / forebrain development / PECAM1 interactions / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / regulation of cell-cell adhesion / RHOU GTPase cycle / Recycling pathway of L1 / regulation of heart rate by cardiac conduction / progesterone receptor signaling pathway / RET signaling / signaling receptor activator activity / negative regulation of anoikis / protein tyrosine kinase activator activity / FCGR activation / positive regulation of epithelial cell migration / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Long-term potentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / GAB1 signalosome / bone resorption / negative regulation of hippo signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of Rac protein signal transduction / negative regulation of protein-containing complex assembly / ephrin receptor binding / phospholipase binding / T cell costimulation / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / p38MAPK events / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by ERBB2 / Integrin signaling / EPHB-mediated forward signaling / positive regulation of TORC1 signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / NCAM signaling for neurite out-growth
類似検索 - 分子機能
: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6H3 / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Gurbani, D. / Westover, K.D.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Leveraging Compound Promiscuity to Identify Targetable Cysteines within the Kinome.
著者: Rao, S. / Gurbani, D. / Du, G. / Everley, R.A. / Browne, C.M. / Chaikuad, A. / Tan, L. / Schroder, M. / Gondi, S. / Ficarro, S.B. / Sim, T. / Kim, N.D. / Berberich, M.J. / Knapp, S. / Marto, ...著者: Rao, S. / Gurbani, D. / Du, G. / Everley, R.A. / Browne, C.M. / Chaikuad, A. / Tan, L. / Schroder, M. / Gondi, S. / Ficarro, S.B. / Sim, T. / Kim, N.D. / Berberich, M.J. / Knapp, S. / Marto, J.A. / Westover, K.D. / Sorger, P.K. / Gray, N.S.
履歴
登録2017年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年12月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / entity / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_fragment / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1772
ポリマ－32,7111
非ポリマー4661
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.510, 62.758, 105.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src


分子量: 32710.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRC, SRC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P12931, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-6H3 / N-{2-[(5-chloro-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]phenyl}propanamide


分子量: 465.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28ClN7O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 16%-20% PEG 3350, 350 mM - 420mM NaOAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月15日
放射モノクロメーター: YES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 10871 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 1.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.448 / Num. unique obs: 381 / CC1/2: 0.767

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12rc1_2807: ???)精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YBK

4ybk


解像度: 2.402→40.468 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2282 544 5 %
Rwork0.193 --
obs0.1947 10871 96.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→40.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2058 0 33 64 2155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5062898
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7621284
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003367
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4023-2.6440.2981170.24992237X-RAY DIFFRACTION85
2.644-3.02640.281390.23452635X-RAY DIFFRACTION100
3.0264-3.81250.22111410.19022662X-RAY DIFFRACTION100
3.8125-40.47380.20691470.1732793X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98320.06922.43.95220.13295.34410.1370.7702-0.4833-0.8460.08950.16970.88460.5632-0.16030.9476-0.02930.03470.7397-0.11010.5446-1.5209-32.4035-1.6051
23.37040.08010.33154.09230.56483.4663-0.0630.341-0.2151-0.44980.0668-0.33240.07150.1912-0.02150.29-0.0280.05570.2324-0.03040.30531.0708-26.912615.5895
34.56561.13920.31724.7474-0.50062.1573-0.0308-0.31750.03510.02030.07880.2694-0.0148-0.4588-0.050.25270.03470.03520.3378-0.01430.2788-9.0426-24.913226.9443
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 260:337 )A260 - 337
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 338:405 )A338 - 405
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 406:536 )A406 - 536

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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