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- PDB-6ap8: Crystal Structure of rice D14 bound to 2-(2-methyl-3-nitroanilino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ap8
タイトルCrystal Structure of rice D14 bound to 2-(2-methyl-3-nitroanilino)benzoic acid
要素Strigolactone esterase D14
キーワードPLANT PROTEIN / alpha/beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[(2-methyl-3-nitrophenyl)amino]benzoic acid / Strigolactone esterase D14
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Hamiaux, C.
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
AGMARDT1323 ニュージーランド
MarsdenPAF1301 ニュージーランド
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Inhibition of strigolactone receptors byN-phenylanthranilic acid derivatives: Structural and functional insights.
著者: Hamiaux, C. / Drummond, R.S.M. / Luo, Z. / Lee, H.W. / Sharma, P. / Janssen, B.J. / Perry, N.B. / Denny, W.A. / Snowden, K.C.
#1: ジャーナル: Curr. Biol. / 年: 2012
タイトル: DAD2 is an alpha/beta hydrolase likely to be involved in the perception of the plant branching hormone, strigolactone.
著者: Hamiaux, C. / Drummond, R.S. / Janssen, B.J. / Ledger, S.E. / Cooney, J.M. / Newcomb, R.D. / Snowden, K.C.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Strigolactone esterase D14
B: Strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4626
ポリマ－58,7332
非ポリマー7294
水11,656647
1
A: Strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7313
ポリマ－29,3671
非ポリマー3642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Strigolactone esterase D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7313
ポリマ－29,3671
非ポリマー3642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.005, 88.433, 119.026
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 53 - 317 / Label seq-ID: 4 - 268

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細Monomer as determined by gel filtration

-
要素

#1: タンパク質 Strigolactone esterase D14 / Protein DWARF 14 / Protein DWARF 88 / Protein HIGH-TILLERING DWARF 2


分子量: 29366.695 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 52-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: gene was codon optimized for E.coli expression
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: D14, D88, HTD2, Os03g0203200, LOC_Os03g10620 / プラスミド: pDEST566 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta gami 2
参照: UniProt: Q10QA5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-BNY / 2-[(2-methyl-3-nitrophenyl)amino]benzoic acid


分子量: 272.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.03 % / 解説: Rod
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES 0.1M, MPD 5%, PEG 6000 8%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→48.01 Å / Num. obs: 134179 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 10.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.27-1.2914.31.99265690.5490.5432.066100
6.96-48.0113.10.049580.9980.0120.04299.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.77 Å44.52 Å
Translation6.77 Å44.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSdata processing
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W04

3w04


解像度: 1.27→44.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.573 / SU ML: 0.029 / SU R Cruickshank DPI: 0.0382 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.04
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1542 6862 5.1 %RANDOM
Rwork0.1192 ---
obs0.121 127214 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.57 Å2 / Biso mean: 13.154 Å2 / Biso min: 4.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.35 Å20 Å2-0 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.27→44.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4116 0 52 647 4815
Biso mean--20.4 28.46 -
残基数----533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0194508
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0120.024334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9581.9646186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.76339907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0165598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.06421.872203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.34815702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3871548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0215273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.021147
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.33138842
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.6545139
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.0859221
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 31812 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.27→1.303 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 488 -
Rwork0.255 9294 -
all-9782 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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