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- PDB-6aki: Calcium release-activated calcium channel protein 1, P288L mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aki
タイトルCalcium release-activated calcium channel protein 1, P288L mutant
要素Calcium release-activated calcium channel protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Calcium Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / store-operated calcium channel activity / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of calcium ion transport / calcium channel regulator activity / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium release-activated calcium channel protein / Orai superfamily / Mediator of CRAC channel activity
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium release-activated calcium channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.496 Å
データ登録者Liu, X. / Wu, G. / Yang, X. / Shen, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Calcium release-activated calcium channel protein 1, P288L mutant
著者: Liu, X. / Wu, G. / Yang, X. / Shen, Y.
履歴
登録2018年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium release-activated calcium channel protein 1
B: Calcium release-activated calcium channel protein 1
C: Calcium release-activated calcium channel protein 1
D: Calcium release-activated calcium channel protein 1
E: Calcium release-activated calcium channel protein 1
F: Calcium release-activated calcium channel protein 1
O: Calcium release-activated calcium channel protein 1
P: Calcium release-activated calcium channel protein 1
Q: Calcium release-activated calcium channel protein 1
R: Calcium release-activated calcium channel protein 1
S: Calcium release-activated calcium channel protein 1
T: Calcium release-activated calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,00716
ポリマ－284,86612
非ポリマー1424
水00
1
A: Calcium release-activated calcium channel protein 1
B: Calcium release-activated calcium channel protein 1
C: Calcium release-activated calcium channel protein 1
D: Calcium release-activated calcium channel protein 1
E: Calcium release-activated calcium channel protein 1
F: Calcium release-activated calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,5048
ポリマ－142,4336
非ポリマー712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19210 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area44600 Å2
手法PISA
2
O: Calcium release-activated calcium channel protein 1
P: Calcium release-activated calcium channel protein 1
Q: Calcium release-activated calcium channel protein 1
R: Calcium release-activated calcium channel protein 1
S: Calcium release-activated calcium channel protein 1
T: Calcium release-activated calcium channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,5048
ポリマ－142,4336
非ポリマー712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19610 Å2
ΔGint-274 kcal/mol
Surface area44910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.107, 90.659, 178.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Calcium release-activated calcium channel protein 1 / Protein orai / dOrai


分子量: 23738.793 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 132-341 / 変異: P288L, C283T, C224S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
細胞株 (発現宿主): HEK293S-GnTi- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9U6B8
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.84 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05M NaCl,0.02M MgCl2, 0.1M Sodium citrate pH 6.5, 16-20% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.49→50 Å / Num. obs: 17659 / % possible obs: 80.7 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 7.94
反射 シェル解像度: 4.49→4.66 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.496→26.475 Å / SU ML: 1.02 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 47.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3862 2958 10.09 %
Rwork0.3246 --
obs0.3306 17659 69.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.496→26.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12372 0 4 0 12376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92817124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.9247356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.4964-4.56970.389410.3374362X-RAY DIFFRACTION20
4.5697-4.64810.355460.3332369X-RAY DIFFRACTION21
4.6481-4.73220.3553550.3352431X-RAY DIFFRACTION24
4.7322-4.82260.4007610.3073457X-RAY DIFFRACTION26
4.8226-4.92050.4504570.2953598X-RAY DIFFRACTION32
4.9205-5.02670.4146820.2639716X-RAY DIFFRACTION40
5.0267-5.14290.4643970.2931873X-RAY DIFFRACTION48
5.1429-5.27050.5321190.32961054X-RAY DIFFRACTION59
5.2705-5.41180.45761440.3671318X-RAY DIFFRACTION74
5.4118-5.56960.44111800.40981607X-RAY DIFFRACTION90
5.5696-5.74760.45211770.41021687X-RAY DIFFRACTION92
5.7476-5.95080.41931890.43061692X-RAY DIFFRACTION94
5.9508-6.18620.43811960.42231661X-RAY DIFFRACTION93
6.1862-6.46380.38981800.39881712X-RAY DIFFRACTION94
6.4638-6.79920.47741920.40441630X-RAY DIFFRACTION92
6.7992-7.2170.45941740.38621656X-RAY DIFFRACTION92
7.217-7.76120.41821900.34371777X-RAY DIFFRACTION97
7.7612-8.51860.32721980.26551722X-RAY DIFFRACTION98
8.5186-9.69780.2882070.23861759X-RAY DIFFRACTION97
9.6978-12.02460.30411830.25781664X-RAY DIFFRACTION92
12.0246-26.47510.38681900.35161609X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 105.4684 Å / Origin y: -80.5324 Å / Origin z: 43.3799 Å
111213212223313233
T0.7409 Å20.21 Å2-0.4297 Å2-1.4671 Å2-0.0568 Å2--0.8579 Å2
L2.3964 °20.8889 °22.2316 °2-0.3474 °20.7191 °2--2.3416 °2
S0.0194 Å °0.3643 Å °0.0405 Å °-0.1877 Å °0.089 Å °0.1461 Å °0.0886 Å °0.1999 Å °0.038 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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