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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6alt | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Solution structure of a DNA dodecamer with 5-methylcytosine at the 3rd and 9th position | |||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Drew-Dickerson / non-canonical / modified DNA / epigenetics | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | データ登録者 | Gruber, D.R. / Hoppins, J.J. / Miears, H.L. / Zharkov, D.O. / Smirnov, S.L. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018 | タイトル: Oxidative damage to epigenetically methylated sites affects DNA stability, dynamics and enzymatic demethylation. 著者: Gruber, D.R. / Toner, J.J. / Miears, H.L. / Shernyukov, A.V. / Kiryutin, A.S. / Lomzov, A.A. / Endutkin, A.V. / Grin, I.R. / Petrova, D.V. / Kupryushkin, M.S. / Yurkovskaya, A.V. / Johnson, E. ...著者: Gruber, D.R. / Toner, J.J. / Miears, H.L. / Shernyukov, A.V. / Kiryutin, A.S. / Lomzov, A.A. / Endutkin, A.V. / Grin, I.R. / Petrova, D.V. / Kupryushkin, M.S. / Yurkovskaya, A.V. / Johnson, E.C. / Okon, M. / Bagryanskaya, E.G. / Zharkov, D.O. / Smirnov, S.L. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6alt.cif.gz | 176 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6alt.ent.gz | 142.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6alt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/6alt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/6alt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3611.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 50 mM sodium chloride, 10 mM potassium phosphate, 0.1 mM EDTA, 1 mM DNA (5'-D(*(DC5)P*GP*(DMC)P*GP*AP*AP*TP*TP*(DMC)P*GP*CP*(DG3))-3'), 100% D2O Label: dd06 / 溶媒系: 100% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 18 / 登録したコンフォーマーの数: 11 |