PDB-6ao1: Crystal structure of a beta-lactamase from Burkholderia phymatum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ao1

タイトル

Crystal structure of a beta-lactamase from Burkholderia phymatum

要素

Beta-lactamase domain protein

キーワード

HYDROLASE / NIAID / structural genomics / beta-lactamase / metalloenzyme / calcium / zinc / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paraburkholderia phymatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a beta-lactamase from Burkholderia phymatum
著者: Edwards, T.E. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D.

履歴

登録	2017年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ao1.cif.gz	582.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ao1.ent.gz	475.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ao1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ao1_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ao1_full_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示
XML形式データ	6ao1_validation.xml.gz	61.1 KB	表示
CIF形式データ	6ao1_validation.cif.gz	91.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6ao1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6ao1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5u8oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5i0p-3 6pq1-d 6tzy-1 5eks-1 4kce-d 6ifc-2 2e9u-d 2zb8-d 6w8r-2 5i0p-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuphA.15997.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase domain protein

B: Beta-lactamase domain protein

C: Beta-lactamase domain protein

D: Beta-lactamase domain protein

ヘテロ分子

163 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-lactamase domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-lactamase domain protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.300, 70.800, 82.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.470, 98.620, 112.460
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Beta-lactamase domain protein 分子量: 40409.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paraburkholderia phymatum (バクテリア) 遺伝子: Bphy_0182 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2JKI6
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 18.6 mg/mL BuphA.15997.PS38000 against MCSG screen condition C7 (200 mM calcium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.5, 20% PEG4000), cryoprotectant: 15% ethylene glycol, crystal tracking ID 290667h5, unique puck ID cho2-5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月7日

放射

モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→35.057 Å / Num. obs: 128398 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.926 % / B_iso Wilson estimate: 23.49 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 1.025 / Net I/σ(I): 14.85 / Num. measured all: 375743 / Scaling rejects: 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	2.539	0.353	2.72	9438	0.87	0.441	95.7
1.85-1.9	2.845	0.275	3.78	9166	0.928	0.34	95.9
1.9-1.95	2.99	0.222	4.9	8937	0.952	0.273	96.3
1.95-2.01	2.99	0.164	6.37	8685	0.972	0.202	96.3
2.01-2.08	2.988	0.132	7.78	8480	0.982	0.162	96.5
2.08-2.15	2.985	0.103	9.7	8210	0.988	0.127	96.6
2.15-2.23	2.987	0.085	11.49	7927	0.991	0.105	96.7
2.23-2.32	2.979	0.074	13.05	7571	0.992	0.092	96.9
2.32-2.43	2.979	0.062	14.89	7351	0.995	0.077	97
2.43-2.55	2.971	0.055	16.87	6964	0.995	0.068	97.1
2.55-2.68	2.97	0.048	18.72	6683	0.996	0.06	97.2
2.68-2.85	2.968	0.042	21.26	6301	0.996	0.052	97
2.85-3.04	2.956	0.038	23.75	5907	0.996	0.047	97.2
3.04-3.29	2.937	0.035	26.1	5533	0.997	0.043	97.7
3.29-3.6	2.936	0.031	28.54	5087	0.997	0.039	97.5
3.6-4.02	2.928	0.03	29.83	4607	0.997	0.037	97.4
4.02-4.65	2.936	0.029	31.06	4052	0.997	0.036	97.7
4.65-5.69	2.935	0.028	31	3438	0.997	0.035	98.1
5.69-8.05	2.897	0.029	30.82	2660	0.997	0.035	98
8.05-35.057	2.828	0.029	31.69	1401	0.997	0.036	94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5U8O

5u8o

解像度: 1.8→35.057 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2006	1980	1.54 %
R_work	0.1636	-	-
obs	0.1641	128371	96.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.8 Å² / B_iso mean: 34.3218 Å² / B_iso min: 11.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→35.057 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10847	0	45	1199	12091
B_iso mean	-	-	39.45	39.25	-
残基数	-	-	-	-	1412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	11269
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.814	15351
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1685
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2008
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.697	6630

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.845	0.2793	143	0.227	8933	9076	96
1.845-1.8948	0.276	143	0.2115	8948	9091	96
1.8948-1.9506	0.2284	123	0.2055	9017	9140	96
1.9506-2.0136	0.2329	155	0.191	8928	9083	96
2.0136-2.0855	0.2407	156	0.1845	9013	9169	96
2.0855-2.169	0.2363	125	0.1753	9066	9191	97
2.169-2.2677	0.201	145	0.1682	8970	9115	97
2.2677-2.3872	0.1973	134	0.1667	9048	9182	97
2.3872-2.5368	0.193	151	0.1705	9043	9194	97
2.5368-2.7326	0.2336	142	0.1796	9073	9215	97
2.7326-3.0074	0.2241	151	0.1703	9073	9224	97
3.0074-3.4423	0.1881	146	0.1598	9067	9213	98
3.4423-4.3356	0.1659	129	0.1373	9143	9272	98
4.3356-35.0641	0.1694	137	0.1449	9069	9206	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8965	0.4499	-0.4786	1.2748	-0.9135	2.2267	0.0221	-0.0804	-0.0135	-0.0805	-0.0408	-0.035	-0.0439	-0.048	-0.0054	0.1375	0.031	-0.0278	0.1528	-0.012	0.1413	-21.1044	-0.4978	44.5439
2	4.2248	0.1068	-0.4102	3.8187	-1.1201	5.2011	-0.112	-0.1861	-0.4743	-0.3339	-0.0472	-0.3504	0.3451	0.3272	0.0982	0.1617	0.0285	0.0362	0.2163	0.0557	0.2398	-1.0607	-1.4701	32.342
3	0.4912	0.0256	-0.4372	1.5352	0.2757	1.6975	0.329	-0.0482	0.2983	0.0336	-0.0568	-0.0528	-0.9154	0.1125	-0.19	0.7463	-0.0579	0.1813	0.1951	-0.0293	0.3158	-6.8494	32.8128	36.184
4	2.0558	-0.3808	0.5969	2.0209	-1.5329	1.4476	-0.2811	0.8285	-0.3884	-0.4446	0.3106	0.3386	-0.4887	0.2363	-0.0977	0.5421	0.0001	0.1574	0.5646	0.018	0.4561	-38.7545	32.2403	25.9443
5	1.1857	-0.3765	-0.3566	0.796	-0.1881	0.6275	0.1359	-0.0194	0.0819	0.2146	0.0186	0.147	-0.3818	-0.0837	-0.1244	0.6618	0.0714	0.154	0.2015	0.0051	0.2786	-25.5602	30.5614	44.3395
6	0.7513	-0.0738	0.593	2.1442	-0.5904	3.1692	0.0573	0.0152	-0.1944	-0.0932	0.0138	-0.0586	0.4314	0.1314	-0.0524	0.3023	-0.0737	-0.0196	0.2223	0.002	0.2912	-10.3209	-26.8757	-2.3986
7	0.8515	0.1596	0.2429	2.0762	-0.1414	2.5837	0.02	0.0663	-0.0374	-0.2005	0.0183	0.136	0.1705	-0.2351	-0.0272	0.1425	-0.0429	-0.0314	0.1662	-0.0132	0.1845	-12.4785	-12.2939	-12.865
8	6.5826	1.4741	-0.2405	0.8371	-0.5168	6.7776	-0.4745	0.9867	-0.1963	-1.462	0.0628	-0.2266	0.5347	0.6579	0.4157	0.6222	-0.0211	0.0484	0.4343	-0.0085	0.2918	21.778	-15.2827	-9.4216
9	0.7843	0.4243	0.3708	1.6568	-0.2362	2.2859	-0.0135	0.0529	-0.0341	-0.2238	-0.0413	-0.0352	-0.045	0.121	0.0292	0.1683	-0.005	-0.0154	0.1723	0.0029	0.1963	-6.9132	-5.5329	-8.1948
10	1.8068	-0.0347	0.393	1.1706	-0.069	1.2827	0.0261	-0.0396	0.0372	-0.0003	-0.0295	0.022	0.1219	-0.1121	0.0223	0.188	-0.0189	0.0004	0.1632	-0.0049	0.2063	-2.9547	-12.774	4.3098
11	2.9859	0.4211	0.5187	0.7848	-0.0788	0.9601	-0.0019	0.0416	-0.2076	0.0559	0.0222	-0.078	0.2231	0.0457	-0.0293	0.2625	-0.0075	-0.0069	0.1107	-0.0021	0.1942	5.36	-23.577	6.9747
12	4.2242	-0.547	-1.3391	6.0536	0.474	6.325	-0.0024	-0.0342	0.0701	0.0743	-0.0222	-0.3367	-0.0088	0.5626	-0.0145	0.1456	0.0116	-0.0395	0.1433	0.0194	0.2017	20.1671	-14.6033	6.95
13	4.9519	-1.2336	-1.118	2.2076	-0.2342	0.8879	0.1237	0.2301	0.1694	-0.1571	-0.0118	-0.1134	-0.3646	-0.0065	-0.1272	0.2664	-0.0282	-0.0119	0.1707	-0.0204	0.2299	5.9983	30.0183	7.0844
14	1.8065	0.0684	-0.3229	2.4147	0.183	1.4434	-0.018	0.0114	0.0321	-0.15	0.0275	-0.3334	-0.1109	0.235	-0.0012	0.1144	-0.0287	0.0094	0.1654	0.0099	0.1827	17.8833	13.4443	0.5785
15	3.4105	0.2423	-3.1358	2.6058	-0.3347	8.7698	0.053	0.2751	0.0396	-0.3969	0.1161	-0.3144	-0.1785	-0.036	-0.1549	0.2933	0.0023	0.0154	0.2454	0.0022	0.2208	-9.3794	14.9876	-21.9675
16	1.0009	-0.2536	-0.2167	0.9503	0.122	1.1193	0.009	0.0107	-0.0274	-0.0667	-0.0401	0.0676	-0.0818	-0.0582	0.0092	0.1178	-0.0068	-0.0158	0.1193	0.0008	0.1457	-0.0389	14.2882	4.7081
17	4.1702	-1.0166	-0.3865	4.0412	-0.4833	6.7902	0.0526	-0.052	0.2967	-0.233	0.0518	0.0383	-0.6954	-0.454	-0.0864	0.2178	0.0268	-0.0212	0.2191	-0.026	0.1693	-17.2916	18.2556	-10.3215
18	4.5733	-1.5741	1.9676	2.3492	-0.8806	3.7509	0.0911	0.314	-0.2085	-0.8604	0.0578	0.2667	0.5253	-0.1348	-0.2317	0.4331	-0.0382	-0.0663	0.2154	-0.0082	0.3037	-28.0884	-15.1484	40.7059
19	2.2574	-0.0117	0.3528	2.0935	-0.5182	1.5647	0.0958	0.1478	-0.0376	-0.515	0.1565	0.476	-0.0321	-0.6333	-0.1254	0.2808	0.0681	-0.1337	0.4204	0.0449	0.2604	-38.0101	2.2832	33.4258
20	2.7146	-0.8357	-1.6737	0.2497	0.5744	1.2341	0.1262	0.4049	0.0223	-0.2458	-0.0805	0.0177	-0.3253	-0.2992	-0.0562	0.3564	0.0313	0.0067	0.303	0.01	0.2244	-13.7343	5.8685	21.3108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 182 through 300 )	C	182 - 300
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 301 through 356 )	C	301 - 356
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid -4 through 133 )	D	-4 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 134 through 164 )	D	134 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 165 through 356 )	D	165 - 356
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid -6 through 35 )	A	-6 - 35
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 36 through 133 )	A	36 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 134 through 164 )	A	134 - 164
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 165 through 194 )	A	165 - 194
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 195 through 257 )	A	195 - 257
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 258 through 322 )	A	258 - 322
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 323 through 356 )	A	323 - 356
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid -2 through 22 )	B	-2 - 22
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 23 through 134 )	B	23 - 134
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 135 through 164 )	B	135 - 164
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 165 through 300 )	B	165 - 300
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 301 through 356 )	B	301 - 356
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid -2 through 22 )	C	-2 - 22
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 23 through 132 )	C	23 - 132
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 133 through 181 )	C	133 - 181

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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