[日本語] English
万見
- PDB-6ape: Crystal Structure of Bifunctional protein FolD from Helicobacter ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ape
タイトルCrystal Structure of Bifunctional protein FolD from Helicobacter pylori
要素Bifunctional protein FolD
キーワードOxidoreductase / hydrolase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / FolD
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine biosynthetic process / L-histidine biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 1. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 2. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, conserved site / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 1. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 2. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, conserved site / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional protein FolD
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Bifunctional protein FolD from Helicobacter pylori
著者: SSGCID / Delker, S.L. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_SG_project
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein FolD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9956
ポリマ－32,6721
非ポリマー3225
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13850 Å2
2
A: Bifunctional protein FolD
ヘテロ分子

A: Bifunctional protein FolD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,98912
ポリマ－65,3452
非ポリマー64510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area4950 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area24490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.880, 109.040, 83.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-620-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bifunctional protein FolD


分子量: 32672.408 Da / 分子数: 1 / 断片: HepyC.00934.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌)
株: G27 / 遺伝子: folD, HPG27_536 / プラスミド: HepyC.00934.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B5Z6U8, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Tray 291037 Morpheus A3: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol 0.03 M of each divalent cation (0.3 M magnesium chloride, 0.3 M calcium chloride) 0.1 M MES/imidazole pH 6.5 : cryo: direct: HepyC. ...詳細: Tray 291037 Morpheus A3: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol 0.03 M of each divalent cation (0.3 M magnesium chloride, 0.3 M calcium chloride) 0.1 M MES/imidazole pH 6.5 : cryo: direct: HepyC.00934.a.B1 PS38251 at 20 mg/ml, puck mxk4-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月23日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→33.222 Å / Num. obs: 56895 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.194 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rrim(I) all: 0.037 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 28.34 / Num. measured all: 409285 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.45-1.497.1780.4214.1941330.9350.454100
1.49-1.537.170.3075.8540590.9630.33199.9
1.53-1.577.1950.2427.2939520.9760.261100
1.57-1.627.1980.1979.138590.9830.213100
1.62-1.677.2280.15511.6336990.9890.16899.8
1.67-1.737.240.12813.8936200.9920.13899.9
1.73-1.87.2410.10217.3634960.9950.1199.8
1.8-1.877.2460.08221.4233220.9960.08999.9
1.87-1.967.2560.06227.5632470.9980.067100
1.96-2.057.2740.05133.430690.9980.05599.9
2.05-2.167.2540.04240.2229620.9990.045100
2.16-2.297.2390.03744.8127520.9990.04100
2.29-2.457.2490.03448.2526300.9990.037100
2.45-2.657.210.03251.824560.9990.035100
2.65-2.97.2070.02855.4222630.9990.03100
2.9-3.247.1790.02660.6720600.9990.028100
3.24-3.747.1170.02463.6318220.9990.026100
3.74-4.597.0330.02366.1415620.9990.025100
4.59-6.486.9490.02365.512320.9990.025100
6.48-33.2226.1330.02561.727000.9990.02897

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.12rc2_2821精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3p2o

3p2o


解像度: 1.45→33.222 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1824 1962 3.45 %
Rwork0.1669 --
obs0.1675 56863 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.53 Å2 / Biso mean: 25.3501 Å2 / Biso min: 10.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→33.222 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2135 0 26 340 2501
Biso mean--50.1 37.08 -
残基数----284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7943171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.968908
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.4501-1.48630.24071380.220638573995
1.4863-1.52650.23691500.20138664016
1.5265-1.57140.20941420.194538774019
1.5714-1.62220.23751390.181739004039
1.6222-1.68010.16061360.172338934029
1.6801-1.74740.18381350.177838854020
1.7474-1.82690.2251330.179138854018
1.8269-1.92320.1711230.181839244047
1.9232-2.04370.2031520.175538974049
2.0437-2.20150.17511430.164939284071
2.2015-2.4230.1561430.164439284071
2.423-2.77340.2031300.173939634093
2.7734-3.49360.15781300.164240034133
3.4936-33.2310.181680.148440954263
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.045 Å / Origin y: 26.0503 Å / Origin z: -15.263 Å
111213212223313233
T0.1099 Å2-0.0091 Å20.0034 Å2-0.1353 Å2-0.0115 Å2--0.1092 Å2
L0.7409 °2-0.096 °20.044 °2-1.7834 °2-0.1704 °2--0.5305 °2
S0.0354 Å °-0.0656 Å °0.0261 Å °0.119 Å °-0.0213 Å °0.1509 Å °-0.0085 Å °-0.0966 Å °-0.0127 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 288
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 325
3X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 3

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る