PDB-6arz: Structure of a phage anti-CRISPR protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6arz

タイトル

Structure of a phage anti-CRISPR protein

要素

Uncharacterized protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Prophage protein. Anti-CRISPR

機能・相同性

BROMIDE ION / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Calmettes, C. / Shah, M. / Pawluk, A. / Davidson, A.R. / Maxwell, K.L. / Moraes, T.F.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: MBio / 年: 2017
タイトル: Disabling a Type I-E CRISPR-Cas Nuclease with a Bacteriophage-Encoded Anti-CRISPR Protein.
著者: Pawluk, A. / Shah, M. / Mejdani, M. / Calmettes, C. / Moraes, T.F. / Davidson, A.R. / Maxwell, K.L.

履歴

登録	2017年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6arz.cif.gz	126.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6arz.ent.gz	105.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6arz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6arz_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6arz_full_validation.pdf.gz	469 KB	表示
XML形式データ	6arz_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	6arz_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6arz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6arz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6as3C 6as4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6as3-2 6as3-1 6as4-2 4nng-d 6lad-6 3e5c-d 4nnk-d 3s0x-2 4r8i-d 6lad-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

38.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
25.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

C: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.137, 63.959, 59.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.940, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	1 - 96
2	1	1	chain B	B	1 - 92
3	1	1	chain C	C	1 - 94

#1: タンパク質	Uncharacterized protein / phage anti-CRISPR protein 分子量: 12457.624 Da / 分子数: 3 / 断片: AcrE1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phage 由来: (組換発現) Pseudomonas phage JBD5 (ファージ) 遺伝子: JBD5_034 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L7P7L6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.1, 23% PEG 3350, 0.5M sodium bromide, and 7% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.919 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.177 Å / Num. obs: 24655 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 45.82 Å² / Net I/σ(I): 24.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.177 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2208	1232	5 %
R_work	0.1795	-	-
obs	0.1815	24650	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 275.51 Å² / B_iso mean: 58.8522 Å² / B_iso min: 24.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→48.177 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2223	0	30	105	2358
B_iso mean	-	-	71.9	52.27	-
残基数	-	-	-	-	282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2272
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.29	3055
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	337
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	399
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.415	856

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1272	X-RAY DIFFRACTION	9.797	TORSIONAL
1	2	B	1272	X-RAY DIFFRACTION	9.797	TORSIONAL
1	3	C	1272	X-RAY DIFFRACTION	9.797	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.5-2.6001	0.3197	135	0.2438	2584	2719
2.6001-2.7184	0.3145	137	0.2225	2626	2763
2.7184-2.8617	0.2538	140	0.2302	2566	2706
2.8617-3.041	0.2794	139	0.219	2614	2753
3.041-3.2758	0.2479	139	0.2118	2624	2763
3.2758-3.6053	0.2517	134	0.1824	2585	2719
3.6053-4.1268	0.2297	135	0.167	2608	2743
4.1268-5.1983	0.1751	137	0.147	2602	2739
5.1983-48.1857	0.1676	136	0.1564	2609	2745

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9665	-0.3235	-2.1772	9.1692	6.1352	5.1662	-0.7867	0.7564	0.068	-0.353	0.6435	0.2248	0.6748	0.0239	0.1956	0.7219	-0.2146	0.0133	0.6632	0.081	0.3608	19.9781	24.2306	7.1618
2	0.9857	0.4916	-0.5801	4.6418	4.2726	6.5232	-0.0947	-0.0852	0.2598	0.2404	0.0057	0.3319	0.0436	-0.169	0.1138	0.3282	0.0479	0.0108	0.3301	0.0665	0.3888	20.9922	41.0546	29.9616
3	6.7686	1.6309	0.0383	2.7889	-2.1459	3.0316	-0.2718	0.6024	0.4968	1.0759	0.3834	0.5026	0.5036	-0.7048	-0.1404	0.5048	-0.0826	0.0505	0.4699	-0.003	0.5059	9.5952	29.2655	25.4853
4	5.377	3.115	0.4384	4.6247	4.134	5.5178	-0.8455	1.5391	0.2686	-1.2429	0.5674	0.0686	-0.2986	0.1358	0.2086	0.7702	-0.2737	0.0365	0.9231	0.1121	0.4476	27.3853	29.1913	3.2615
5	0.8773	1.1587	1.544	4.0735	4.7384	7.2757	-0.179	0.118	0.0523	-0.1319	0.3371	0.0027	-0.5859	0.5996	-0.1737	0.3822	-0.0262	0.0033	0.4284	0.0496	0.4046	30.1509	41.5495	28.5738
6	9.9532	5.8852	-1.9636	3.8562	-2.5637	6.6462	-0.1905	-0.2021	0.8643	-1.621	0.7615	-0.8593	-1.5953	0.9386	-0.4135	0.9346	-0.3905	0.2316	0.8061	-0.1456	0.6302	39.1604	42.4796	14.1798
7	7.5697	0.1471	1.5794	9.2498	-0.8614	5.3492	-0.1538	-0.0624	1.2678	0.6449	-0.0201	0.3998	-1.0022	-0.0344	0.0638	0.5823	-0.0586	0.0024	0.318	-0.0456	0.4512	50.5123	50.7526	4.3979
8	4.9294	0.5644	-0.9877	6.1201	-1.1349	4.7561	0.3431	0.1506	-1.7314	-0.3318	-0.1752	-0.2435	1.0822	0.0756	-0.0386	0.7252	0.0391	-0.1696	0.4069	-0.0196	0.7828	54.0531	19.8587	0.6757
9	4.0457	2.435	2.1068	6.9848	4.3322	9.0152	0.2252	-0.0089	-0.1024	0.3292	0.1515	-0.9276	1.0571	0.3332	-0.2841	0.3663	0.0248	-0.0723	0.3392	-0.0193	0.4059	60.895	35.681	7.4531

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:29)	A	1 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 30:80)	A	30 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 81:96)	A	81 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 1:28)	B	1 - 28
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 29:80)	B	29 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 81:92)	B	81 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 2:38)	C	2 - 38
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 39:74)	C	39 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 75:94)	C	75 - 94

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