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- PDB-6ajz: Joint nentron and X-ray structure of BRD4 in complex with colchicin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ajz
タイトルJoint nentron and X-ray structure of BRD4 in complex with colchicin
要素Bromodomain-containing protein 4BRD4
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / bromodomain (ブロモドメイン) / brd4 (BRD4) / inhibitor (酵素阻害剤) / isoliquiritigenin (イソリキリチゲニン)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / 染色体 / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Chem-LOC / BRD4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 1.301 Å
データ登録者Yokoyama, T. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Nabeshima, Y. / Mizuguchi, M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural and thermodynamic characterization of the binding of isoliquiritigenin to the first bromodomain of BRD4.
著者: Yokoyama, T. / Matsumoto, K. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Nabeshima, Y. / Mizuguchi, M.
履歴
登録2018年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5833
ポリマ－16,1611
非ポリマー4222
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.763, 47.101, 79.052
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / BRD4 / Protein HUNK1


分子量: 16160.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-LOC / N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide / COLCHICINE / コルヒチン / コルヒチン


分子量: 399.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗炎症剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水 / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.9M sodium formate, 17mM Tris, 83mM Tris-HCl in D2O

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
NUCLEAR REACTORFRM II BIODIFF23.99
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 210r1CCD2017年5月14日
BIODIFF2IMAGE PLATE2018年2月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
23.991
反射

Entry-ID: 6AJZ

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.3-40.53327996.56.10.022118.9
1.85-30.31103089.32.50.07127.8
反射 シェル
解像度 (Å)Rpim(I) allDiffraction-ID
1.3-1.350.1711
1.85-1.90.2942

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
XDSデータ削減
HKL-2000データ削減
XSCALEデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化

SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 18.18 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)σ(F)
1.301-30.278X-RAY DIFFRACTION0.17870.1630.1638166333255596.551.38
1.847-30.278NEUTRON DIFFRACTION0.23460.20390.2054555110115.0489.34
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.301→30.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1115 0 30 110 1255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4124717
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.552833
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.32176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007503
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.012682
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.4124717
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.552833
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.32176
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.007503
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.301-1.33930.25581330.25552529X-RAY DIFFRACTION95
1.3393-1.38250.22531340.22112546X-RAY DIFFRACTION95
1.3825-1.43190.20891350.19692565X-RAY DIFFRACTION95
1.4319-1.48930.26721350.20352573X-RAY DIFFRACTION96
1.4893-1.55710.26551380.21742616X-RAY DIFFRACTION96
1.5571-1.63910.19541360.1822589X-RAY DIFFRACTION97
1.6391-1.74180.22371390.17592639X-RAY DIFFRACTION97
1.7418-1.87630.21711390.17442642X-RAY DIFFRACTION98
1.8763-2.06510.1771410.15442677X-RAY DIFFRACTION98
2.0651-2.36380.1811420.14772698X-RAY DIFFRACTION98
2.3638-2.97770.18121440.15522735X-RAY DIFFRACTION99
2.9777-30.28570.12741470.1412783X-RAY DIFFRACTION95
1.8468-2.03260.28781340.21552415NEUTRON DIFFRACTION85
2.0326-2.32670.23731260.19422467NEUTRON DIFFRACTION86
2.3267-2.9310.2111450.19522697NEUTRON DIFFRACTION93
2.931-30.28160.22751500.20932877NEUTRON DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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