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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6akv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LysB4, the endolysin from Bacillus cereus-targeting bacteriophage B4 | ||||||
![]() | LysB4 | ||||||
![]() | HYDROLASE / endolysin / LAS type enzyme / L-Alanoyl D-Glutamate endopeptidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hong, S. / Ha, N.-C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of LysB4, an Endolysin fromBacillus cereus-Targeting Bacteriophage B4. 著者: Hong, S. / Son, B. / Ryu, S. / Ha, N.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2vo9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30083.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.83 % |
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結晶化 | 温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 2% polyethylene glycol monomethyl ether 550 (PEGMME 550), 8 mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 8863 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 19.66 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 449 / CC1/2: 0.353 / Rpim(I) all: 0.222 / Rrim(I) all: 0.419 / % possible all: 92.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2VO9 解像度: 2.4→28.092 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 22.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.092 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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