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- PDB-6amk: Structure of Streptomyces venezuelae BldC-whiI opt complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6amk
タイトルStructure of Streptomyces venezuelae BldC-whiI opt complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
  • Putative DNA-binding protein
キーワードdna binding protein/dna / BldC / Streptomyces / MerR-like / DNA BINDING PROTEIN / dna binding protein-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
SinI-like, DNA-binding domain / Helix-turn-helix domain, group 17 / Helix-turn-helix domain / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Putative DNA-binding protein / Putative DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 3.288 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The MerR-like protein BldC binds DNA direct repeats as cooperative multimers to regulate Streptomyces development.
著者: Schumacher, M.A. / den Hengst, C.D. / Bush, M.J. / Le, T.B.K. / Tran, N.T. / Chandra, G. / Zeng, W. / Travis, B. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J.
履歴
登録2017年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年11月7日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative DNA-binding protein
B: Putative DNA-binding protein
R: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
Z: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8414
ポリマ－29,8414
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, EMSA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area12020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.200, 114.200, 159.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Putative DNA-binding protein


分子量: 8161.771 Da / 分子数: 2 / 変異: L43(MSE), L58(MSE) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: AQF52_4259 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M7QSG5, UniProt: F2REK9*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*A)-3')


分子量: 6782.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*G)-3')


分子量: 6735.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% MPD, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.28→98.9 Å / Num. obs: 16920 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 114.68 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.14 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 3.28→3.46 Å / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.665 / Rpim(I) all: 0.67 / Rrim(I) all: 1.59 / Rsym value: 1.43 / % possible all: 97.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ収集
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.288→98.9 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 28.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2631 1696 10.02 %
Rwork0.2232 --
obs0.2271 16920 95.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 381.62 Å2 / Biso mean: 137.36 Å2 / Biso min: 82.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.288→98.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数801 897 0 0 1698
残基数----147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.962644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.5745
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2881-3.38480.35191370.31011233137092
3.3848-3.49410.32491450.30361280142597
3.4941-3.6190.29081470.29571285143297
3.619-3.76390.34131390.29571290142997
3.7639-3.93520.31131490.26331283143297
3.9352-4.14270.27481450.2191261140697
4.1427-4.40220.24071380.21661287142596
4.4022-4.74210.23571460.1951257140396
4.7421-5.21930.33411360.20521262139895
5.2193-5.97450.23181380.22481270140895
5.9745-7.52680.25761400.21891260140095
7.5268-98.94480.22721360.19591256139294
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.7044 Å / Origin y: 85.6853 Å / Origin z: 69.6832 Å
111213212223313233
T1.0972 Å2-0.0611 Å2-0.1015 Å2-1.1008 Å20.114 Å2--0.9599 Å2
L1.6116 °20.4713 °2-0.1646 °2-3.9401 °20.6055 °2--2.0582 °2
S-0.0158 Å °0.284 Å °0.1524 Å °0.174 Å °0.0626 Å °0.4051 Å °-0.4791 Å °0.3944 Å °-0.0655 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA9 - 60
2X-RAY DIFFRACTION1allB10 - 60
3X-RAY DIFFRACTION1allR7 - 28
4X-RAY DIFFRACTION1allZ5 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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