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- PDB-6aly: Solution structure of yeast Med15 ABD2 residues 277-368 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aly
タイトルSolution structure of yeast Med15 ABD2 residues 277-368
要素Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
キーワードTRANSCRIPTION / Mediator / Transcription Activation / Helical / ABD / MED15 / Gal11 / yeast
機能・相同性
機能・相同性情報


TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / cellular response to heat ...TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / cellular response to heat / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med15, fungi / Gal11, coactivator domain / Mediator complex subunit 15, KIX domain / Mediator complex subunit 15 / KIX domain / Gal11 activator-binding domain (ABD1) / Coactivator CBP, KIX domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Tuttle, L.M. / Pacheco, D. / Warfield, L. / Hahn, S. / Klevit, R.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM075114 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Gcn4-Mediator Specificity Is Mediated by a Large and Dynamic Fuzzy Protein-Protein Complex.
著者: Tuttle, L.M. / Pacheco, D. / Warfield, L. / Luo, J. / Ranish, J. / Hahn, S. / Klevit, R.E.
履歴
登録2017年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5261
ポリマ－10,5261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15 / Autonomous replication regulatory protein 3 / Basal expression activator protein 1 / Defective ...Autonomous replication regulatory protein 3 / Basal expression activator protein 1 / Defective silencing suppressor protein 4 / Mediator complex subunit 15 / Transcription regulatory protein GAL11 / Ty insertion suppressor protein 13


分子量: 10525.714 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 277-368 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19659

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
1121isotropic13D 1H-15N TOCSY
192isotropic13D HBHA(CO)NH
1142isotropic23D H(CCO)NH
1152isotropic23D C(CO)NH
1131isotropic23D 1H-15N NOESY
1112isotropic32D 1H-15N HSQC
122isotropic33D HNCO
132isotropic33D HNCA
142isotropic33D HN(CO)CA
152isotropic33D CBCA(CO)NH
162isotropic33D HN(CA)CB
172isotropic32D 1H-13C HSQC
1102isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
183isotropic33D 1H-13C NOESY
1163isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1173isotropic23D (H)CCH-COSY
1184anisotropic32D 1H-15N HSQC IPAP
1191isotropic22D 1H-15N HSQC IPAP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution120 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 0.1 mM PMSF, 5 mM DTT, 500 uM [U-15N] Med15 ABD2, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution220 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 0.1 mM PMSF, 5 mM DTT, 500 uM [U-13C; U-15N] Med15 ABD2, 90% H2O/10% D2O13C15N_sample90% H2O/10% D2O
solution320 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 0.1 mM PMSF, 5 mM DTT, 500 uM [U-13C; U-15N] Med15 ABD2, 100% D2O13C15Nd2o_sample100% D2O
solution420 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 0.1 mM PMSF, 5 mM DTT, 10 % C12E6/Hexanol, 2.6 mM [U-15N] Med15 ABD2, 90% H2O/10% D2O15N_c12e690% H2O/10% D2ORDC sample C12E6/Hexanol
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
0.1 mMEDTAnatural abundance1
0.1 mMPMSFnatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
500 uMMed15 ABD2[U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
0.1 mMEDTAnatural abundance2
0.1 mMPMSFnatural abundance2
5 mMDTTnatural abundance2
500 uMMed15 ABD2[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
150 mMsodium chloridenatural abundance3
0.1 mMEDTAnatural abundance3
0.1 mMPMSFnatural abundance3
5 mMDTTnatural abundance3
500 uMMed15 ABD2[U-13C; U-15N]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
150 mMsodium chloridenatural abundance4
0.1 mMEDTAnatural abundance4
0.1 mMPMSFnatural abundance4
5 mMDTTnatural abundance4
10 %C12E6/Hexanolnatural abundance4
2.6 mMMed15 ABD2[U-15N]4
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: pH65 / pH: 6.5 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxstructure calculation
X-PLOR NIH2.45Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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