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- PDB-6aqg: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium ulc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aqg
タイトルCrystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium ulcerans complexed with L-lysine and Cladosporin
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE/INHIBITOR / SSGCID / Lysine--tRNA ligase / synthetase / cladosporin / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / LIGASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / nucleic acid binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II ...Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cladosporin / LYSINE / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium ulcerans complexed with L-lysine and Cladosporin
著者: Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
C: Lysine--tRNA ligase
D: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,14821
ポリマ－226,3264
非ポリマー2,82217
水17,691982
1
A: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3766
ポリマ－56,5821
非ポリマー7945
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4947
ポリマ－56,5821
非ポリマー9126
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1394
ポリマ－56,5821
非ポリマー5583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1394
ポリマ－56,5821
非ポリマー5583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Lysine--tRNA ligase
D: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,51510
ポリマ－113,1632
非ポリマー1,3528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10140 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area38040 Å2
手法PISA
6
B: Lysine--tRNA ligase
C: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,63311
ポリマ－113,1632
非ポリマー1,4709
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10300 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area38180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.120, 97.200, 105.830
Angle α, β, γ (deg.)90.050, 104.280, 117.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase / LysRS


分子量: 56581.621 Da / 分子数: 4 / 断片: MyulA.00612.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium ulcerans (strain Agy99) (バクテリア)
株: Agy99 / 遺伝子: lysS, MUL_4181 / プラスミド: MyulA.00612.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0PV47, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物
ChemComp-KRS / cladosporin / (3R)-3-[[(2R,6S)-6-methyloxan-2-yl]methyl]-6,8-bis(oxidanyl)-3,4-dihydroisochromen-1-one / クラドスポリン


分子量: 292.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20O5
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 982 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.13 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1
詳細: MyulA.00612.a.B1.PW37993 at 28 mg/ml was incubated with 3 mM L-Lysine and cladosporin, then mixed 1:1 with MorpheusCol12opt1 (h7): 0.1 M Tris base/ HCl, pH=9.1, 12.5% (w/v) PEG-1000, 16% (w/v) ...詳細: MyulA.00612.a.B1.PW37993 at 28 mg/ml was incubated with 3 mM L-Lysine and cladosporin, then mixed 1:1 with MorpheusCol12opt1 (h7): 0.1 M Tris base/ HCl, pH=9.1, 12.5% (w/v) PEG-1000, 16% (w/v) PEG-3350, 12.5% (v/v) MPD. Tray: 291151h7, puck: wer4-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月7日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→41.316 Å / Num. obs: 148550 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.885 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.043 / Net I/σ(I): 12.66
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.25-2.313.9470.5632.23108920.8040.65297.5
2.31-2.373.9470.4522.78106400.8670.52397.6
2.37-2.443.9510.3633.43103440.9040.4297.8
2.44-2.523.9440.2834.24100850.9460.32897.9
2.52-2.63.9380.2245.3497850.9620.2698
2.6-2.693.9350.1886.3794790.9730.21898.1
2.69-2.793.9180.1478.0291240.9810.1798.3
2.79-2.93.9140.11510.0187990.9880.13398.3
2.9-3.033.8960.09312.385380.9910.10898.4
3.03-3.183.8860.07515.0980180.9940.08798.6
3.18-3.353.8560.06417.5877650.9950.07498.7
3.35-3.563.8370.05420.3272400.9960.06398.7
3.56-3.83.8310.04822.7268790.9960.05698.7
3.8-4.113.8160.04524.3764250.9970.05298.8
4.11-4.53.8080.04126.0758750.9970.04899
4.5-5.033.7860.0426.5553250.9970.04699.2
5.03-5.813.780.04226.2946940.9970.04999.1
5.81-7.123.7660.04226.3339750.9970.04899.3
7.12-10.063.7520.03527.8930690.9980.04199.2
10.06-41.3163.5370.03527.4915990.9970.04194.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VL1

5vl1


解像度: 2.25→41.316 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1949 1954 1.32 %
Rwork0.1531 --
obs0.1536 148513 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.1 Å2 / Biso mean: 54.3156 Å2 / Biso min: 16.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→41.316 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15058 0 196 986 16240
Biso mean--60.77 51.68 -
残基数----1951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84521162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7159353
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.30630.26791220.2213103821050497
2.3063-2.36860.23921330.202103921052598
2.3686-2.43830.23621430.1889104071055098
2.4383-2.5170.21861510.1806104081055998
2.517-2.6070.23071350.173104351057098
2.607-2.71130.24661520.1731104751062798
2.7113-2.83470.23411510.1735104231057498
2.8347-2.98410.18351260.1703105011062798
2.9841-3.1710.2271470.1712104881063599
3.171-3.41570.20921470.1681105521069999
3.4157-3.75930.20521500.1548104811063199
3.7593-4.30270.17461410.1336105201066199
4.3027-5.41910.15341400.1208105661070699
5.4191-41.3230.17111160.1421105291064599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.35870.15-0.23825.090.0581.9845-0.16730.4703-0.609-0.4848-0.20720.02060.4069-0.57740.32690.5536-0.10340.06410.4848-0.17750.49291.7833-24.3323-28.146
20.7184-0.0501-0.25830.95370.95822.78450.07250.064-0.054-0.1601-0.0482-0.0422-0.019-0.1323-0.01940.2468-0.00260.01160.22840.04930.28018.5034-3.44990.0303
30.47610.26060.46780.97380.35741.20840.09680.00610.1189-0.13040.0784-0.2095-0.26850.2293-0.180.2819-0.04740.0610.2811-0.00810.338119.87898.747515.2735
41.94431.1614-1.31015.0428-4.85284.71980.0256-1.24840.9732-1.30260.0889-0.23550.55112.0611-0.06550.2982-0.0529-0.00380.43450.03630.37611.01247.831411.9757
54.32360.1905-1.08743.9697-1.42634.2363-0.0215-0.882-0.10931.0516-0.186-0.0926-0.39320.24240.18330.71030.0624-0.17880.620.02010.40334.609943.2064-7.5105
63.8786-0.9930.54081.8694-0.7911.178-0.1895-0.3972-0.37820.2683-0.2813-0.8288-0.07120.83530.37160.38860.0132-0.07570.75810.20980.690815.755634.126-14.9931
71.64790.9024-0.8955.7343-4.98224.6078-0.1381-0.1798-0.32060.1029-0.1477-0.30560.20460.56930.23930.24710.0262-0.04030.3460.00250.3134-3.302836.8279-33.9317
81.7811-0.6841-0.09672.3034-0.31423.3739-0.098-0.0919-0.08170.15920.08680.08-0.151-0.0849-0.00270.1588-0.0189-0.00350.2409-0.00440.2254-12.301947.188-49.4153
91.60330.50560.23652.79660.44741.14050.04790.0119-0.07560.0988-0.06210.37010.0591-0.3835-0.00150.2298-0.03340.01440.34660.02160.2865-25.865241.0121-60.6042
100.8322-0.83261.11112.2808-1.47032.5089-0.0658-0.2441-0.12180.10810.19090.20620.33-0.2317-0.18840.28010.01940.03730.3482-0.00320.3556-11.273938.8705-41.3441
113.23731.89962.88511.66131.69612.5736-1.21880.17880.7157-0.68581.94681.19462.8179-2.3916-0.62980.3704-0.01790.0070.4623-0.01990.3274-17.787447.4901-53.5623
123.73060.6348-1.03452.9146-1.39163.85360.09150.15280.1176-0.2925-0.1016-0.1331-0.157-0.0216-0.00430.4118-0.0019-0.00250.24730.0580.2935-8.690467.0646-76.9586
134.2361-1.15653.25941.2378-1.814.5576-0.2618-0.16810.41960.21810.0409-0.072-0.94580.06560.20720.5982-0.0498-0.00240.2646-0.00590.4282-7.446368.482-51.6229
144.8829-0.50690.80351.7238-0.97612.8288-0.0737-0.15360.26640.35220.0956-0.0501-0.4232-0.0979-0.03760.42020.01030.01780.2323-0.03380.2171-9.733653.8729-29.6441
151.53590.54880.12342.87620.50382.20570.0606-0.46040.6750.6803-0.116-0.0066-0.77470.3157-0.00880.8411-0.1532-0.11440.4998-0.1560.67521.472771.8145-19.8897
160.9974-0.26830.09631.4891-1.0373.5325-0.1231-0.27150.26790.39180.0783-0.0356-0.746-0.05960.03740.5802-0.0006-0.03860.3668-0.07980.363-7.413760.5051-24.736
176.81771.07577.31472.33161.38017.8719-0.41020.42391.52070.53140.5145-0.41360.5348-0.7419-0.07020.6423-0.0359-0.02920.54890.0270.5106-4.622159.2799-24.6411
183.33480.2767-1.51192.79520.1613.7808-0.105-0.1583-0.06250.30820.12360.173-0.1823-0.2095-0.03550.28620.0860.05760.3732-0.00990.287-10.126811.404935.7396
190.29240.0554-0.250.86631.87364.24690.03330.05450.1238-0.0471-0.19860.2953-0.2956-0.71530.13660.32270.12220.00710.530.02680.4578-10.930410.676612.9239
201.44820.4392-0.51452.20980.91763.32170.12030.22880.2017-0.4078-0.12570.2223-0.4846-0.386-0.02330.35330.1094-0.02390.39590.05570.28340.8454.5071-11.7166
212.6896-0.17750.56751.684-0.13881.86070.06680.59820.3633-0.4713-0.09870.6214-0.2637-0.8756-0.03430.49860.1698-0.18480.93820.00590.675-20.33115.3036-21.2368
220.9771-0.3448-0.47571.24340.40323.06190.09480.30150.1355-0.392-0.07420.2513-0.4133-0.5467-0.02450.49030.1051-0.06810.57490.02480.4069-6.00065.8655-16.8382
236.1119-6.6016-2.1697.26422.72071.89691.19320.35540.5722-0.993-1.75961.9433-0.5929-1.32570.62460.51070.08640.01140.77290.07970.5638-6.52163.2917-16.5813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 123 )A9 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 124 through 317 )A124 - 317
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 318 through 495 )A318 - 495
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 601 through 601 )A601
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 9 through 39 )B9 - 39
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 40 through 149 )B40 - 149
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 150 through 192 )B150 - 192
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 193 through 317 )B193 - 317
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 318 through 464 )B318 - 464
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 465 through 495 )B465 - 495
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 601 through 601 )B601
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 7 through 140 )C7 - 140
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 141 through 193 )C141 - 193
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 194 through 278 )C194 - 278
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 279 through 405 )C279 - 405
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 406 through 496 )C406 - 496
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 601 through 601 )C601
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 7 through 134 )D7 - 134
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 135 through 193 )D135 - 193
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 194 through 278 )D194 - 278
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 279 through 405 )D279 - 405
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 406 through 496 )D406 - 496
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 601 through 601 )D601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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